Commit | Line | Data |
---|---|---|
8e92c49c | 1 | #include <stdlib.h> |
1d3c1faa | 2 | #include <omp.h> |
8e92c49c BA |
3 | #include <gsl/gsl_linalg.h> |
4 | #include "EMGrank.h" | |
5 | #include "utils.h" | |
1d3c1faa BA |
6 | |
7 | // TODO: comment on constructionModelesLassoRank purpose | |
09ab3c16 | 8 | void constructionModelesLassoRank_core( |
3ec579a0 | 9 | // IN parameters |
ef67d338 BA |
10 | const Real* pi,// parametre initial des proportions |
11 | const Real* rho, // parametre initial de variance renormalisé | |
3ec579a0 BA |
12 | int mini, // nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM |
13 | int maxi, // nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM | |
9ff729fb BA |
14 | const Real* X,// régresseurs |
15 | const Real* Y,// réponse | |
16 | Real tau, // seuil pour accepter la convergence | |
3ec579a0 BA |
17 | const int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes |
18 | int rangmin, //rang minimum autorisé | |
19 | int rangmax, //rang maximum autorisé | |
1d3c1faa | 20 | // OUT parameters (all pointers, to be modified) |
9ff729fb | 21 | Real* phi,// estimateur ainsi calculé par le Lasso |
c3bc4705 | 22 | Real* llh,// estimateur ainsi calculé par le Lasso |
3ec579a0 BA |
23 | // additional size parameters |
24 | int n,// taille de l'echantillon | |
25 | int p,// nombre de covariables | |
26 | int m,// taille de Y (multivarié) | |
27 | int k,// nombre de composantes | |
28 | int L)// taille de glambda | |
1d3c1faa BA |
29 | { |
30 | //On cherche les rangs possiblement intéressants | |
3ec579a0 BA |
31 | int deltaRank = rangmax-rangmin+1; |
32 | int Size = (int)pow(deltaRank,k); | |
33 | int* Rank = (int*)malloc(Size*k*sizeof(int)); | |
ef67d338 BA |
34 | for (int r=0; r<k; r++) |
35 | { | |
36 | // On veut le tableau de toutes les combinaisons de rangs possibles | |
37 | // Dans la première colonne : on répète (rangmax-rangmin)^(k-1) chaque chiffre : | |
38 | // ça remplit la colonne | |
39 | // Dans la deuxieme : on répète (rangmax-rangmin)^(k-2) chaque chiffre, | |
40 | // et on fait ça (rangmax-rangmin)^2 fois | |
41 | // ... | |
42 | // Dans la dernière, on répète chaque chiffre une fois, | |
43 | // et on fait ça (rangmin-rangmax)^(k-1) fois. | |
3ec579a0 BA |
44 | int indexInRank = 0; |
45 | int value = 0; | |
1d3c1faa BA |
46 | while (indexInRank < Size) |
47 | { | |
ef67d338 BA |
48 | int upperBoundU = (int)pow(deltaRank,k-r-1); |
49 | for (int u=0; u<upperBoundU; u++) | |
3ec579a0 | 50 | Rank[mi(indexInRank++,r,Size,k)] = rangmin + value; |
1d3c1faa BA |
51 | value = (value+1) % deltaRank; |
52 | } | |
53 | } | |
3ec579a0 | 54 | |
1d3c1faa | 55 | //Initialize phi to zero, because unactive variables won't be assigned |
3ec579a0 | 56 | for (int i=0; i<p*m*k*L*Size; i++) |
1d3c1faa | 57 | phi[i] = 0.0; |
46a2e676 BA |
58 | for (int i=0; i<L*Size*2; i++) |
59 | llh[i] = INFINITY; | |
3ec579a0 | 60 | |
1d3c1faa | 61 | //initiate parallel section |
3ec579a0 | 62 | int lambdaIndex; |
1d3c1faa BA |
63 | omp_set_num_threads(OMP_NUM_THREADS); |
64 | #pragma omp parallel default(shared) private(lambdaIndex) | |
65 | { | |
