essai fusion

[valse.git] / pkg / R / constructionModelesLassoRank.R

diff --git a/pkg/R/constructionModelesLassoRank.R b/pkg/R/constructionModelesLassoRank.R
deleted file mode 100644 (file)
index c219d75..0000000
--- a/pkg/R/constructionModelesLassoRank.R
+++ /dev/null
@@ -1,61 +0,0 @@
-#' constructionModelesLassoRank
-#'
-#' TODO: description
-#'
-#' @param ...
-#'
-#' @return ...
-#'
-#' export
-constructionModelesLassoRank = function(pi, rho, mini, maxi, X, Y, tau, A1, rangmin,
-       rangmax, ncores, verbose=FALSE)
-{
-  #get matrix sizes
-  n = dim(X)[1]
-  p = dim(X)[2]
-  m = dim(rho)[2]
-  k = dim(rho)[3]
-  L = dim(A1)[2]
-
-       # On cherche les rangs possiblement intéressants
-  deltaRank = rangmax - rangmin + 1
-  Size = deltaRank^k
-  Rank = matrix(0, nrow=Size, ncol=k)
-  for(r in 1:k)
-       {
-               # On veut le tableau de toutes les combinaisons de rangs possibles
-               # Dans la première colonne : on répète (rangmax-rangmin)^(k-1) chaque chiffre :
-               #   ça remplit la colonne
-               # Dans la deuxieme : on répète (rangmax-rangmin)^(k-2) chaque chiffre,
-               #   et on fait ça (rangmax-rangmin)^2 fois
-               # ...
-               # Dans la dernière, on répète chaque chiffre une fois,
-               #   et on fait ça (rangmin-rangmax)^(k-1) fois.
-    Rank[,r] = rangmin + rep(0:(deltaRank-1), deltaRank^(r-1), each=deltaRank^(k-r))
-  }
-
-       # output parameters
-  phi = array(0, dim=c(p,m,k,L*Size))
-  llh = matrix(0, L*Size, 2) #log-likelihood
-
-       # TODO: // loop
-       for(lambdaIndex in 1:L)
-       {
-    # on ne garde que les colonnes actives
-    # 'active' sera l'ensemble des variables informatives
-    active = A1[,lambdaIndex]
-    active = active[-(active==0)]
-    if (length(active) > 0)
-               {
-      for (j in 1:Size)
-                       {
-        res = EMGrank(Pi[,lambdaIndex], Rho[,,,lambdaIndex], mini, maxi,
-                                       X[,active], Y, tau, Rank[j,])
-        llh[(lambdaIndex-1)*Size+j,] =
-                                       c( res$LLF, sum(Rank[j,] * (length(active)- Rank[j,] + m)) )
-        phi[active,,,(lambdaIndex-1)*Size+j] = res$phi
-      }
-    }
-  }
-  return (list("phi"=phi, "llh" = llh))
-}