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[valse.git] / R / constructionModelesLassoRank.R

diff --git a/R/constructionModelesLassoRank.R b/R/constructionModelesLassoRank.R
new file mode 100644 (file)
index 0000000..9254473
--- /dev/null
+++ b/R/constructionModelesLassoRank.R
@@ -0,0 +1,49 @@
+constructionModelesLassoRank = function(pi,rho,mini,maxi,X,Y,tau,A1,rangmin,rangmax)
+{
+  #get matrix sizes
+  n = dim(X)[1]
+  p = dim(X)[2]
+  m = dim(rho)[2]
+  k = dim(rho)[3]
+  L = dim(A1)[2]
+
+       # On cherche les rangs possiblement intéressants
+  deltaRank = rangmax - rangmin + 1
+  Size = deltaRank^k
+  Rank = matrix(0, nrow=Size, ncol=k)
+  for(r in 1:k)
+       {
+               # On veut le tableau de toutes les combinaisons de rangs possibles
+               # Dans la première colonne : on répète (rangmax-rangmin)^(k-1) chaque chiffre :
+               #   ça remplit la colonne
+               # Dans la deuxieme : on répète (rangmax-rangmin)^(k-2) chaque chiffre,
+               #   et on fait ça (rangmax-rangmin)^2 fois
+               # ...
+               # Dans la dernière, on répète chaque chiffre une fois,
+               #   et on fait ça (rangmin-rangmax)^(k-1) fois.
+    Rank[,r] = rangmin + rep(0:(deltaRank-1), deltaRank^(r-1), each=deltaRank^(k-r))
+  }
+
+       # output parameters
+  phi = array(0, dim=c(p,m,k,L*Size))
+  llh = matrix(0, L*Size, 2) #log-likelihood
+  for(lambdaIndex in 1:L)
+       {
+    # on ne garde que les colonnes actives
+    # 'active' sera l'ensemble des variables informatives
+    active = A1[,lambdaIndex]
+    active = active[-(active==0)]
+    if (length(active) > 0)
+               {
+      for (j in 1:Size)
+                       {
+        res = EMGrank(Pi[,lambdaIndex], Rho[,,,lambdaIndex], mini, maxi,
+                                       X[,active], Y, tau, Rank[j,])
+        llh[(lambdaIndex-1)*Size+j,] =
+                                       c( res$LLF, sum(Rank[j,] * (length(active)- Rank[j,] + m)) )
+        phi[active,,,(lambdaIndex-1)*Size+j] = res$phi
+      }
+    }
+  }
+  return (list("phi"=phi, "llh" = llh))
+}