+++ /dev/null
-#include "EMGLLF.h"
-#include "utils.h"
-#include <stdlib.h>
-#include <gsl/gsl_linalg.h>
-#include <omp.h>
-
-// TODO: comment on constructionModelesLassoMLE purpose
-void constructionModelesLassoMLE_core(
- // IN parameters
- const Real* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
- const Real* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
- const Real* piInit,// parametre initial des proportions
- const Real* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
- int mini,// nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
- int maxi,// nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
- Real gamma,// valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation
- //pour un Lasso adaptatif
- const Real* glambda, // valeur des paramètres de régularisation du Lasso
- const Real* X, // régresseurs
- const Real* Y, // réponse
- Real seuil,// seuil pour prendre en compte une variable
- Real tau,// seuil pour accepter la convergence
- const int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
- const int* A2, // matrice des coefficients des parametres non selectionnes
- // OUT parameters
- Real* phi,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
- Real* rho,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
- Real* pi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
- Real* llh, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
- // additional size parameters
- int n, // taille de l'echantillon
- int p, // nombre de covariables
- int m, // taille de Y (multivarié)
- int k, // nombre de composantes
- int L) // taille de glambda
-{
- //preparation: phi,rho,pi = 0, llh=+Inf
- for (int u=0; u<p*m*k*L; u++)
- phi[u] = 0.;
- for (int u=0; u<m*m*k*L; u++)
- rho[u] = 0.;
- for (int u=0; u<k*L; u++)
- pi[u] = 0.;
- for (int u=0; u<L*2; u++)
- llh[u] = INFINITY;
-
- //initiate parallel section
- int lambdaIndex;
- omp_set_num_threads(OMP_NUM_THREADS);
- #pragma omp parallel default(shared) private(lambdaIndex)
- {
- #pragma omp for schedule(dynamic,CHUNK_SIZE) nowait
- for (lambdaIndex=0; lambdaIndex<L; lambdaIndex++)
- {
- //a = A1[,1,lambdaIndex] ; a = a[a!=0]
- int* a = (int*)malloc(p*sizeof(int));
- int lengthA = 0;
- for (int j=0; j<p; j++)
- {
- if (A1[ai(j,0,lambdaIndex,p,m+1,L)] != 0)
- a[lengthA++] = A1[ai(j,0,lambdaIndex,p,m+1,L)] - 1;
- }
- if (lengthA == 0)
- {
- free(a);
- continue;
- }
-
- //Xa = X[,a]
- Real* Xa = (Real*)malloc(n*lengthA*sizeof(Real));
- for (int i=0; i<n; i++)
- {
- for (int j=0; j<lengthA; j++)
- Xa[mi(i,j,n,lengthA)] = X[mi(i,a[j],n,p)];
- }
-
- //phia = phiInit[a,,]
- Real* phia = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
- for (int j=0; j<lengthA; j++)
- {
- for (int mm=0; mm<m; mm++)
- {
- for (int r=0; r<k; r++)
- phia[ai(j,mm,r,lengthA,m,k)] = phiInit[ai(a[j],mm,r,p,m,k)];
- }
- }
-
- //Call to EMGLLF
- Real* phiLambda = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
- Real* rhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
- Real* piLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
- Real* LLF = (Real*)malloc((maxi+1)*sizeof(Real));
- Real* S = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
- EMGLLF_core(phia,rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0.,Xa,Y,tau,
- phiLambda,rhoLambda,piLambda,LLF,S,
- n,lengthA,m,k);
- free(Xa);
- free(phia);
- free(LLF);
- free(S);
-
- //Assign results to current variables
- for (int j=0; j<lengthA; j++)
- {
- for (int mm=0; mm<m; mm++)
- {
- for (int r=0; r<k; r++)
- phi[ai4(a[j],mm,r,lambdaIndex,p,m,k,L)] = phiLambda[ai(j,mm,r,lengthA,m,k)];
- }
- }
- free(phiLambda);
- for (int u=0; u<m; u++)
- {
- for (int v=0; v<m; v++)
- {
- for (int r=0; r<k; r++)
- rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)] = rhoLambda[ai(u,v,r,m,m,k)];
- }
- }
- free(rhoLambda);
- for (int r=0; r<k; r++)
- pi[mi(r,lambdaIndex,k,L)] = piLambda[r];
- free(piLambda);
-
- int dimension = 0;
- int* b = (int*)malloc(m*sizeof(int));
- for (int j=0; j<p; j++)
- {
- //b = A2[j,2:dim(A2)[2],lambdaIndex] ; b = b[b!=0]
- int lengthB = 0;
- for (int mm=0; mm<m; mm++)
- {
- if (A2[ai(j,mm+1,lambdaIndex,p,m+1,L)] != 0)
- b[lengthB++] = A2[ai(j,mm+1,lambdaIndex,p,m+1,L)] - 1;
- }
- if (lengthB > 0)
- {
- //phi[A2[j,1,lambdaIndex],b,,lambdaIndex] = 0.
