Remove debug traces, inline matrix index function
[morpheus.git] / pkg / R / optimParams.R
index c42e6c5..c1d7fe8 100644 (file)
@@ -122,7 +122,7 @@ setRefClass(
       dd <- d + d^2 + d^3
       M <- Moments(θ)
       Omega <- matrix( .C("Compute_Omega",
-        X=as.double(X), Y=as.double(Y), M=as.double(M),
+        X=as.double(X), Y=as.integer(Y), M=as.double(M),
         pn=as.integer(n), pd=as.integer(d),
         W=as.double(W), PACKAGE="morpheus")$W, nrow=dd, ncol=dd )
       MASS::ginv(Omega)
@@ -257,16 +257,18 @@ setRefClass(
       else if (!is.numeric(θ0$b) || length(θ0$b) != K || any(is.na(θ0$b)))
         stop("θ0$b: length K, no NA")
       # TODO: stopping condition? N iterations? Delta <= epsilon ?
-      for (loop in 1:10)
+      loopMax <- 2
+      for (loop in 1:loopMax)
       {
         op_res = constrOptim( linArgs(θ0), .self$f, .self$grad_f,
           ui=cbind(
             rbind( rep(-1,K-1), diag(K-1) ),
             matrix(0, nrow=K, ncol=(d+1)*K) ),
           ci=c(-1,rep(0,K-1)) )
-        W <<- computeW(expArgs(op_res$par))
-        print(op_res$value) #debug
-        print(expArgs(op_res$par)) #debug
+        if (loop < loopMax) #avoid computing an extra W
+          W <<- computeW(expArgs(op_res$par))
+        #print(op_res$value) #debug
+        #print(expArgs(op_res$par)) #debug
       }
 
       expArgs(op_res$par)