+++ /dev/null
-#include <stdlib.h>
-#include <omp.h>
-#include <gsl/gsl_linalg.h>
-#include "EMGrank.h"
-#include "utils.h"
-
-// TODO: comment on constructionModelesLassoRank purpose
-void constructionModelesLassoRank_core(
- // IN parameters
- const Real* pi,// parametre initial des proportions
- const Real* rho, // parametre initial de variance renormalisé
- int mini, // nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
- int maxi, // nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
- const Real* X,// régresseurs
- const Real* Y,// réponse
- Real tau, // seuil pour accepter la convergence
- const int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
- int rangmin, //rang minimum autorisé
- int rangmax, //rang maximum autorisé
- // OUT parameters (all pointers, to be modified)
- Real* phi,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
- Real* llh,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
- // additional size parameters
- int n,// taille de l'echantillon
- int p,// nombre de covariables
- int m,// taille de Y (multivarié)
- int k,// nombre de composantes
- int L)// taille de glambda
-{
- //On cherche les rangs possiblement intéressants
- int deltaRank = rangmax-rangmin+1;
- int Size = (int)pow(deltaRank,k);
- int* Rank = (int*)malloc(Size*k*sizeof(int));
- for (int r=0; r<k; r++)
- {
- // On veut le tableau de toutes les combinaisons de rangs possibles
- // Dans la première colonne : on répète (rangmax-rangmin)^(k-1) chaque chiffre :
- // ça remplit la colonne
- // Dans la deuxieme : on répète (rangmax-rangmin)^(k-2) chaque chiffre,
- // et on fait ça (rangmax-rangmin)^2 fois
- // ...
- // Dans la dernière, on répète chaque chiffre une fois,
- // et on fait ça (rangmin-rangmax)^(k-1) fois.
- int indexInRank = 0;
- int value = 0;
- while (indexInRank < Size)
- {
- int upperBoundU = (int)pow(deltaRank,k-r-1);
- for (int u=0; u<upperBoundU; u++)
- Rank[mi(indexInRank++,r,Size,k)] = rangmin + value;
- value = (value+1) % deltaRank;
- }
- }
-
- //Initialize phi to zero, because unactive variables won't be assigned
- for (int i=0; i<p*m*k*L*Size; i++)
- phi[i] = 0.0;
- for (int i=0; i<L*Size*2; i++)
- llh[i] = INFINITY;
-
- //initiate parallel section
- int lambdaIndex;
- omp_set_num_threads(OMP_NUM_THREADS);
- #pragma omp parallel default(shared) private(lambdaIndex)
- {
- #pragma omp for schedule(dynamic,CHUNK_SIZE) nowait
- for (lambdaIndex=0; lambdaIndex<L; lambdaIndex++)
- {
- //On ne garde que les colonnes actives : active sera l'ensemble des variables informatives
- int* active = (int*)malloc(p*sizeof(int));
- int longueurActive = 0;
- for (int j=0; j<p; j++)
- {
- if (A1[mi(j,lambdaIndex,p,L)] != 0)
- active[longueurActive++] = A1[mi(j,lambdaIndex,p,L)] - 1;
- }
- if (longueurActive == 0)
- continue;
-
- //from now on, longueurActive > 0
- Real* phiLambda = (Real*)malloc(longueurActive*m*k*sizeof(Real));
- Real LLF;
- for (int j=0; j<Size; j++)
- {
- int* rank = (int*)malloc(k*sizeof(int));
- for (int r=0; r<k; r++)
- rank[r] = Rank[mi(j,r,Size,k)];
- Real* Xactive = (Real*)malloc(n*longueurActive*sizeof(Real));
- for (int i=0; i<n; i++)
- {
- for (int jj=0; jj<longueurActive; jj++)
- Xactive[mi(i,jj,n,longueurActive)] = X[mi(i,active[jj],n,p)];
- }
- Real* piLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
- for (int r=0; r<k; r++)
- piLambda[r] = pi[mi(r,lambdaIndex,k,L)];
- Real* rhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
- for (int u=0; u<m; u++)
- {
- for (int v=0; v<m; v++)
- {
- for (int r=0; r<k; r++)
- rhoLambda[ai(u,v,r,m,m,k)] = rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)];
- }
- }
- EMGrank_core(piLambda,rhoLambda,mini,maxi,Xactive,Y,tau,rank,
- phiLambda,&LLF,
- n,longueurActive,m,k);
- free(rank);
- free(Xactive);
- free(piLambda);
- free(rhoLambda);
- //llh[(lambdaIndex-1)*Size+j,] = c(LLF, ...)
- llh[mi(lambdaIndex*Size+j,0,L*Size,2)] = LLF;
- //sum(Rank[j,] * (length(active)- Rank[j,] + m)) )
- Real dotProduct = 0.0;
- for (int r=0; r<k; r++)
- dotProduct += Rank[mi(j,r,Size,k)] * (longueurActive-Rank[mi(j,r,Size,k)]+m);
- llh[mi(lambdaIndex*Size+j,1,Size*L,2)] = dotProduct;
- //phi[active,,,(lambdaIndex-1)*Size+j] = res$phi
- for (int jj=0; jj<longueurActive; jj++)
- {
- for (int mm=0; mm<m; mm++)
- {
- for (int r=0; r<k; r++)
- {
- phi[ai4(active[jj],mm,r,lambdaIndex*Size+j,p,m,k,L*Size)] =
- phiLambda[ai(jj,mm,r,longueurActive,m,k)];
- }
- }
- }
- }
- free(active);
- free(phiLambda);
- }
- }
- free(Rank);
-}
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