--- /dev/null
+#include "selectiontotale.h"
+#include "EMGLLF.h"
+#include <omp.h>
+#include "omp_num_threads.h"
+
+// Main job on raw inputs (after transformation from mxArray)
+void selectiontotale(
+ // IN parameters
+ const Real* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
+ const Real* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
+ const Real* piInit, // parametre initial des proportions
+ const Real* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
+ Int mini, // nombre minimal d'itérations dans lambdaIndex'algorithme EM
+ Int maxi, // nombre maximal d'itérations dans lambdaIndex'algorithme EM
+ Real gamma, // valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation pour un Lasso adaptatif
+ const Real* glambda, // valeur des paramètres de régularisation du Lasso
+ const Real* X, // régresseurs
+ const Real* Y, // réponse
+ Real seuil, // seuil pour prendre en compte une variable
+ Real tau, // seuil pour accepter la convergence
+ // OUT parameters (all pointers, to be modified)
+ Int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
+ Int* A2, // matrice des coefficients des parametres non selectionnes
+ Real* Rho, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+ Real* Pi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+ // additional size parameters
+ mwSize n, // taille de lambdaIndex'echantillon
+ mwSize p, // nombre de covariables
+ mwSize m, // taille de Y (multivarié)
+ mwSize k, // nombre de composantes
+ mwSize L) // taille de glambda
+{
+ // Fill outputs with zeros: they might not be assigned
+ for (int u=0; u<p*(m+1)*L; u++)
+ {
+ A1[u] = 0;
+ A2[u] = 0;
+ }
+ for (int u=0; u<m*m*k*L; u++)
+ Rho[u] = 0.0;
+ for (int u=0; u<k*L; u++)
+ Pi[u] = 0.0;
+
+ //initiate parallel section
+ mwSize lambdaIndex;
+ omp_set_num_threads(OMP_NUM_THREADS);
+ #pragma omp parallel default(shared) private(lambdaIndex)
+ {
+ #pragma omp for schedule(dynamic,CHUNK_SIZE) nowait
+ for (lambdaIndex=0; lambdaIndex<L; lambdaIndex++)
+ {
+ //allocate output variables
+ Real* phi = (Real*)malloc(p*m*k*sizeof(Real));
+ Real* rho = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
+ Real* pi = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
+ Real* LLF = (Real*)malloc(maxi*sizeof(Real));
+ Real* S = (Real*)malloc(p*m*k*sizeof(Real));
+ EMGLLF(phiInit,rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,glambda[lambdaIndex],X,Y,tau,
+ phi,rho,pi,LLF,S,
+ n,p,m,k);
+ free(LLF);
+ free(S);
+
+ //Si un des coefficients est supérieur au seuil, on garde cette variable
+ mwSize* selectedVariables = (mwSize*)calloc(p*m,sizeof(mwSize));
+ mwSize* discardedVariables = (mwSize*)calloc(p*m,sizeof(mwSize));
+ int atLeastOneSelectedVariable = 0;
+ for (mwSize j=0; j<p; j++)
+ {
+ mwSize cpt = 0;
+ mwSize cpt2 = 0;
+ for (mwSize jj=0; jj<m; jj++)
+ {
+ Real maxPhi = 0.0;
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ {
+ if (fabs(phi[j*m*k+jj*k+r]) > maxPhi)
+ maxPhi = fabs(phi[j*m*k+jj*k+r]);
+ }
+ if (maxPhi > seuil)
+ {
+ selectedVariables[j*m+cpt] = jj+1;
+ atLeastOneSelectedVariable = 1;
+ cpt++;
+ }
+ else
+ {
+ discardedVariables[j*m+cpt2] = jj+1;
+ cpt2++;
+ }
+ }
+ }
+ free(phi);
+
+ if (atLeastOneSelectedVariable)
+ {
+ Int* vec = (Int*)malloc(p*sizeof(Int));
+ mwSize vecSize = 0;
+ for (mwSize j=0; j<p; j++)
+ {
+ if (selectedVariables[j*m+0] != 0)
+ vec[vecSize++] = j;
+ }
+
+ //A1
+ for (mwSize j=0; j<p; j++)
+ A1[j*(m+1)*L+0*L+lambdaIndex] = (j < vecSize ? vec[j]+1 : 0);
+ for (mwSize j=0; j<vecSize; j++)
+ {
+ for (mwSize jj=1; jj<=m; jj++)
+ A1[j*(m+1)*L+jj*L+lambdaIndex] = selectedVariables[vec[j]*m+jj-1];
+ }
+ //A2
+ for (mwSize j=0; j<p; j++)
+ A2[j*(m+1)*L+0*L+lambdaIndex] = j+1;
+ for (mwSize j=0; j<p; j++)
+ {
+ for (mwSize jj=1; jj<=m; jj++)
+ A2[j*(m+1)*L+jj*L+lambdaIndex] = discardedVariables[j*m+jj-1];
+ }
+ //Rho
+ for (mwSize j=0; j<m; j++)
+ {
+ for (mwSize jj=0; jj<m; jj++)
+ {
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ Rho[j*m*k*L+jj*k*L+r*L+lambdaIndex] = rho[j*m*k+jj*k+r];
+ }
+ }
+ //Pi
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ Pi[r*L+lambdaIndex] = pi[r];
+ free(vec);
+ }
+
+ free(selectedVariables);
+ free(discardedVariables);
+ free(rho);
+ free(pi);
+ }
+ }
+}
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