fix arrays reading in C, add type Real for double or float

[valse.git] / src / sources / constructionModelesLassoMLE.c

diff --git a/src/sources/constructionModelesLassoMLE.c b/src/sources/constructionModelesLassoMLE.c
index a48f7d0..6b92094 100644 (file)
--- a/src/sources/constructionModelesLassoMLE.c
+++ b/src/sources/constructionModelesLassoMLE.c
@@ -7,25 +7,25 @@
 // TODO: comment on constructionModelesLassoMLE purpose
 void constructionModelesLassoMLE_core(
        // IN parameters
-       const float* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
-       const float* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
-       const float* piInit,// parametre initial des proportions
-       const float* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
+       const Real* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
+       const Real* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
+       const Real* piInit,// parametre initial des proportions
+       const Real* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
        int mini,// nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
        int maxi,// nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
-       float gamma,// valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation pour un Lasso adaptatif
-       const float* glambda, // valeur des paramètres de régularisation du Lasso
-       const float* X, // régresseurs
-       const float* Y, // réponse
-       float seuil,// seuil pour prendre en compte une variable
-       float tau,// seuil pour accepter la convergence
+       Real gamma,// valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation pour un Lasso adaptatif
+       const Real* glambda, // valeur des paramètres de régularisation du Lasso
+       const Real* X, // régresseurs
+       const Real* Y, // réponse
+       Real seuil,// seuil pour prendre en compte une variable
+       Real tau,// seuil pour accepter la convergence
        const int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
        const int* A2, // matrice des coefficients des parametres non selectionnes
        // OUT parameters
-       float* phi,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
-       float* rho,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
-       float* pi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
-       float* lvraisemblance, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+       Real* phi,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
+       Real* rho,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
+       Real* pi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+       Real* lvraisemblance, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
        // additional size parameters
        int n, // taille de l'echantillon
        int p, // nombre de covariables
@@ -58,7 +58,7 @@ void constructionModelesLassoMLE_core(
                        continue;
 
                //Xa = X(:,a)
-               float* Xa = (float*)malloc(n*lengthA*sizeof(float));
+               Real* Xa = (Real*)malloc(n*lengthA*sizeof(Real));
                for (int i=0; i<n; i++)
                {
                        for (int j=0; j<lengthA; j++)
@@ -66,7 +66,7 @@ void constructionModelesLassoMLE_core(
                }
 
                //phia = phiInit(a,:,:)
-               float* phia = (float*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(float));
+               Real* phia = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
                for (int j=0; j<lengthA; j++)
                {
                        for (int mm=0; mm<m; mm++)
@@ -78,11 +78,11 @@ void constructionModelesLassoMLE_core(
 
                //[phiLambda,rhoLambda,piLambda,~,~] = EMGLLF(...
                //      phiInit(a,:,:),rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0,X(:,a),Y,tau);
-               float* phiLambda = (float*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(float));
-               float* rhoLambda = (float*)malloc(m*m*k*sizeof(float));
-               float* piLambda = (float*)malloc(k*sizeof(float));
-               float* LLF = (float*)malloc((maxi+1)*sizeof(float));
-               float* S = (float*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(float));
+               Real* phiLambda = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
+               Real* rhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
+               Real* piLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
+               Real* LLF = (Real*)malloc((maxi+1)*sizeof(Real));
+               Real* S = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
                EMGLLF_core(phia,rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0.0,Xa,Y,tau,
                        phiLambda,rhoLambda,piLambda,LLF,S,
                        n,lengthA,m,k);
@@ -154,12 +154,12 @@ void constructionModelesLassoMLE_core(
                free(b);
 
                int signum;
-               float* densite = (float*)calloc(L*n,sizeof(float));
-               float sumLogDensit = 0.0;
+               Real* densite = (Real*)calloc(L*n,sizeof(Real));
+               Real sumLogDensit = 0.0;
                gsl_matrix* matrix = gsl_matrix_alloc(m, m);
                gsl_permutation* permutation = gsl_permutation_alloc(m);
-               float* YiRhoR = (float*)malloc(m*sizeof(float));
-               float* XiPhiR = (float*)malloc(m*sizeof(float));
+               Real* YiRhoR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real));
+               Real* XiPhiR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real));
                for (int i=0; i<n; i++)
                {
                        //~ for r=1:k
@@ -176,7 +176,7 @@ void constructionModelesLassoMLE_core(
                                                matrix->data[u*m+v] = rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)];
                                }
                                gsl_linalg_LU_decomp(matrix, permutation, &signum);
-                               float detRhoR = gsl_linalg_LU_det(matrix, signum);
+                               Real detRhoR = gsl_linalg_LU_det(matrix, signum);
 
                                //compute Y(i,:)*rho(:,:,r,lambdaIndex)
                                for (int u=0; u<m; u++)
@@ -196,7 +196,7 @@ void constructionModelesLassoMLE_core(
                                // On peut remplacer X par Xa dans ce dernier calcul, mais je ne sais pas si c'est intéressant ...
 
                                // compute dotProduct < delta . delta >
-                               float dotProduct = 0.0;
+                               Real dotProduct = 0.0;
                                for (int u=0; u<m; u++)
                                        dotProduct += (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]) * (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]);