From: Benjamin Auder Date: Tue, 7 Feb 2017 13:12:39 +0000 (+0100) Subject: Initial commit X-Git-Url: https://git.auder.net/variants/img/current/assets/css/doc/R.css?a=commitdiff_plain;h=a961f8a15492bf4b18d24bc117358d1f412dd078;p=aggexp.git Initial commit --- a961f8a15492bf4b18d24bc117358d1f412dd078 diff --git a/.gitignore b/.gitignore new file mode 100644 index 0000000..74b74ee --- /dev/null +++ b/.gitignore @@ -0,0 +1,9 @@ +.RData +.Rhistory +.ipynb_checkpoints/ +*.so +*.o +*.swp +*~ +/man/* +!/man/aggexp-package.Rd diff --git a/DESCRIPTION b/DESCRIPTION new file mode 100644 index 0000000..81221fc --- /dev/null +++ b/DESCRIPTION @@ -0,0 +1,33 @@ +Package: affexp +Title: aggexp : AGGregation of EXPerts to forecast time-series +Version: 0.2-3 +Description: Blabla TODO +Authors: Benjamin Auder [aut,cre], + Jean-Michel Poggi [ctb], + Bruno Portier , [ctb] +Maintainer: Benjamin Auder +Depends: + R (>= 3.0) +Suggests: + gam, + tree, + kernlab +LazyData: yes +URL: http://git.auder.net/?p=aggexp.git +License: MIT + file LICENSE +Collate: + 'aggexp.R' + 'z_util.R' + 'b_Algorithm.R' + 'b_LinearAlgorithm.R' + 'm_ExponentialWeights.R' + 'm_GeneralizedAdditive.R' + 'm_KnearestNeighbors.R' + 'm_MLPoly.R' + 'm_RegressionTree.R' + 'm_RidgeRegression.R' + 'm_SVMclassif.R' + 'z_getData.R' + 'z_runAlgorithm.R' + 'z_plotHelper.R' + 'z_plot.R' diff --git a/LICENSE b/LICENSE new file mode 100644 index 0000000..f02a780 --- /dev/null +++ b/LICENSE @@ -0,0 +1,22 @@ +Copyright (c) 2014-2016, Benjamin AUDER + 2014-2016, Jean-Michel Poggi + 2014-2016, Bruno Portier + +Permission is hereby granted, free of charge, to any person obtaining +a copy of this software and associated documentation files (the +"Software"), to deal in the Software without restriction, including +without limitation the rights to use, copy, modify, merge, publish, +distribute, sublicense, and/or sell copies of the Software, and to +permit persons to whom the Software is furnished to do so, subject to +the following conditions: + +The above copyright notice and this permission notice shall be +included in all copies or substantial portions of the Software. + +THE SOFTWARE IS PROVIDED "AS IS", WITHOUT WARRANTY OF ANY KIND, +EXPRESS OR IMPLIED, INCLUDING BUT NOT LIMITED TO THE WARRANTIES OF +MERCHANTABILITY, FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE AND +NONINFRINGEMENT. IN NO EVENT SHALL THE AUTHORS OR COPYRIGHT HOLDERS BE +LIABLE FOR ANY CLAIM, DAMAGES OR OTHER LIABILITY, WHETHER IN AN ACTION +OF CONTRACT, TORT OR OTHERWISE, ARISING FROM, OUT OF OR IN CONNECTION +WITH THE SOFTWARE OR THE USE OR OTHER DEALINGS IN THE SOFTWARE. diff --git a/NAMESPACE b/NAMESPACE new file mode 100644 index 0000000..66b2d48 --- /dev/null +++ b/NAMESPACE @@ -0,0 +1,14 @@ +# Generated by roxygen2 (4.1.1): do not edit by hand + +export(getBestConvexCombination) +export(getBestExpert) +export(getBestLinearCombination) +export(getData) +export(getIndicators) +export(plotCloud) +export(plotCurves) +export(plotError) +export(plotRegret) +export(runAlgorithm) + +useDynLib("aggexp") diff --git a/R/b_Algorithm.R b/R/b_Algorithm.R new file mode 100644 index 0000000..3ff9cc9 --- /dev/null +++ b/R/b_Algorithm.R @@ -0,0 +1,111 @@ +#' @include z_util.R + +#' @title Algorithm +#' +#' @description Generic class to represent an algorithm +#' +#' @field H The window [t-H+1, t] considered for prediction at time step t+1 +#' @field data Data frame of the last H experts forecasts + observations. +#' +Algorithm = setRefClass( + Class = "Algorithm", + + fields = list( + H = "numeric", + data = "data.frame" + ), + + methods = list( + initialize = function(...) + { + "Initialize (generic) Algorithm object" + + callSuper(...) + if (length(H) == 0 || H < 1) + H <<- Inf + }, + inputNextForecasts = function(x) + { + "Obtain a new series of vectors of experts forecasts (1 to K)" + + nd = nrow(data) + nx = nrow(x) + indices = (nd+1):(nd+nx) + + appendedData = as.data.frame(matrix(nrow=nx, ncol=ncol(data), NA)) + names(appendedData) = names(data) + data <<- rbind(data, appendedData) + data[indices,names(x)] <<- x + }, + inputNextObservations = function(y) + { + "Obtain the observations corresponding to last input forecasts" + + #if all experts made a large unilateral error and prediction is very bad, remove data + n = nrow(data) + lastTime = data[n,"Date"] + xy = subset(data, subset=(Date == lastTime)) + xy[,"Measure"] = y + x = xy[,names(xy) != "Measure"] + y = xy[,"Measure"] + ranges = apply(x-y, 1, range) + predictableIndices = (ranges[2,] > -MAX_ERROR & ranges[1,] < MAX_ERROR) +# predictableIndices = 1:length(y) + data <<- data[1:(n-nrow(xy)),] + data <<- rbind(data, xy[predictableIndices,]) + + #oldest rows are removed to prevent infinitely growing memory usage, + #or to allow a window effect (parameter H) + delta = nrow(data) - min(H, MAX_HISTORY) + if (delta > 0) + data <<- data[-(1:delta),] + }, + predict_withNA = function() + { + "Predict observations corresponding to the last input forecasts. Potential NAs" + + n = nrow(data) + if (data[n,"Date"] == 1) + { + #no measures added so far + return (rep(NA, n)) + } + + nx = n - nrow(subset(data, subset = (Date == data[n,"Date"]))) + x = data[(nx+1):n, !names(data) %in% c("Date","Measure","Station")] + experts = names(x) + prediction = c() + + #extract a maximal submatrix of data without NAs + + iy = getNoNAindices(x, 2) + if (!any(iy)) + { + #all columns of x have at least one NA + return (rep(NA, n-nx)) + } + + data_noNA = data[1:nx,c(experts[iy], "Measure")] + ix = getNoNAindices(data_noNA) + if (!any(ix)) + { + #no full line with NA-pattern similar to x[,iy] + return (rep(NA, n-nx)) + } + + data_noNA = data_noNA[ix,] + xiy = as.data.frame(x[,iy]) + names(xiy) = names(x)[iy] + res = predict_noNA(data_noNA, xiy) + #basic sanitization: force all values >=0 + res[res < 0.] = 0. + return (res) + }, + predict_noNA = function(XY, x) + { + "Predict observations corresponding to x. No NAs" + + #empty default implementation: to implement in inherited classes + } + ) +) diff --git a/R/b_LinearAlgorithm.R b/R/b_LinearAlgorithm.R new file mode 100644 index 0000000..aaba031 --- /dev/null +++ b/R/b_LinearAlgorithm.R @@ -0,0 +1,160 @@ +#' @include b_Algorithm.R + +#' @title Linear Algorithm +#' +#' @description Generic class to represent a linear algorithm. +#' TODO: not needed in production environment; weights growing infinitely. +#' Inherits \code{\link{Algorithm}} +#' +#' @field weights The matrix of weights (in rows) associated to each expert (in columns) +#' +LinearAlgorithm = setRefClass( + Class = "LinearAlgorithm", + + fields = c( + weights = "matrix" + ), + + contains = "Algorithm", + + methods = list( + initialize = function(...) + { + callSuper(...) + weights <<- matrix(nrow=0, ncol=ncol(data)-3) + }, + + appendWeight = function(weight) + { + "Append the last computed weights to the weights matrix, for further plotting" + + n = nrow(data) + nx = n - nrow(subset(data, subset = (Date == data[n,"Date"]))) + x = data[(nx+1):n, !names(data) %in% c("Date","Measure","Station")] + iy = getNoNAindices(x, 2) + + completedWeight = rep(NA, ncol(x)) + completedWeight[iy] = weight + weights <<- rbind(weights, completedWeight) + }, + + plotWeights = function(station=1, start=1, ...) + { + "Plot the weights of each expert over time" + + if (is.character(station)) + station = match(station, stations) + + #keep only full weights (1 to K) + weights_ = weights[getNoNAindices(weights),] + weights_ = weights_[start:nrow(weights_),] + + yRange = range(weights_, na.rm=TRUE) + K = ncol(weights_) + cols = rainbow(K) + par(mar=c(5,4.5,1,1), cex=1.5) + for (i in 1:K) + { + plot(weights_[,i], type="l", xaxt="n", ylim=yRange, col=cols[i], xlab="", ylab="",cex.axis=1.5, ...) + par(new=TRUE) + } + axis(side=1, at=seq(from=1,to=nrow(weights_),by=30), labels=seq(from=0,to=nrow(weights_),by=30) + start, cex.axis=1.5) + title(xlab="Time",ylab="Weight", cex.lab=1.6) + }, + + plotWeights_rn = function(station=1, start=1, ...) + { + "Weights