66 | #pragma omp for schedule(dynamic,CHUNK_SIZE) nowait | |
67 | for (lambdaIndex=0; lambdaIndex<L; lambdaIndex++) | |
68 | { | |
69 | //On ne garde que les colonnes actives : active sera l'ensemble des variables informatives | |
3ec579a0 BA |
70 | int* active = (int*)malloc(p*sizeof(int)); |
71 | int longueurActive = 0; | |
72 | for (int j=0; j<p; j++) | |
1d3c1faa | 73 | { |
3ec579a0 BA |
74 | if (A1[mi(j,lambdaIndex,p,L)] != 0) |
75 | active[longueurActive++] = A1[mi(j,lambdaIndex,p,L)] - 1; | |
1d3c1faa | 76 | } |
1d3c1faa BA |
77 | if (longueurActive == 0) |
78 | continue; | |
3ec579a0 | 79 | |
1d3c1faa | 80 | //from now on, longueurActive > 0 |
9ff729fb BA |
81 | Real* phiLambda = (Real*)malloc(longueurActive*m*k*sizeof(Real)); |
82 | Real LLF; | |
3ec579a0 | 83 | for (int j=0; j<Size; j++) |
1d3c1faa | 84 | { |
3ec579a0 BA |
85 | int* rank = (int*)malloc(k*sizeof(int)); |
86 | for (int r=0; r<k; r++) | |
87 | rank[r] = Rank[mi(j,r,Size,k)]; | |
9ff729fb | 88 | Real* Xactive = (Real*)malloc(n*longueurActive*sizeof(Real)); |
3ec579a0 | 89 | for (int i=0; i<n; i++) |
1d3c1faa | 90 | { |
3ec579a0 BA |
91 | for (int jj=0; jj<longueurActive; jj++) |
92 | Xactive[mi(i,jj,n,longueurActive)] = X[mi(i,active[jj],n,p)]; | |
1d3c1faa | 93 | } |
ef67d338 | 94 | Real* piLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real)); |
3ec579a0 | 95 | for (int r=0; r<k; r++) |
ef67d338 BA |
96 | piLambda[r] = pi[mi(r,lambdaIndex,k,L)]; |
97 | Real* rhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real)); | |
3ec579a0 | 98 | for (int u=0; u<m; u++) |
1d3c1faa | 99 | { |
3ec579a0 | 100 | for (int v=0; v<m; v++) |
1d3c1faa | 101 | { |
3ec579a0 | 102 | for (int r=0; r<k; r++) |
ef67d338 | 103 | rhoLambda[ai(u,v,r,m,m,k)] = rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)]; |
1d3c1faa BA |
104 | } |
105 | } | |
ef67d338 | 106 | EMGrank_core(piLambda,rhoLambda,mini,maxi,Xactive,Y,tau,rank, |
1d3c1faa BA |
107 | phiLambda,&LLF, |
108 | n,longueurActive,m,k); | |
109 | free(rank); | |
110 | free(Xactive); | |
ef67d338 BA |
111 | free(piLambda); |
112 | free(rhoLambda); | |
113 | //llh[(lambdaIndex-1)*Size+j,] = c(LLF, ...) | |
c3bc4705 | 114 | llh[mi(lambdaIndex*Size+j,0,L*Size,2)] = LLF; |
ef67d338 | 115 | //sum(Rank[j,] * (length(active)- Rank[j,] + m)) ) |
9ff729fb | 116 | Real dotProduct = 0.0; |
3ec579a0 BA |
117 | for (int r=0; r<k; r++) |
118 | dotProduct += Rank[mi(j,r,Size,k)] * (longueurActive-Rank[mi(j,r,Size,k)]+m); | |
c3bc4705 | 119 | llh[mi(lambdaIndex*Size+j,1,Size*L,2)] = dotProduct; |
ef67d338 | 120 | //phi[active,,,(lambdaIndex-1)*Size+j] = res$phi |
3ec579a0 | 121 | for (int jj=0; jj<longueurActive; jj++) |
1d3c1faa | 122 | { |
3ec579a0 | 123 | for (int mm=0; mm<m; mm++) |
1d3c1faa | 124 | { |
3ec579a0 | 125 | for (int r=0; r<k; r++) |
ef67d338 BA |
126 | { |
127 | phi[ai4(active[jj],mm,r,lambdaIndex*Size+j,p,m,k,L*Size)] = | |
128 | phiLambda[ai(jj,mm,r,longueurActive,m,k)]; | |
129 | } | |
1d3c1faa BA |
130 | } |
131 | } | |
132 | } | |
133 | free(active); | |
134 | free(phiLambda); | |
135 | } | |
136 | } | |
137 | free(Rank); | |
138 | } |