- for (int mm=0; mm<lengthB; mm++)
- {
- for (int r=0; r<k; r++)
- phi[ai4(A2[ai(j,0,lambdaIndex,p,m+1,L)]-1, b[mm], r, lambdaIndex, p, m, k, L)] = 0.;
- }
- }
-
- //c = A1[j,2:dim(A1)[2],lambdaIndex] ; dimension = dimension + sum(c!=0)
- for (int mm=0; mm<m; mm++)
- {
- if (A1[ai(j,mm+1,lambdaIndex,p,m+1,L)] != 0)
- dimension++;
- }
- }
- free(b);
-
- int signum;
- Real* densite = (Real*)calloc(L*n,sizeof(Real));
- Real sumLogDensit = 0.0;
- gsl_matrix* matrix = gsl_matrix_alloc(m, m);
- gsl_permutation* permutation = gsl_permutation_alloc(m);
- Real* YiRhoR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real));
- Real* XiPhiR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real));
- for (int i=0; i<n; i++)
- {
- for (int r=0; r<k; r++)
- {
- //compute det(rho(:,:,r,lambdaIndex)) [TODO: avoid re-computations]
- for (int u=0; u<m; u++)
- {
- for (int v=0; v<m; v++)
- matrix->data[u*m+v] = rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)];
- }
- gsl_linalg_LU_decomp(matrix, permutation, &signum);
- Real detRhoR = gsl_linalg_LU_det(matrix, signum);
-
- //compute Y(i,:)*rho(:,:,r,lambdaIndex)
- for (int u=0; u<m; u++)
- {
- YiRhoR[u] = 0.0;
- for (int v=0; v<m; v++)
- YiRhoR[u] += Y[mi(i,v,n,m)] * rho[ai4(v,u,r,lambdaIndex,m,m,k,L)];
- }
-
- //compute X(i,a)*phi(a,:,r,lambdaIndex)
- for (int u=0; u<m; u++)
- {
- XiPhiR[u] = 0.0;
- for (int v=0; v<lengthA; v++)
- XiPhiR[u] += X[mi(i,a[v],n,p)] * phi[ai4(a[v],u,r,lambdaIndex,p,m,k,L)];
- }
- // NOTE: On peut remplacer X par Xa dans ce dernier calcul,
- // mais je ne sais pas si c'est intéressant ...
-
- // compute dotProduct < delta . delta >
- Real dotProduct = 0.0;
- for (int u=0; u<m; u++)
- dotProduct += (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]) * (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]);
-
- densite[mi(lambdaIndex,i,L,n)] +=
- (pi[mi(r,lambdaIndex,k,L)]*detRhoR/pow(sqrt(2.0*M_PI),m))*exp(-dotProduct/2.0);
- }
- sumLogDensit += log(densite[lambdaIndex*n+i]);
- }
- llh[mi(lambdaIndex,0,L,2)] = sumLogDensit;
- llh[mi(lambdaIndex,1,L,2)] = (dimension+m+1)*k-1;
-
- free(a);
- free(YiRhoR);
- free(XiPhiR);
- free(densite);
- gsl_matrix_free(matrix);
- gsl_permutation_free(permutation);
- }
- }
-}
projects / valse.git / blobdiff