progress in debug: fix LLF/llh mismatch, and length + add adapter test in test/

[valse.git] / pkg / R / EMGLLF.R

diff --git a/pkg/R/EMGLLF.R b/pkg/R/EMGLLF.R
index bf4476b..57638f9 100644 (file)
--- a/pkg/R/EMGLLF.R
+++ b/pkg/R/EMGLLF.R
@@ -19,7 +19,8 @@
 #'   rho : parametre de variance renormalisé, calculé par l'EM
 #'   pi : parametre des proportions renormalisé, calculé par l'EM
 #'   LLF : log vraisemblance associée à cet échantillon, pour les valeurs estimées des paramètres
-#'   S : ... affec : ...
+#'   S : ...
+#'   affec : ...
 #'
 #' @export
 EMGLLF <- function(phiInit, rhoInit, piInit, gamInit, mini, maxi, gamma, lambda, 
@@ -39,7 +40,7 @@ EMGLLF <- function(phiInit, rhoInit, piInit, gamInit, mini, maxi, gamma, lambda,
   k <- length(piInit)  #nombre de composantes dans le mélange
   .Call("EMGLLF", phiInit, rhoInit, piInit, gamInit, mini, maxi, gamma, lambda, 
     X, Y, eps, phi = double(p * m * k), rho = double(m * m * k), pi = double(k), 
-    LLF = double(maxi), S = double(p * m * k), affec = integer(n), n, p, m, k, 
+    llh = double(1), S = double(p * m * k), affec = integer(n), n, p, m, k, 
     PACKAGE = "valse")
 }
 
@@ -72,7 +73,6 @@ EMGLLF <- function(phiInit, rhoInit, piInit, gamInit, mini, maxi, gamma, lambda,
   ps2 <- array(0, dim = c(p, m, k))
   X2 <- array(0, dim = c(n, p, k))
   Y2 <- array(0, dim = c(n, m, k))
-  EPS <- 1e-15
 
   for (ite in 1:maxi)
   {
@@ -190,5 +190,6 @@ EMGLLF <- function(phiInit, rhoInit, piInit, gamInit, mini, maxi, gamma, lambda,
       break
   }
 
-  list(phi = phi, rho = rho, pi = pi, llh = llh, S = S)
+       affec = apply(gam, 1, which.max)
+  list(phi = phi, rho = rho, pi = pi, llh = llh, S = S, affec=affec)
 }