+++ /dev/null
-#include "EMGLLF.h"
-#include "constructionModelesLassoMLE.h"
-#include <gsl/gsl_linalg.h>
-#include <omp.h>
-#include "omp_num_threads.h"
-
-// TODO: comment on constructionModelesLassoMLE purpose
-void constructionModelesLassoMLE(
- // IN parameters
- const Real* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
- const Real* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
- const Real* piInit, // parametre initial des proportions
- const Real* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
- Int mini, // nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
- Int maxi, // nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
- Real gamma, // valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation pour un Lasso adaptatif
- const Real* glambda, // valeur des paramètres de régularisation du Lasso
- const Real* X, // régresseurs
- const Real* Y, // réponse
- Real seuil, // seuil pour prendre en compte une variable
- Real tau, // seuil pour accepter la convergence
- const Int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
- const Int* A2, // matrice des coefficients des parametres non selectionnes
- // OUT parameters
- Real* phi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
- Real* rho, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
- Real* pi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
- Real* lvraisemblance, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
- // additional size parameters
- mwSize n, // taille de l'echantillon
- mwSize p, // nombre de covariables
- mwSize m, // taille de Y (multivarié)
- mwSize k, // nombre de composantes
- mwSize L) // taille de glambda
-{
- //preparation: phi = 0
- for (mwSize u=0; u<p*m*k*L; u++)
- phi[u] = 0.0;
-
- //initiate parallel section
- mwSize lambdaIndex;
- omp_set_num_threads(OMP_NUM_THREADS);
- #pragma omp parallel default(shared) private(lambdaIndex)
- {
- #pragma omp for schedule(dynamic,CHUNK_SIZE) nowait
- for (lambdaIndex=0; lambdaIndex<L; lambdaIndex++)
- {
- //~ a = A1(:,1,lambdaIndex);
- //~ a(a==0) = [];
- Int* a = (Int*)malloc(p*sizeof(Int));
- mwSize lengthA = 0;
- for (mwSize j=0; j<p; j++)
- {
- if (A1[j*(m+1)*L+0*L+lambdaIndex] != 0)
- a[lengthA++] = A1[j*(m+1)*L+0*L+lambdaIndex] - 1;
- }
- if (lengthA == 0)
- continue;
-
- //Xa = X(:,a)
- Real* Xa = (Real*)malloc(n*lengthA*sizeof(Real));
- for (mwSize i=0; i<n; i++)
- {
- for (mwSize j=0; j<lengthA; j++)
- Xa[i*lengthA+j] = X[i*p+a[j]];
- }
-
- //phia = phiInit(a,:,:)
- Real* phia = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
- for (mwSize j=0; j<lengthA; j++)
- {
- for (mwSize mm=0; mm<m; mm++)
- {
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- phia[j*m*k+mm*k+r] = phiInit[a[j]*m*k+mm*k+r];
- }
- }
-
- //[phiLambda,rhoLambda,piLambda,~,~] = EMGLLF(...
- // phiInit(a,:,:),rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0,X(:,a),Y,tau);
- Real* phiLambda = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
- Real* rhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
- Real* piLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
- Real* LLF = (Real*)malloc((maxi+1)*sizeof(Real));
- Real* S = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
- EMGLLF(phia,rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0.0,Xa,Y,tau,
- phiLambda,rhoLambda,piLambda,LLF,S,
- n,lengthA,m,k);
- free(Xa);
- free(phia);
- free(LLF);
- free(S);
-
- //~ for j=1:length(a)
- //~ phi(a(j),:,:,lambdaIndex) = phiLambda(j,:,:);
- //~ end
- for (mwSize j=0; j<lengthA; j++)
- {
- for (mwSize mm=0; mm<m; mm++)
