fix generateRunTest for constructionModelesEMGrank; remove man pages (will be roxygen...
[valse.git] / src / sources / constructionModelesLassoRank.c
index 2be1982..59be2f7 100644 (file)
@@ -7,8 +7,8 @@
 // TODO: comment on constructionModelesLassoRank purpose
 void constructionModelesLassoRank_core(
        // IN parameters
-       const Real* Pi,// parametre initial des proportions
-       const Real* Rho, // parametre initial de variance renormalisé
+       const Real* pi,// parametre initial des proportions
+       const Real* rho, // parametre initial de variance renormalisé
        int mini, // nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
        int maxi, // nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
        const Real* X,// régresseurs
@@ -31,18 +31,22 @@ void constructionModelesLassoRank_core(
        int deltaRank = rangmax-rangmin+1;
        int Size = (int)pow(deltaRank,k);
        int* Rank = (int*)malloc(Size*k*sizeof(int));
-for (int r=0; r<k; r++)
-{
-               //On veut le tableau de toutes les combinaisons de rangs possibles
-               //Dans la première colonne : on répète (rangmax-rangmin)^(k-1) chaque chiffre : ca remplit la colonne
-               //Dans la deuxieme : on répète (rangmax-rangmin)^(k-2) chaque chiffre, et on fait ca (rangmax-rangmin)^2 fois 
-               //...
-               //Dans la dernière, on répète chaque chiffre une fois, et on fait ca (rangmin-rangmax)^(k-1) fois.
+       for (int r=0; r<k; r++)
+       {
+               // On veut le tableau de toutes les combinaisons de rangs possibles
+               // Dans la première colonne : on répète (rangmax-rangmin)^(k-1) chaque chiffre :
+               //   ça remplit la colonne
+               // Dans la deuxieme : on répète (rangmax-rangmin)^(k-2) chaque chiffre,
+               //   et on fait ça (rangmax-rangmin)^2 fois
+               // ...
+               // Dans la dernière, on répète chaque chiffre une fois,
+               //   et on fait ça (rangmin-rangmax)^(k-1) fois.
                int indexInRank = 0;
                int value = 0;
                while (indexInRank < Size)
                {
-                       for (int u=0; u<pow(deltaRank,k-r-1); u++)
+                       int upperBoundU = (int)pow(deltaRank,k-r-1);
+                       for (int u=0; u<upperBoundU; u++)
                                Rank[mi(indexInRank++,r,Size,k)] = rangmin + value;
                        value = (value+1) % deltaRank;
                }
@@ -68,7 +72,6 @@ for (int r=0; r<k; r++)
                        if (A1[mi(j,lambdaIndex,p,L)] != 0)
                                active[longueurActive++] = A1[mi(j,lambdaIndex,p,L)] - 1;
                }
-
                if (longueurActive == 0)
                        continue;
 
@@ -77,7 +80,6 @@ for (int r=0; r<k; r++)
                Real LLF;
                for (int j=0; j<Size; j++)
                {
-                       //[phiLambda,LLF] = EMGrank(Pi(:,lambdaIndex),Rho(:,:,:,lambdaIndex),mini,maxi,X(:,active),Y,tau,Rank(j,:));
                        int* rank = (int*)malloc(k*sizeof(int));
                        for (int r=0; r<k; r++)
                                rank[r] = Rank[mi(j,r,Size,k)];
@@ -87,39 +89,42 @@ for (int r=0; r<k; r++)
                                for (int jj=0; jj<longueurActive; jj++)
                                        Xactive[mi(i,jj,n,longueurActive)] = X[mi(i,active[jj],n,p)];
                        }
-                       Real* PiLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
+                       Real* piLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
                        for (int r=0; r<k; r++)
-                               PiLambda[r] = Pi[mi(r,lambdaIndex,k,L)];
-                       Real* RhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
+                               piLambda[r] = pi[mi(r,lambdaIndex,k,L)];
+                       Real* rhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
                        for (int u=0; u<m; u++)
                        {
                                for (int v=0; v<m; v++)
                                {
                                        for (int r=0; r<k; r++)
-                                               RhoLambda[ai(u,v,r,m,m,k)] = Rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)];
+                                               rhoLambda[ai(u,v,r,m,m,k)] = rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)];
                                }
                        }
-                       EMGrank_core(PiLambda,RhoLambda,mini,maxi,Xactive,Y,tau,rank,
+                       EMGrank_core(piLambda,rhoLambda,mini,maxi,Xactive,Y,tau,rank,
                                phiLambda,&LLF,
                                n,longueurActive,m,k);
                        free(rank);
                        free(Xactive);
-                       free(PiLambda);
-                       free(RhoLambda);
-                       //llh((lambdaIndex-1)*Size+j,:) = [LLF, dot(Rank(j,:), length(active)-Rank(j,:)+m)];
+                       free(piLambda);
+                       free(rhoLambda);
+                       //llh[(lambdaIndex-1)*Size+j,] = c(LLF, ...)
                        llh[mi(lambdaIndex*Size+j,0,L*Size,2)] = LLF;
-                       //dot(Rank(j,:), length(active)-Rank(j,:)+m)
+                       //sum(Rank[j,] * (length(active)- Rank[j,] + m)) )
                        Real dotProduct = 0.0;
                        for (int r=0; r<k; r++)
                                dotProduct += Rank[mi(j,r,Size,k)] * (longueurActive-Rank[mi(j,r,Size,k)]+m);
                        llh[mi(lambdaIndex*Size+j,1,Size*L,2)] = dotProduct;
-                       //phi(active,:,:,(lambdaIndex-1)*Size+j) = phiLambda;
+                       //phi[active,,,(lambdaIndex-1)*Size+j] = res$phi
                        for (int jj=0; jj<longueurActive; jj++)
                        {
                                for (int mm=0; mm<m; mm++)
                                {
                                        for (int r=0; r<k; r++)
-                                               phi[ai5(active[jj],mm,r,lambdaIndex,j,p,m,k,L,Size)] = phiLambda[jj*m*k+mm*k+r];
+                                       {
+                                               phi[ai4(active[jj],mm,r,lambdaIndex*Size+j,p,m,k,L*Size)] =
+                                                       phiLambda[ai(jj,mm,r,longueurActive,m,k)];
+                                       }
                                }
                        }
                }