--- /dev/null
+#include "EMGLLF.h"
+#include "constructionModelesLassoMLE.h"
+#include <gsl/gsl_linalg.h>
+#include <omp.h>
+#include "omp_num_threads.h"
+
+// TODO: comment on constructionModelesLassoMLE purpose
+void constructionModelesLassoMLE(
+ // IN parameters
+ const Real* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
+ const Real* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
+ const Real* piInit, // parametre initial des proportions
+ const Real* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
+ Int mini, // nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
+ Int maxi, // nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
+ Real gamma, // valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation pour un Lasso adaptatif
+ const Real* glambda, // valeur des paramètres de régularisation du Lasso
+ const Real* X, // régresseurs
+ const Real* Y, // réponse
+ Real seuil, // seuil pour prendre en compte une variable
+ Real tau, // seuil pour accepter la convergence
+ const Int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
+ const Int* A2, // matrice des coefficients des parametres non selectionnes
+ // OUT parameters
+ Real* phi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+ Real* rho, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+ Real* pi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+ Real* lvraisemblance, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+ // additional size parameters
+ mwSize n, // taille de l'echantillon
+ mwSize p, // nombre de covariables
+ mwSize m, // taille de Y (multivarié)
+ mwSize k, // nombre de composantes
+ mwSize L) // taille de glambda
+{
+ //preparation: phi = 0
+ for (mwSize u=0; u<p*m*k*L; u++)
+ phi[u] = 0.0;
+
+ //initiate parallel section
+ mwSize lambdaIndex;
+ omp_set_num_threads(OMP_NUM_THREADS);
+ #pragma omp parallel default(shared) private(lambdaIndex)
+ {
+ #pragma omp for schedule(dynamic,CHUNK_SIZE) nowait
+ for (lambdaIndex=0; lambdaIndex<L; lambdaIndex++)
+ {
+ //~ a = A1(:,1,lambdaIndex);
+ //~ a(a==0) = [];
+ Int* a = (Int*)malloc(p*sizeof(Int));
+ mwSize lengthA = 0;
+ for (mwSize j=0; j<p; j++)
+ {
+ if (A1[j*(m+1)*L+0*L+lambdaIndex] != 0)
+ a[lengthA++] = A1[j*(m+1)*L+0*L+lambdaIndex] - 1;
+ }
+ if (lengthA == 0)
+ continue;
+
+ //Xa = X(:,a)
+ Real* Xa = (Real*)malloc(n*lengthA*sizeof(Real));
+ for (mwSize i=0; i<n; i++)
+ {
+ for (mwSize j=0; j<lengthA; j++)
+ Xa[i*lengthA+j] = X[i*p+a[j]];
+ }
+
+ //phia = phiInit(a,:,:)
+ Real* phia = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
+ for (mwSize j=0; j<lengthA; j++)
+ {
+ for (mwSize mm=0; mm<m; mm++)
+ {
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ phia[j*m*k+mm*k+r] = phiInit[a[j]*m*k+mm*k+r];
+ }
+ }
+
+ //[phiLambda,rhoLambda,piLambda,~,~] = EMGLLF(...
+ // phiInit(a,:,:),rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0,X(:,a),Y,tau);
+ Real* phiLambda = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
+ Real* rhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
+ Real* piLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
+ Real* LLF = (Real*)malloc((maxi+1)*sizeof(Real));
+ Real* S = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
+ EMGLLF(phia,rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0.0,Xa,Y,tau,
+ phiLambda,rhoLambda,piLambda,LLF,S,
+ n,lengthA,m,k);
+ free(Xa);
+ free(phia);
+ free(LLF);
+ free(S);
+
+ //~ for j=1:length(a)
+ //~ phi(a(j),:,:,lambdaIndex) = phiLambda(j,:,:);
+ //~ end
+ for (mwSize j=0; j<lengthA; j++)
+ {
+ for (mwSize mm=0; mm<m; mm++)
+ {
