--- /dev/null
+#include "EMGrank.h"
+#include "constructionModelesLassoRank.h"
+#include <gsl/gsl_linalg.h>
+#include <omp.h>
+#include "omp_num_threads.h"
+
+// TODO: comment on constructionModelesLassoRank purpose
+void constructionModelesLassoRank(
+ // IN parameters
+ const Real* Pi, // parametre initial des proportions
+ const Real* Rho, // parametre initial de variance renormalisé
+ Int mini, // nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
+ Int maxi, // nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
+ const Real* X, // régresseurs
+ const Real* Y, // réponse
+ Real tau, // seuil pour accepter la convergence
+ const Int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
+ Int rangmin, //rang minimum autorisé
+ Int rangmax, //rang maximum autorisé
+ // OUT parameters (all pointers, to be modified)
+ Real* phi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+ Real* lvraisemblance, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+ // additional size parameters
+ mwSize n, // taille de l'echantillon
+ mwSize p, // nombre de covariables
+ mwSize m, // taille de Y (multivarié)
+ mwSize k, // nombre de composantes
+ mwSize L) // taille de glambda
+{
+ //On cherche les rangs possiblement intéressants
+ Int deltaRank = rangmax-rangmin+1;
+ mwSize Size = (mwSize)pow(deltaRank,k);
+ Int* Rank = (Int*)malloc(Size*k*sizeof(Int));
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ {
+ //On veut le tableau de toutes les combinaisons de rangs possibles
+ //Dans la première colonne : on répète (rangmax-rangmin)^(k-1) chaque chiffre : ca remplit la colonne
+ //Dans la deuxieme : on répète (rangmax-rangmin)^(k-2) chaque chiffre, et on fait ca (rangmax-rangmin)^2 fois
+ //...
+ //Dans la dernière, on répète chaque chiffre une fois, et on fait ca (rangmin-rangmax)^(k-1) fois.
+ Int indexInRank = 0;
+ Int value = 0;
+ while (indexInRank < Size)
+ {
+ for (Int u=0; u<pow(deltaRank,k-r-1); u++)
+ Rank[(indexInRank++)*k+r] = rangmin + value;
+ value = (value+1) % deltaRank;
+ }
+ }
+
+ //Initialize phi to zero, because unactive variables won't be assigned
+ for (mwSize i=0; i<p*m*k*L*Size; i++)
+ phi[i] = 0.0;
+
+ //initiate parallel section
+ mwSize lambdaIndex;
+ omp_set_num_threads(OMP_NUM_THREADS);
+ #pragma omp parallel default(shared) private(lambdaIndex)
+ {
+ #pragma omp for schedule(dynamic,CHUNK_SIZE) nowait
+ for (lambdaIndex=0; lambdaIndex<L; lambdaIndex++)
+ {
+ //On ne garde que les colonnes actives : active sera l'ensemble des variables informatives
+ Int* active = (Int*)malloc(p*sizeof(Int));
+ mwSize longueurActive = 0;
+ for (Int j=0; j<p; j++)
+ {
+ if (A1[j*L+lambdaIndex] != 0)
+ active[longueurActive++] = A1[j*L+lambdaIndex] - 1;
+ }
+
+ if (longueurActive == 0)
+ continue;
+
+ //from now on, longueurActive > 0
+ Real* phiLambda = (Real*)malloc(longueurActive*m*k*sizeof(Real));
+ Real LLF;
+ for (Int j=0; j<Size; j++)
+ {
+ //[phiLambda,LLF] = EMGrank(Pi(:,lambdaIndex),Rho(:,:,:,lambdaIndex),mini,maxi,X(:,active),Y,tau,Rank(j,:));
+ Int* rank = (Int*)malloc(k*sizeof(Int));
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ rank[r] = Rank[j*k+r];
+ Real* Xactive = (Real*)malloc(n*longueurActive*sizeof(Real));
+ for (mwSize i=0; i<n; i++)
+ {
+ for (mwSize jj=0; jj<longueurActive; jj++)
+ Xactive[i*longueurActive+jj] = X[i*p+active[jj]];
+ }
+ Real* PiLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ PiLambda[r] = Pi[r*L+lambdaIndex];
+ Real* RhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
+ for (mwSize u=0; u<m; u++)
+ {
+ for (mwSize v=0; v<m; v++)
+ {
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ RhoLambda[u*m*k+v*k+r] = Rho[u*m*k*L+v*k*L+r*L+lambdaIndex];
+ }
+ }
+ EMGrank(PiLambda,RhoLambda,mini,maxi,Xactive,Y,tau,rank,
+ phiLambda,&LLF,
+ n,longueurActive,m,k);
+ free(rank);
+ free(Xactive);
+ free(PiLambda);
+ free(RhoLambda);
+ //lvraisemblance((lambdaIndex-1)*Size+j,:) = [LLF, dot(Rank(j,:), length(active)-Rank(j,:)+m)];
+ lvraisemblance[(lambdaIndex*Size+j)*2] = LLF;
+ //dot(Rank(j,:), length(active)-Rank(j,:)+m)
+ Real dotProduct = 0.0;
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ dotProduct += Rank[j*k+r] * (longueurActive-Rank[j*k+r]+m);
+ lvraisemblance[(lambdaIndex*Size+j)*2+1] = dotProduct;
+ //phi(active,:,:,(lambdaIndex-1)*Size+j) = phiLambda;
+ for (mwSize jj=0; jj<longueurActive; jj++)
+ {
+ for (mwSize mm=0; mm<m; mm++)
+ {
+ for (mwSize r=0; r<k; r++)
+ phi[active[jj]*m*k*L*Size+mm*k*L*Size+r*L*Size+(lambdaIndex*Size+j)] = phiLambda[jj*m*k+mm*k+r];
+ }
+ }
+ }
+ free(active);
+ free(phiLambda);
+ }
+ }
+ free(Rank);
+}
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