+++ /dev/null
-#include "EMGrank.h"
-#include "constructionModelesLassoRank.h"
-#include <gsl/gsl_linalg.h>
-#include <omp.h>
-#include "omp_num_threads.h"
-
-// TODO: comment on constructionModelesLassoRank purpose
-void constructionModelesLassoRank(
- // IN parameters
- const Real* Pi, // parametre initial des proportions
- const Real* Rho, // parametre initial de variance renormalisé
- Int mini, // nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
- Int maxi, // nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
- const Real* X, // régresseurs
- const Real* Y, // réponse
- Real tau, // seuil pour accepter la convergence
- const Int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
- Int rangmin, //rang minimum autorisé
- Int rangmax, //rang maximum autorisé
- // OUT parameters (all pointers, to be modified)
- Real* phi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
- Real* lvraisemblance, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
- // additional size parameters
- mwSize n, // taille de l'echantillon
- mwSize p, // nombre de covariables
- mwSize m, // taille de Y (multivarié)
- mwSize k, // nombre de composantes
- mwSize L) // taille de glambda
-{
- //On cherche les rangs possiblement intéressants
- Int deltaRank = rangmax-rangmin+1;
- mwSize Size = (mwSize)pow(deltaRank,k);
- Int* Rank = (Int*)malloc(Size*k*sizeof(Int));
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- {
- //On veut le tableau de toutes les combinaisons de rangs possibles
- //Dans la première colonne : on répète (rangmax-rangmin)^(k-1) chaque chiffre : ca remplit la colonne
- //Dans la deuxieme : on répète (rangmax-rangmin)^(k-2) chaque chiffre, et on fait ca (rangmax-rangmin)^2 fois
- //...
- //Dans la dernière, on répète chaque chiffre une fois, et on fait ca (rangmin-rangmax)^(k-1) fois.
- Int indexInRank = 0;
- Int value = 0;
- while (indexInRank < Size)
- {
- for (Int u=0; u<pow(deltaRank,k-r-1); u++)
- Rank[(indexInRank++)*k+r] = rangmin + value;
- value = (value+1) % deltaRank;
- }
- }
-
- //Initialize phi to zero, because unactive variables won't be assigned
- for (mwSize i=0; i<p*m*k*L*Size; i++)
- phi[i] = 0.0;
-
- //initiate parallel section
- mwSize lambdaIndex;
- omp_set_num_threads(OMP_NUM_THREADS);
- #pragma omp parallel default(shared) private(lambdaIndex)
- {
- #pragma omp for schedule(dynamic,CHUNK_SIZE) nowait
- for (lambdaIndex=0; lambdaIndex<L; lambdaIndex++)
- {
- //On ne garde que les colonnes actives : active sera l'ensemble des variables informatives
- Int* active = (Int*)malloc(p*sizeof(Int));
- mwSize longueurActive = 0;
- for (Int j=0; j<p; j++)
- {
- if (A1[j*L+lambdaIndex] != 0)
- active[longueurActive++] = A1[j*L+lambdaIndex] - 1;
- }
-
- if (longueurActive == 0)
- continue;
-
- //from now on, longueurActive > 0
- Real* phiLambda = (Real*)malloc(longueurActive*m*k*sizeof(Real));
- Real LLF;
- for (Int j=0; j<Size; j++)
- {
- //[phiLambda,LLF] = EMGrank(Pi(:,lambdaIndex),Rho(:,:,:,lambdaIndex),mini,maxi,X(:,active),Y,tau,Rank(j,:));
- Int* rank = (Int*)malloc(k*sizeof(Int));
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- rank[r] = Rank[j*k+r];
- Real* Xactive = (Real*)malloc(n*longueurActive*sizeof(Real));
- for (mwSize i=0; i<n; i++)
- {
- for (mwSize jj=0; jj<longueurActive; jj++)
- Xactive[i*longueurActive+jj] = X[i*p+active[jj]];
- }
- Real* PiLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- PiLambda[r] = Pi[r*L+lambdaIndex];
- Real* RhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
- for (mwSize u=0; u<m; u++)
- {
- for (mwSize v=0; v<m; v++)
- {
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- RhoLambda[u*m*k+v*k+r] = Rho[u*m*k*L+v*k*L+r*L+lambdaIndex];
- }
- }
- EMGrank(PiLambda,RhoLambda,mini,maxi,Xactive,Y,tau,rank,
- phiLambda,&LLF,
- n,longueurActive,m,k);
- free(rank);
- free(Xactive);
- free(PiLambda);
- free(RhoLambda);
- //lvraisemblance((lambdaIndex-1)*Size+j,:) = [LLF, dot(Rank(j,:), length(active)-Rank(j,:)+m)];
- lvraisemblance[(lambdaIndex*Size+j)*2] = LLF;
- //dot(Rank(j,:), length(active)-Rank(j,:)+m)
- Real dotProduct = 0.0;
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- dotProduct += Rank[j*k+r] * (longueurActive-Rank[j*k+r]+m);
- lvraisemblance[(lambdaIndex*Size+j)*2+1] = dotProduct;
- //phi(active,:,:,(lambdaIndex-1)*Size+j) = phiLambda;
- for (mwSize jj=0; jj<longueurActive; jj++)
- {
- for (mwSize mm=0; mm<m; mm++)
- {
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- phi[active[jj]*m*k*L*Size+mm*k*L*Size+r*L*Size+(lambdaIndex*Size+j)] = phiLambda[jj*m*k+mm*k+r];
- }
- }
- }
- free(active);
- free(phiLambda);
- }
- }
- free(Rank);
-}
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