- {
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- phi[a[j]*m*k*L+mm*k*L+r*L+lambdaIndex] = phiLambda[j*m*k+mm*k+r];
- }
- }
- free(phiLambda);
- //~ rho(:,:,:,lambdaIndex) = rhoLambda;
- for (mwSize u=0; u<m; u++)
- {
- for (mwSize v=0; v<m; v++)
- {
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- rho[u*m*k*L+v*k*L+r*L+lambdaIndex] = rhoLambda[u*m*k+v*k+r];
- }
- }
- free(rhoLambda);
- //~ pi(:,lambdaIndex) = piLambda;
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- pi[r*L+lambdaIndex] = piLambda[r];
- free(piLambda);
-
- mwSize dimension = 0;
- Int* b = (Int*)malloc(m*sizeof(Int));
- for (mwSize j=0; j<p; j++)
- {
- //~ b = A2(j,2:end,lambdaIndex);
- //~ b(b==0) = [];
- mwSize lengthB = 0;
- for (mwSize mm=0; mm<m; mm++)
- {
- if (A2[j*(m+1)*L+(mm+1)*L+lambdaIndex] != 0)
- b[lengthB++] = A2[j*(m+1)*L+(mm+1)*L+lambdaIndex] - 1;
- }
- //~ if length(b) > 0
- //~ phi(A2(j,1,lambdaIndex),b,:,lambdaIndex) = 0.0;
- //~ end
- if (lengthB > 0)
- {
- for (mwSize mm=0; mm<lengthB; mm++)
- {
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- phi[(A2[j*(m+1)*L+0*L+lambdaIndex]-1)*m*k*L + b[mm]*k*L + r*L + lambdaIndex] = 0.0;
- }
- }
-
- //~ c = A1(j,2:end,lambdaIndex);
- //~ c(c==0) = [];
- //~ dimension = dimension + length(c);
- for (mwSize mm=0; mm<m; mm++)
- {
- if (A1[j*(m+1)*L+(mm+1)*L+lambdaIndex] != 0)
- dimension++;
- }
- }
- free(b);
-
- int signum;
- Real* densite = (Real*)calloc(L*n,sizeof(Real));
- Real sumLogDensit = 0.0;
- gsl_matrix* matrix = gsl_matrix_alloc(m, m);
- gsl_permutation* permutation = gsl_permutation_alloc(m);
- Real* YiRhoR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real));
- Real* XiPhiR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real));
- for (mwSize i=0; i<n; i++)
- {
- //~ for r=1:k
- //~ delta = Y(i,:)*rho(:,:,r,lambdaIndex) - (X(i,a)*(phi(a,:,r,lambdaIndex)));
- //~ densite(i,lambdaIndex) = densite(i,lambdaIndex) +...
- //~ pi(r,lambdaIndex)*det(rho(:,:,r,lambdaIndex))/(sqrt(2*PI))^m*exp(-dot(delta,delta)/2.0);
- //~ end
- for (mwSize r=0; r<k; r++)
- {
- //compute det(rho(:,:,r,lambdaIndex)) [TODO: avoid re-computations]
- for (mwSize u=0; u<m; u++)
- {
- for (mwSize v=0; v<m; v++)
- matrix->data[u*m+v] = rho[u*m*k*L+v*k*L+r*L+lambdaIndex];
- }
- gsl_linalg_LU_decomp(matrix, permutation, &signum);
- Real detRhoR = gsl_linalg_LU_det(matrix, signum);
-
- //compute Y(i,:)*rho(:,:,r,lambdaIndex)
- for (mwSize u=0; u<m; u++)
- {
- YiRhoR[u] = 0.0;
- for (mwSize v=0; v<m; v++)
- YiRhoR[u] += Y[i*m+v] * rho[v*m*k*L+u*k*L+r*L+lambdaIndex];
- }
-
- //compute X(i,a)*phi(a,:,r,lambdaIndex)
- for (mwSize u=0; u<m; u++)
- {
- XiPhiR[u] = 0.0;
- for (mwSize v=0; v<lengthA; v++)
- XiPhiR[u] += X[i*p+a[v]] * phi[a[v]*m*k*L+u*k*L+r*L+lambdaIndex];
- }
- // On peut remplacer X par Xa dans ce dernier calcul, mais je ne sais pas si c'est intéressant ...
-
- // compute dotProduct < delta . delta >
- Real dotProduct = 0.0;
- for (mwSize u=0; u<m; u++)
- dotProduct += (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]) * (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]);
-
- densite[lambdaIndex*n+i] += (pi[r*L+lambdaIndex]*detRhoR/pow(sqrt(2.0*M_PI),m))*exp(-dotProduct/2.0);
- }
- sumLogDensit += log(densite[lambdaIndex*n+i]);
- }
- lvraisemblance[lambdaIndex*2+0] = sumLogDensit;
- lvraisemblance[lambdaIndex*2+1] = (dimension+m+1)*k-1;
-
- free(a);
- free(YiRhoR);
- free(XiPhiR);
- free(densite);
- gsl_matrix_free(matrix);
- gsl_permutation_free(permutation);
- }
- }
-}
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