-#include "selectiontotale.h"
-#include "EMGLLF.h"
+#include <stdlib.h>
#include <omp.h>
-#include "omp_num_threads.h"
+#include <math.h>
+#include "EMGLLF.h"
+#include "utils.h"
// Main job on raw inputs (after transformation from mxArray)
-void selectiontotale(
- // IN parameters
- const Real* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
- const Real* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
- const Real* piInit, // parametre initial des proportions
- const Real* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
- Int mini, // nombre minimal d'itérations dans lambdaIndex'algorithme EM
- Int maxi, // nombre maximal d'itérations dans lambdaIndex'algorithme EM
- Real gamma, // valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation pour un Lasso adaptatif
+void selectiontotale_core(
+ // IN parameters
+ const Real* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
+ const Real* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
+ const Real* piInit,// parametre initial des proportions
+ const Real* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
+ int mini, // nombre minimal d'itérations dans lambdaIndex'algorithme EM
+ int maxi, // nombre maximal d'itérations dans lambdaIndex'algorithme EM
+ Real gamma, // valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation pour un Lasso adaptatif
const Real* glambda, // valeur des paramètres de régularisation du Lasso
- const Real* X, // régresseurs
- const Real* Y, // réponse
- Real seuil, // seuil pour prendre en compte une variable
- Real tau, // seuil pour accepter la convergence
+ const Real* X,// régresseurs
+ const Real* Y,// réponse
+ Real seuil, // seuil pour prendre en compte une variable
+ Real tau, // seuil pour accepter la convergence
// OUT parameters (all pointers, to be modified)
- Int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
- Int* A2, // matrice des coefficients des parametres non selectionnes
- Real* Rho, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
- Real* Pi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+ int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
+ int* A2, // matrice des coefficients des parametres non selectionnes
+ Real* Rho,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
+ Real* Pi,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
// additional size parameters
- mwSize n, // taille de lambdaIndex'echantillon
- mwSize p, // nombre de covariables
- mwSize m, // taille de Y (multivarié)
- mwSize k, // nombre de composantes
- mwSize L) // taille de glambda
+ int n,// taille de lambdaIndex'echantillon
+ int p,// nombre de covariables
+ int m,// taille de Y (multivarié)
+ int k,// nombre de composantes
+ int L) // taille de glambda
{
// Fill outputs with zeros: they might not be assigned
for (int u=0; u<p*(m+1)*L; u++)
Rho[u] = 0.0;
for (int u=0; u<k*L; u++)
Pi[u] = 0.0;
-
+
//initiate parallel section
- mwSize lambdaIndex;
+ int lambdaIndex;
omp_set_num_threads(OMP_NUM_THREADS);
#pragma omp parallel default(shared) private(lambdaIndex)
{
Real* pi = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
Real* LLF = (Real*)malloc(maxi*sizeof(Real));
