temporary fix: use R version of EMGLLF and EMGrank in package

[valse.git] / pkg / R / EMGLLF.R

diff --git a/pkg/R/EMGLLF.R b/pkg/R/EMGLLF.R
index e600032..5484706 100644 (file)
--- a/pkg/R/EMGLLF.R
+++ b/pkg/R/EMGLLF.R
@@ -1 +1,41 @@
-#TODO: wrapper on C function
+#' EMGLLF
+#'
+#' Description de EMGLLF
+#'
+#' @param phiInit Parametre initial de moyenne renormalisé
+#' @param rhoInit Parametre initial de variance renormalisé
+#' @param piInit Parametre initial des proportions
+#' @param gamInit Paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
+#' @param mini Nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
+#' @param maxi Nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
+#' @param gamma Puissance des proportions dans la pénalisation pour un Lasso adaptatif
+#' @param lambda Valeur du paramètre de régularisation du Lasso
+#' @param X Régresseurs
+#' @param Y Réponse
+#' @param tau Seuil pour accepter la convergence
+#'
+#' @return A list ... phi,rho,pi,LLF,S,affec:
+#'   phi : parametre de moyenne renormalisé, calculé par l'EM
+#'   rho : parametre de variance renormalisé, calculé par l'EM
+#'   pi : parametre des proportions renormalisé, calculé par l'EM
+#'   LLF : log vraisemblance associée à cet échantillon, pour les valeurs estimées des paramètres
+#'   S : ... affec : ...
+#'
+#' @export
+EMGLLF <- function(phiInit, rhoInit, piInit, gamInit,
+       mini, maxi, gamma, lambda, X, Y, tau)
+{
+       #TEMPORARY: use R version
+       return (EMGLLF_R(phiInit, rhoInit, piInit, gamInit,mini, maxi, gamma, lambda, X, Y, tau))
+
+       n = nrow(X) #nombre d'echantillons
+       p = ncol(X) #nombre de covariables
+       m = ncol(Y) #taille de Y (multivarié)
+       k = length(piInit) #nombre de composantes dans le mélange
+       .Call("EMGLLF",
+               phiInit, rhoInit, piInit, gamInit, mini, maxi, gamma, lambda, X, Y, tau,
+               phi=double(p*m*k), rho=double(m*m*k), pi=double(k), LLF=double(maxi),
+                       S=double(p*m*k), affec=integer(n),
+               n, p, m, k,
+               PACKAGE="valse")
+}