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ phi[a[j]*m*k*L+mm*k*L+r*L+lambdaIndex] = phiLambda[j*m*k+mm*k+r];
+ }
+ }
+ free(phiLambda);
+ //~ rho(:,:,:,lambdaIndex) = rhoLambda;
+ for (mwSize u=0; u<m; u++)
+ {
+ for (mwSize v=0; v<m; v++)
+ {
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ rho[u*m*k*L+v*k*L+r*L+lambdaIndex] = rhoLambda[u*m*k+v*k+r];
+ }
+ }
+ free(rhoLambda);
+ //~ pi(:,lambdaIndex) = piLambda;
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ pi[r*L+lambdaIndex] = piLambda[r];
+ free(piLambda);
+
+ mwSize dimension = 0;
+ Int* b = (Int*)malloc(m*sizeof(Int));
+ for (mwSize j=0; j<p; j++)
+ {
+ //~ b = A2(j,2:end,lambdaIndex);
+ //~ b(b==0) = [];
+ mwSize lengthB = 0;
+ for (mwSize mm=0; mm<m; mm++)
+ {
+ if (A2[j*(m+1)*L+(mm+1)*L+lambdaIndex] != 0)
+ b[lengthB++] = A2[j*(m+1)*L+(mm+1)*L+lambdaIndex] - 1;
+ }
+ //~ if length(b) > 0
+ //~ phi(A2(j,1,lambdaIndex),b,:,lambdaIndex) = 0.0;
+ //~ end
+ if (lengthB > 0)
+ {
+ for (mwSize mm=0; mm<lengthB; mm++)
+ {
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ phi[(A2[j*(m+1)*L+0*L+lambdaIndex]-1)*m*k*L + b[mm]*k*L + r*L + lambdaIndex] = 0.0;
+ }
+ }
+
+ //~ c = A1(j,2:end,lambdaIndex);
+ //~ c(c==0) = [];
+ //~ dimension = dimension + length(c);
+ for (mwSize mm=0; mm<m; mm++)
+ {
+ if (A1[j*(m+1)*L+(mm+1)*L+lambdaIndex] != 0)
+ dimension++;
+ }
+ }
+ free(b);
+
+ int signum;
+ Real* densite = (Real*)calloc(L*n,sizeof(Real));
+ Real sumLogDensit = 0.0;
+ gsl_matrix* matrix = gsl_matrix_alloc(m, m);
+ gsl_permutation* permutation = gsl_permutation_alloc(m);
+ Real* YiRhoR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real));
+ Real* XiPhiR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real));
+ for (mwSize i=0; i<n; i++)
+ {
+ //~ for r=1:k
+ //~ delta = Y(i,:)*rho(:,:,r,lambdaIndex) - (X(i,a)*(phi(a,:,r,lambdaIndex)));
+ //~ densite(i,lambdaIndex) = densite(i,lambdaIndex) +...
+ //~ pi(r,lambdaIndex)*det(rho(:,:,r,lambdaIndex))/(sqrt(2*PI))^m*exp(-dot(delta,delta)/2.0);
+ //~ end
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ {
+ //compute det(rho(:,:,r,lambdaIndex)) [TODO: avoid re-computations]
+ for (mwSize u=0; u<m; u++)
+ {
+ for (mwSize v=0; v<m; v++)
+ matrix->data[u*m+v] = rho[u*m*k*L+v*k*L+r*L+lambdaIndex];
+ }
+ gsl_linalg_LU_decomp(matrix, permutation, &signum);
+ Real detRhoR = gsl_linalg_LU_det(matrix, signum);
+
+ //compute Y(i,:)*rho(:,:,r,lambdaIndex)
+ for (mwSize u=0; u<m; u++)
+ {
+ YiRhoR[u] = 0.0;
+ for (mwSize v=0; v<m; v++)
+ YiRhoR[u] += Y[i*m+v] * rho[v*m*k*L+u*k*L+r*L+lambdaIndex];
+ }
+
+ //compute X(i,a)*phi(a,:,r,lambdaIndex)
+ for (mwSize u=0; u<m; u++)
+ {
+ XiPhiR[u] = 0.0;
+ for (mwSize v=0; v<lengthA; v++)
+ XiPhiR[u] += X[i*p+a[v]] * phi[a[v]*m*k*L+u*k*L+r*L+lambdaIndex];
+ }
+ // On peut remplacer X par Xa dans ce dernier calcul, mais je ne sais pas si c'est intéressant ...
+
+ // compute dotProduct < delta . delta >
+ Real dotProduct = 0.0;
+ for (mwSize u=0; u<m; u++)
+ dotProduct += (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]) * (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]);
+
+ densite[lambdaIndex*n+i] += (pi[r*L+lambdaIndex]*detRhoR/pow(sqrt(2.0*M_PI),m))*exp(-dotProduct/2.0);
+ }
+ sumLogDensit += log(densite[lambdaIndex*n+i]);
+ }
+ lvraisemblance[lambdaIndex*2+0] = sumLogDensit;
+ lvraisemblance[lambdaIndex*2+1] = (dimension+m+1)*k-1;
+
+ free(a);
+ free(YiRhoR);
+ free(XiPhiR);
+ free(densite);
+ gsl_matrix_free(matrix);
+ gsl_permutation_free(permutation);
+ }
+ }
+}
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