Real* S = (Real*)malloc(p*m*k*sizeof(Real));
- EMGLLF(phiInit,rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,glambda[lambdaIndex],X,Y,tau,
+ EMGLLF_core(phiInit,rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,glambda[lambdaIndex],X,Y,tau,
phi,rho,pi,LLF,S,
n,p,m,k);
free(LLF);
free(S);
-
+
//Si un des coefficients est supérieur au seuil, on garde cette variable
- mwSize* selectedVariables = (mwSize*)calloc(p*m,sizeof(mwSize));
- mwSize* discardedVariables = (mwSize*)calloc(p*m,sizeof(mwSize));
+ int* selectedVariables = (int*)calloc(p*m,sizeof(int));
+ int* discardedVariables = (int*)calloc(p*m,sizeof(int));
int atLeastOneSelectedVariable = 0;
- for (
mwSize j=0; j<p; j++)
+ for (
int j=0; j<p; j++)
{
- mwSize cpt = 0;
- mwSize cpt2 = 0;
- for (mwSize jj=0; jj<m; jj++)
+ int cpt = 0;
+ int cpt2 = 0;
+ for (int jj=0; jj<m; jj++)
{
Real maxPhi = 0.0;
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ for (int r=0; r<k; r++)
{
- if (fabs(phi[j*m*k+jj*k+r]) > maxPhi)
- maxPhi = fabs(phi[j*m*k+jj*k+r]);
+ if (fabs(phi[ai(j,jj,r,p,m,k)]) > maxPhi)
+ maxPhi = fabs(phi[ai(j,jj,r,p,m,k)]);
}
if (maxPhi > seuil)
{
- selectedVariables[j*m+cpt] = jj+1;
+ selectedVariables[mi(j,cpt,p,m)] = jj+1;
atLeastOneSelectedVariable = 1;
cpt++;
}
else
{
- discardedVariables[j*m+cpt2] = jj+1;
+ discardedVariables[mi(j,cpt2,p,m)] = jj+1;
cpt2++;
}
}
}
free(phi);
-
+
if (atLeastOneSelectedVariable)
{
- Int* vec = (Int*)malloc(p*sizeof(Int));
- mwSize vecSize = 0;
- for (
mwSize j=0; j<p; j++)
+ int* vec = (int*)malloc(p*sizeof(int));
+ int vecSize = 0;
+ for (
int j=0; j<p; j++)
{
- if (selectedVariables[j*m+0] != 0)
+ if (selectedVariables[mi(j,0,p,m)] != 0)
vec[vecSize++] = j;
}
//A1
- for (
mwSize j=0; j<p; j++)
- A1[j*(m+1)*L+0*L+lambdaIndex] = (j < vecSize ? vec[j]+1 : 0);
- for (mwSize j=0; j<vecSize; j++)
+ for (
int j=0; j<p; j++)
+ A1[ai(j,0,lambdaIndex,p,m+1,L)] = (j < vecSize ? vec[j]+1 : 0);
+ for (int j=0; j<vecSize; j++)
{
- for (mwSize jj=1; jj<=m; jj++)
- A1[j*(m+1)*L+jj*L+lambdaIndex] = selectedVariables[vec[j]*m+jj-1];
+ for (int jj=1; jj<=m; jj++)
+ A1[ai(j,jj,lambdaIndex,p,m+1,L)] = selectedVariables[mi(vec[j],jj-1,p,m)];
}
//A2
- for (
mwSize j=0; j<p; j++)
- A2[j*(m+1)*L+0*L+lambdaIndex] = j+1;
- for (
mwSize j=0; j<p; j++)
+ for (
int j=0; j<p; j++)
+ A2[ai(j,0,lambdaIndex,p,m+1,L)] = j+1;
+ for (
int j=0; j<p; j++)
{
- for (mwSize jj=1; jj<=m; jj++)
- A2[j*(m+1)*L+jj*L+lambdaIndex] = discardedVariables[j*m+jj-1];
+ for (int jj=1; jj<=m; jj++)
+ A2[ai(j,jj,lambdaIndex,p,m+1,L)] = discardedVariables[mi(j,jj-1,p,m)];
}
//Rho
- for (mwSize j=0; j<m; j++)
+ for (int j=0; j<m; j++)
{
- for (mwSize jj=0; jj<m; jj++)
+ for (int jj=0; jj<m; jj++)
{
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- Rho[j*m*k*L+jj*k*L+r*L+lambdaIndex] = rho[j*m*k+jj*k+r];
+ for (int r=0; r<k; r++)
+ Rho[ai4(j,jj,r,lambdaIndex,m,m,k,L)] = rho[ai(j,jj,r,m,m,k)];
}
}
//Pi
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- Pi[r*L+lambdaIndex] = pi[r];
+ for (int r=0; r<k; r++)
+ Pi[mi(r,lambdaIndex,k,L)] = pi[r];
free(vec);
}
-
+
free(selectedVariables);
free(discardedVariables);
free(rho);
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