plotting tailored for AirNormand reports" + + if (is.character(station)) + station = match(station, stations) + + cols = c( + colors()[258], #CLM (vert) + colors()[258], #GAM + colors()[258], #CLM1 + colors()[258], #CLM2 + colors()[53], #S_AIRPARIF (orange) + colors()[53], #S_INERIS + colors()[28], #D_ESMERALDA (bleu) + colors()[28], #D_PREVAIR + colors()[28], #D_PREVAIR2 + 1 #PERSIST (noir) + ) + #l : ligne, b : cercles, o : cercles+ligne + plotTypes = rep("b", length(cols)) + ltypes = c(1,3,1,3,1,3,1,3,1,1) + pchtypes = c(21,22,24,25,21,22,21,22,24,21) + + #keep only full weights (1 to K) + weights_ = weights[getNoNAindices(weights),] + weights_ = weights_[start:nrow(weights_),] + + #TODO: HACK for plotting for presentation... + #should be: yRange = range(weights_, na.rm = TRUE) + yRange = quantile(weights_, probs=c(0.02, 0.98)) + + par(mar=c(5,4.5,1,1), cex=1.5) + for (j in 1:ncol(weights_)) + { + plot(weights_[,j],xaxt="n",ylim=yRange,type=plotTypes[j],col=cols[j],bg=cols[j],lty=ltypes[j],pch=pchtypes[j],xlab="",ylab="",cex.axis=1.5, ...) + par(new=TRUE) + } + axis(side=1, at=seq(from=1,to=nrow(weights_),by=30), labels=seq(from=0,to=nrow(weights_),by=30) + start, cex.axis=1.5) + title(xlab="Time",ylab="Weight", cex.lab=1.6) + }, + + plotWeightsByFamily_rn = function(station=1, type="Absolute", start=1, legend=TRUE, ...) + { + "Weights plotting for AirNormand reports, by family of experts. type == 'Relative' or 'Absolute'" + + if (is.character(station)) + station = match(station, stations) + + #keep only full weights (1 to K) + weights_ = weights[getNoNAindices(weights),] + weights_ = weights_[start:nrow(weights_),] + + summary = matrix(nrow=nrow(weights_), ncol=4) + if (type == "Relative") + { + summary[,1] = weights_[,1] + weights_[,2] + weights_[,3] + weights_[,4] + summary[,2] = weights_[,5] + weights_[,6] + summary[,3] = weights_[,7] + weights_[,8] + weights_[,9] + summary[,4] = weights_[,10] + } + else + { + summary[,1] = abs(weights_[,1]) + abs(weights_[,2]) + abs(weights_[,3]) + abs(weights_[,4]) + summary[,2] = abs(weights_[,5]) + abs(weights_[,6]) + summary[,3] = abs(weights_[,7]) + abs(weights_[,8]) + abs(weights_[,9]) + summary[,4] = abs(weights_[,10]) + } + + cols = c( + colors()[258], #GAM,CLM,1,2 (vert) + colors()[53], #S_AIRPARIF,S_INERIS (orange) + colors()[28], #D_ESMERALDA,D_PREVAIR,D_PREVAIR2 (bleu) + 1 #PERSIST + ) + #l : ligne, b : cercles, o : cercles+ligne + plotTypes = c("l", "l", "l", "l") + + yRange = range(summary) + par(mar=c(5,4.5,3,1), cex=1.5) + for (j in 1:4) + { + plot(summary[,j],xaxt="n",ylim=yRange,type=plotTypes[j],col=cols[j], xlab="", ylab="", cex.axis=1.5, lwd=2, ...) + par(new=TRUE) + } + axis(side=1, at=seq(from=1,to=nrow(weights_),by=30), labels=seq(from=0,to=nrow(weights_),by=30) + start, cex.axis=1.5) + title(xlab="Time",ylab=paste(type, "sum of weights"), cex.lab=1.6, main=paste(type, "sum of weights by family")) + if (legend) + { + legend("topright", #title="Somme des poids par famille", + col=c(colors()[258], colors()[53], colors()[28], 1), lwd=2, cex=1.1, + lty=rep("solid",4),legend=c("Stat. Air Normand","Stat. others","Deterministic", "Persistence")) + } + } + ) +) diff --git a/R/m_ExponentialWeights.R b/R/m_ExponentialWeights.R new file mode 100644 index 0000000..e59e28f --- /dev/null +++ b/R/m_ExponentialWeights.R @@ -0,0 +1,55 @@ +#' @include b_LinearAlgorithm.R + +#' @title Exponential Weights Algorithm +#' +#' @description Exponential Weights Algorithm. +#' Inherits \code{\link{LinearAlgorithm}} +#' +#' @field alpha Importance of weights redistribution, in [0,1]. Default: 0 +#' @field grad Whether to use or not the (sub)gradient trick. Default: FALSE +#' +ExponentialWeights = setRefClass( + Class = "ExponentialWeights", + + fields = c( + alpha = "numeric", + grad = "logical" + ), + + contains = "LinearAlgorithm", + + methods = list( + initialize = function(...) + { + callSuper(...) + if (length(alpha) == 0 || alpha < 0. || alpha > 1.) + alpha <<- 0. #no redistribution + if (length(grad) == 0) + grad <<- FALSE + }, + predict_noNA = function(XY, x) + { + K = ncol(XY) - 1 + if (K == 1) + { + #shortcut: nothing to combine + finalWeight = 1. + } + + else + { + X = XY[,names(XY) != "Measure"] + Y = XY[,"Measure"] + finalWeight = .C("ew_predict_noNA", X = as.double(t(X)), Y = as.double(Y), n = as.integer(nrow(XY)), + K = as.integer(K), alpha=as.double(alpha), grad = as.integer(grad), weight=double(K))$weight + } + + appendWeight(finalWeight) + return (matricize(x) %*% finalWeight) +# M = matricize(x) +# M[M<=30] = -1 +# M[M>30] = 1 +# return (30 + M%*%finalWeight) + } + ) +) diff --git a/R/m_GeneralizedAdditive.R b/R/m_GeneralizedAdditive.R new file mode 100644 index 0000000..5baf60b --- /dev/null +++ b/R/m_GeneralizedAdditive.R @@ -0,0 +1,42 @@ +#' @include b_Algorithm.R + +#' @title Generalized Additive Model +#' +#' @description Generalized Additive Model using the \code{gam} package. +#' Inherits \code{\link{Algorithm}} +#' +#' @field family Family of the distribution to be used. Default: gaussian(). +#' +GeneralizedAdditive = setRefClass( + Class = "GeneralizedAdditive", + + fields = c( + "family" #class "family" + ), + + contains = "Algorithm", + + methods = list( + initialize = function(...) + { + callSuper(...) + if (class(family) == "uninitializedField") + family <<- gaussian() + }, + predict_noNA = function(XY, x) + { + #GAM need some data to provide reliable results + if (nrow(XY) < 30) + { + X = XY[,names(XY) != "Measure"] + Y = XY[,"Measure"] + weight = ridgeSolve(X, Y, LAMBDA) + return (matricize(x) %*% weight) + } + + suppressPackageStartupMessages( require(gam) ) + g = gam(Measure ~ ., data=XY, family=family) + return (stats::predict(g, x)) + } + ) +) diff --git a/R/m_KnearestNeighbors.R b/R/m_KnearestNeighbors.R new file mode 100644 index 0000000..926b22b --- /dev/null +++ b/R/m_KnearestNeighbors.R @@ -0,0 +1,48 @@ +#' @include b_Algorithm.R + +#' @title K Nearest Neighbors Algorithm +#' +#' @description K Nearest Neighbors Algorithm. +#' Inherits \code{\link{Algorithm}} +#' +#' @field k Number of neighbors to consider. Default: \code{n^(2/3)} +#' +KnearestNeighbors = setRefClass( + Class = "KnearestNeighbors", + + fields = c( + k = "numeric" + ), + + contains = "Algorithm", + + methods = list( + predictOne = function(X, Y, x) + { + "Find the neighbors of one row, and solve a constrained linear system to obtain weights" + + distances = sqrt(apply(X, 1, function(z)(return (sum((z-x)^2))))) + rankedHistory = sort(distances, index.return=TRUE) + n = length(Y) + k_ = ifelse(length(k) == 0 || k <= 0. || k > n, getKnn(n), as.integer(k)) + weight = ridgeSolve(matricize(X[rankedHistory$ix[1:k_],]), Y[rankedHistory$ix[1:k_]], LAMBDA) + + return (sum(x * weight)) + }, + predict_noNA = function(XY, x) + { + X = XY[,names(XY) != "Measure"] + K = ncol(XY) - 1 + if (K == 1) + X = as.matrix(X) + else if (length(XY[["Measure"]]) == 1) + X = t(as.matrix(X)) + Y = XY[,"Measure"] + x = matricize(x) + res = c() + for (i in 1:nrow(x)) + res = c(res, predictOne(X, Y, x[i,])) + return (res) + } + ) +) diff --git a/R/m_MLPoly.R b/R/m_MLPoly.R new file mode 100644 index 0000000..a19a2c9 --- /dev/null +++ b/R/m_MLPoly.R @@ -0,0 +1,51 @@ +#' @include b_LinearAlgorithm.R + +#' @title MLpoly Algorithm +#' +#' @description MLpoly Algorithm. +#' Inherits \code{\link{LinearAlgorithm}} +#' +#' @field alpha Importance of weights redistribution, in [0,1]. Default: 0 +#' @field grad Whether to use or not the (sub)gradient trick. Default: FALSE +#' +MLpoly = setRefClass( + Class = "MLpoly", + + fields = c( + alpha = "numeric", + grad = "logical" + ), + + contains = "LinearAlgorithm", + + methods = list( + initialize = function(...) + { + callSuper(...) + if (length(alpha) == 0 || alpha < 0. || alpha > 1.) + alpha <<- 0. #no redistribution + if (length(grad) == 0) + grad <<- FALSE + }, + predict_noNA = function(XY, x) + { + K = ncol(XY) - 1 + if (K == 1) + { + #shortcut: nothing to combine + finalWeight = 1. + } + + else + { + X = XY[,names(XY) != "Measure"] + Y = XY[,"Measure"] + finalWeight = .C("ml_predict_noNA", X = as.double(t(X)), Y = as.double(Y), n = as.integer(nrow(XY)), + K = as.integer(K), alpha=as.double(alpha), grad = as.integer(grad), weight=double(K))$weight + } + + appendWeight(finalWeight) + return (matricize(x) %*% finalWeight) + } + ) +) diff --git a/R/m_RegressionTree.R b/R/m_RegressionTree.R new file mode 100644 index 0000000..d51e408 --- /dev/null +++ b/R/m_RegressionTree.R @@ -0,0 +1,36 @@ +#' @include b_Algorithm.R + +#' @title Regression Tree +#' +#' @description Regression Tree using the \code{tree} package. +#' Inherits \code{\link{Algorithm}} +#' +#' @field nleaf Number of leaf nodes after pruning. Default: Inf (no pruning) +#' +RegressionTree = setRefClass( + Class = "RegressionTree", + + fields = c( + nleaf = "numeric" + ), + + contains = "Algorithm", + + methods = list( + initialize = function(...) + { + callSuper(...) + if (length(nleaf) == 0 || nleaf < 1) + nleaf <<- Inf + }, + predict_noNA = function(XY, x) + { + require(tree, quietly=TRUE) + rt = tree(Measure ~ ., data=XY) + treeSize = sum( rt$frame[["var"]] == "" ) + if (treeSize > nleaf) + rt = prune.tree(rt, best = nleaf) + return (stats::predict(rt, as.data.frame(x))) + } + ) +) diff --git a/R/m_RidgeRegression.R b/R/m_RidgeRegression.R new file mode 100644 index 0000000..020894d --- /dev/null +++ b/R/m_RidgeRegression.R @@ -0,0 +1,49 @@ +#' @include b_LinearAlgorithm.R + +#' @title Ridge Regression Algorithm +#' +#' @description Ridge Regression Algorithm. +#' Inherits \code{\link{LinearAlgorithm}} +#' +#' @field lambda Value of lambda (let undefined for cross-validation). Default: undefined +#' @field lambdas Vector of "optimal" lambda values over time. TODO: remove for production +#' +RidgeRegression = setRefClass( + Class = "RidgeRegression", + + fields = c( + lambda = "numeric", + lambdas = "numeric" + ), + + contains = "LinearAlgorithm", + + methods = list( + predict_noNA = function(XY, x) + { + if (length(lambda) > 0 || nrow(XY) < 30) #TODO: magic number + { + #simple ridge regression with fixed lambda (not enough history for CV) + X = matricize(XY[,names(XY) != "Measure"]) + Y = XY[,"Measure"] + lambda_ = ifelse(length(lambda) > 0, lambda, LAMBDA) + weight = ridgeSolve(X, Y, lambda_) + } + + else + { + #enough data for cross-validations + require(MASS, quietly=TRUE) + gridLambda = seq(0.05,5.05,0.1) + res_lmr = lm.ridge(Measure ~ . + 0, data=XY, lambda = gridLambda) + lambda_ = res_lmr$lambda[which.min(res_lmr$GCV)] + weight = as.matrix(coef(res_lmr))[which.min(res_lmr$GCV),] + } + + lambdas <<- c(lambdas, lambda_) + + appendWeight(weight) + return (matricize(x) %*% weight) + } + ) +) diff --git a/R/m_SVMclassif.R b/R/m_SVMclassif.R new file mode 100644 index 0000000..30e9a2b --- /dev/null +++ b/R/m_SVMclassif.R @@ -0,0 +1,47 @@ +#' @include b_Algorithm.R + +#' @title SVM Algorithm +#' +#' @description SVM classifier. +#' Inherits \code{\link{Algorithm}} +#' +#' @field kernel TODO +#' @field someParam TODO +#' +SVMclassif = setRefClass( + Class = "SVMclassif", + + fields = c( + kernel = "numeric", + someParam = "logical" + ), + + contains = "Algorithm", + + methods = list( + initialize = function(...) + { + callSuper(...) + #TODO + }, + predict_noNA = function(XY, x) + { + if (nrow(XY) <= 5) + return (10) #TODO + + require(kernlab, quietly=TRUE) + XY[,"alert"] = XY[,"Measure"] > 30 + alertsIndices = XY[,"alert"] + XY[alertsIndices,"alert"] = "alert" + XY[!alertsIndices,"alert"] = "noalert" + XY[,"alert"] = as.factor(XY[,"alert"]) + XY[,"Measure"] = NULL + + ks = ksvm(alert ~ ., data=XY) + pred = as.character(predict(ks, as.data.frame(x))) + pred[pred == "alert"] = 70 + pred[pred == "noalert"] = 10 + return (as.numeric(pred)) + } + ) +) diff --git a/R/z_getData.R b/R/z_getData.R new file mode 100644 index 0000000..b4dd2ba --- /dev/null +++ b/R/z_getData.R @@ -0,0 +1,74 @@ +expertsArray = c( + "CLM", #1 + "GAM", #2 + "CLM1", #3 + "CLM2", #4 + "S_AIRPARIF", #5 + "S_INERIS", #6 + "D_ESMERALDA", #7 + "D_PREVAIR", #8 + "D_PREVAIR2", #9 + "PERSIST", #10 + #new additions only for PQV_2014 + #TODO: default behavior on station != PQV_2014 ? + "GAM_sepMar", #11 + "GAM_aprAug", #12 + "GAM_highPollution", #13 + "GAM_lowPollution", #14 + "GAM_hotTemperature", #15 + "GAM_coldTemperature", #16 + "GAM_eastWind", #17 + "GAM_westWind", #18 + "GAM_noRain", #19 + "GAM_rain" #20 +) + +stationsArray = c( + "AIL", #1 + "ALE", #2 + "CAE", #3 + "CHD", #4 + "EVT", #5 + "HRI", #6 + "IFS", #7 + "JUS", #8 + "LIS", #9 + "MAS", #10 + "MRA", #11 + "NEI", #12 + "POS", #13 + "PQV", #14 + "SLO", #15 + "HRI_2014", #16 + "LIS_2014", #17 + "PQV_2014", #18 + "PQV2" #19 +) + +#' @title Get forecasts + observations +#' +#' @description Get forecasts of all specified experts for all specified stations, also with (ordered) dates and (unordered) stations indices. +#' +#' @param experts Names of the experts. Default: all +#' @param station Names of the stations. Default: all +#' +#' @export +getData = function(experts=expertsArray, stations=stationsArray) +{ + #no need because of "LazyData: true" in DESCRIPTION + #data(list=stations, package="aggexp") + data = as.data.frame(matrix(nrow=0, ncol=1 + length(experts) + 2)) + names(data) = c("Date", experts, "Measure", "Station") + for (i in 1:length(stations)) + { + stationInfo = get(stations[i]) + #date index is sufficient; also add station index + stationInfo = cbind(Date = 1:nrow(stationInfo), stationInfo[,names(stationInfo) %in% experts], Measure = stationInfo[,"Measure"], Station = i) + data = rbind(data, stationInfo) + } + + #extra step: order by date (would be a DB request) + data = data[order(data[,"Date"]),] + + return (data) +} diff --git a/R/z_plot.R b/R/z_plot.R new file mode 100644 index 0000000..cf36ed6 --- /dev/null +++ b/R/z_plot.R @@ -0,0 +1,149 @@ +#' @include z_plotHelper.R + +#' @title Plot forecasts/observations +#' +#' @description Plot the measures at one station versus all experts forecasts. +#' +#' @param r Output of \code{\link{runAlgorithm}}. +#' @param station Name or index of the station to consider. Default: the first one +#' @param interval Time interval for the plot. Default: all time range. +#' @param experts Subset of experts for the plot. Default: all experts. +#' @param ... Additional arguments to be passed to graphics::plot method. +#' +#' @export +plotCurves = function(r, station=1, interval=1:(nrow(r$data)/length(r$stations)), experts=r$experts, cols=rainbow(length(experts)), ...) +{ + if (is.character(station)) + station = match(station, r$stations) + if (is.numeric(experts)) + experts = r$experts[experts] + + XY = subset(r$data[interval,], subset = (Station == station), select = c(experts,"Measure")) + indices = getNoNAindices(XY) + XY = XY[indices,] + X = as.matrix(XY[,names(XY) %in% experts]) + Y = XY[,"Measure"] + + yRange = range(XY) + par(mar=c(5,4.5,1,1), cex=1.5) + for (i in 1:length(experts)) + { + plot(X[,i],ylim=yRange,type="l",lty="dotted",col=cols[i],xlab="",ylab="",xaxt="n",yaxt="n", lwd=2, ...) + par(new=TRUE) + } + plot(Y, type="l", ylim=yRange, xlab="", ylab="", lwd=2, cex.axis=1.5, ...) + title(xlab="Time",ylab="Forecasts / Measures", cex.lab=1.6) + legend("topright", title="Historical PM10",lwd=c(2,1),lty=c("solid","dotted"),horiz=TRUE,legend=c("Measures","Forecasts")) +} + +#' @title Plot error +#' +#' @description Plot the absolute error over time at one station. +#' +#' @param r Output of \code{\link{runAlgorithm}}. +#' @param station Name or index of the station to consider. Default: the first one +#' @param start First index to consider (too much variability in early errors) +#' @param noNA TRUE to show only errors associated with full lines (old behavior) +#' @param ... Additional arguments to be passed to graphics::plot method. +#' +#' @export +plotError = function(r, station=1, start=1, noNA=TRUE, ...) +{ + if (is.character(station)) + station = match(station, r$stations) + + XY = subset(r$data, subset = (Station == station), select = c(r$experts,"Measure","Prediction")) + Y = XY[,"Measure"] + hatY = XY[,"Prediction"] + indices = !is.na(Y) & !is.na(hatY) + if (noNA) + { + X = XY[,names(XY) %in% r$experts] + indices = indices & getNoNAindices(X) + } + Y = Y[indices] + hatY = hatY[indices] + + error = abs(Y - hatY) + par(mar=c(5,4.5,1,1), cex=1.5) + plot(error, type="l", xaxt="n", xlab="Time",ylab="L1 error", cex.lab=1.6, cex.axis=1.5, ...) + axis(side=1, at=(seq(from=start,to=length(Y),by=30) - start), labels=seq(from=start,to=length(Y),by=30), cex.axis=1.5) +} + +#' @title Plot regret +#' +#' @description Plot the regret over time at one station. +#' +#' @param r Output of \code{\link{runAlgorithm}}. +#' @param vs Linear weights to compare with. Can be obtained by the \code{getBestXXX} methods, or by any other mean. +#' @param station Name or index of the station to consider. Default: the first one +#' @param start First index to consider (too much variability in early errors) +#' @param ... Additional arguments to be passed to graphics::plot method. +#' +#' @export +plotRegret = function(r, vs, station=1, start=1, ...) +{ + if (is.character(station)) + station = match(station, r$stations) + + XY = subset(r$data, subset = (Station == station), select = c(r$experts,"Measure","Prediction")) + X = XY[,names(XY) %in% r$experts] + Y = XY[,"Measure"] + hatY = XY[,"Prediction"] + + indices = !is.na(Y) & !is.na(hatY) & getNoNAindices(X) + X = as.matrix(X[indices,]) + Y = Y[indices] + hatY = hatY[indices] + + error2 = abs(Y - hatY)^2 + vsError2 = abs(Y - X %*% vs)^2 + cumErr2 = cumsum(error2) / seq_along(error2) + cumVsErr2 = cumsum(vsError2) / seq_along(vsError2) + regret = cumErr2 - cumVsErr2 + + par(mar=c(5,4.5,1,1), cex=1.5) + plot(regret, type="l", xaxt="n", xlab="Time", ylab="Regret", cex.lab=1.6, cex.axis=1.5, ...) + abline(a=0., b=0., col=2) + axis(side=1, at=(seq(from=start,to=length(Y),by=30) - start), labels=seq(from=start,to=length(Y),by=30), cex.axis=1.5) +} + +#' @title Plot predicted/expected cloud +#' +#' @description Plot the cloud of forecasts/observations + statistical indicators. +#' +#' @param r Output of \code{\link{runAlgorithm}}. +#' @param thresh Threshold to consider for alerts (usually 30 or 50) +#' @param hintThresh thresholds to draw on the plot to help visualization. Often \code{c(30,50,80)} +#' @param station Name or index of the station to consider. Default: the first one +#' @param noNA TRUE to show only errors associated with full lines (old behavior) +#' @param ... Additional arguments to be passed to graphics::plot method. +#' +#' @export +plotCloud = function(r, thresh=30, hintThresh=c(30,50,80), station=1, noNA=TRUE, ...) +{ + if (is.character(station)) + station = match(station, r$stations) + + XY = subset(r$data, subset = (Station == station), select = c(r$experts,"Measure","Prediction")) + Y = XY[,"Measure"] + hatY = XY[,"Prediction"] + indices = !is.na(Y) & !is.na(hatY) + if (noNA) + { + X = XY[,names(XY) %in% r$experts] + indices = indices & getNoNAindices(X) + } + Y = Y[indices] + hatY = hatY[indices] + + indics = getIndicators(r, thresh, station, noNA) + + par(mar=c(5,5,3,2), cex=1.5) + plot(Y, hatY, xlab="Measured PM10", ylab="Predicted PM10", + cex.lab=1.6, cex.axis=1.5, xlim=c(0,120), ylim=c(0,120), ...) + abline(0,1,h=hintThresh,v=hintThresh,col=2,lwd=2) +# legend("topleft",legend=c(paste("EV ",indics$EV),paste("RMSE ",indics$RMSE)),cex=1.2) + legend("topleft",legend=paste("RMSE ",indics$RMSE)) + legend("bottomright",legend=c(paste("TS ",indics$TS))) +} diff --git a/R/z_plotHelper.R b/R/z_plotHelper.R new file mode 100644 index 0000000..f522f0f --- /dev/null +++ b/R/z_plotHelper.R @@ -0,0 +1,100 @@ +#' @include z_runAlgorithm.R + +#' @title Get best expert index +#' +#' @description Return the weights corresponding to the best expert (...0,1,0...) +#' +#' @param r Output of \code{\link{runAlgorithm}} +#' +#' @export +getBestExpert = function(r) +{ + X = as.matrix(r$data[,names(r$data) %in% r$experts]) + Y = r$data[,"Measure"] + + bestIndex = which.min(colMeans(abs(X - Y)^2, na.rm=TRUE)) + res = rep(0.0, length(r$experts)) + res[bestIndex] = 1.0 + return (res) +} + +#' @title Get best convex combination +#' +#' @description Return the weights p minimizing the quadratic error ||X*p-Y||^2 under convexity contraint. +#' +#' @param r Output of \code{\link{runAlgorithm}} +#' +#' @export +getBestConvexCombination = function(r) +{ + X = r$data[,r$experts] + Y = as.double(r$data[,"Measure"]) + indices = getNoNAindices(X) & !is.na(Y) + X = as.matrix(X[indices,]) + Y = Y[indices] + + K = length(r$experts) + return (constrOptim(theta=rep(1.0/K,K), + method="Nelder-Mead", #TODO: others not better... why? + f=function(p){return(sum((X%*%p-Y)^2))}, + grad=NULL, #function(p){return(2.*t(X)%*%(X%*%p-Y))}, + ui=rbind(rep(1.,K),rep(-1.,K),diag(K)), ci=c(0.99999,-1.00001, rep(0.,K)), + control=list(ndeps=1e-3,maxit=10000))$par) +} + +#' @title Get best linear combination +#' +#' @description Return the weights u minimizing the quadratic error ||r$X*u-r$Y||^2 +#' +#' @param r Output of \code{\link{runAlgorithm}} +#' +#' @export +getBestLinearCombination = function(r) +{ + X = r$data[,r$experts] + Y = r$data[,"Measure"] + indices = getNoNAindices(X) & !is.na(Y) + X = as.matrix(X[indices,]) + Y = Y[indices] + + return (mpPsInv(X) %*% Y) +} + +#' @title Get statistical indicators +#' +#' @description Return respectively the TS, FA, MA, RMSE, EV indicators in a list. +#' +#' @param r Output of \code{\link{runAlgorithm}} +#' @param thresh Threshold to compute alerts indicators. +#' @param station Name or index of the station to consider. Default: the first one +#' @param noNA TRUE to show only errors associated with full lines (old behavior) +#' +#' @export +getIndicators = function(r, thresh, station=1, noNA=TRUE) +{ + if (is.character(station)) + station = match(station, r$stations) + + #TODO: duplicated block (same in plotCloud()) + XY = subset(r$data, subset = (Station == station), select = c(r$experts,"Measure","Prediction")) + Y = XY[,"Measure"] + hatY = XY[,"Prediction"] + indices = !is.na(Y) & !is.na(hatY) + if (noNA) + { + X = XY[,names(XY) %in% r$experts] + indices = indices & getNoNAindices(X) + } + Y = Y[indices] + hatY = hatY[indices] + + RMSE = round(sqrt(sum((Y - hatY)^2) / length(Y)),2) + EV = round(1 - var(Y-hatY) / var(Y), 2) + A = sum(hatY >= thresh & Y >= thresh, na.rm=TRUE) #right alarm + B = sum(hatY >= thresh & Y < thresh, na.rm=TRUE) #false alarm + C = sum(hatY < thresh & Y >= thresh, na.rm=TRUE) #missed alert + TS = round(A/(A+B+C),2) + FA = B/(A+B) + MA = C/(A+C) + return (list("TS"=TS, "FA"=FA, "MA"=MA, "RMSE"=RMSE, "EV"=EV)) +} diff --git a/R/z_runAlgorithm.R b/R/z_runAlgorithm.R new file mode 100644 index 0000000..f1c6ea4 --- /dev/null +++ b/R/z_runAlgorithm.R @@ -0,0 +1,97 @@ +#' @include b_Algorithm.R + +algoNameDictionary = list( + ew = "ExponentialWeights", + kn = "KnearestNeighbors", + ga = "GeneralizedAdditive", + ml = "MLpoly", + rt = "RegressionTree", + rr = "RidgeRegression", + sv = "SVMclassif" +) + +#' @title Simulate real-time predict +#' +#' @description Run the algorithm coded by \code{shortAlgoName} on data specified by the \code{stations} argument. +#' +#' @param shortAlgoName Short name of the algorithm. +#' \itemize{ +#' \item ew : Exponential Weights +#' \item ga : Generalized Additive Model +#' \item kn : K Nearest Neighbors +#' \item ml : MLpoly +#' \item rt : Regression Tree +#' \item rr : Ridge Regression +#' } +#' @param experts Vector of experts to consider (names or indices). Default: all of them. +#' @param stations Vector of stations to consider (names or indices). Default: all of them. +#' @param ... Additional arguments to be passed to the Algorithm object. +#' +#' @return A list with the following slots +#' \itemize{ +#' \item{data : data frame of all forecasts + measures (may contain NAs) + predictions, with date and station indices.} +#' \item{algo : object of class \code{Algorithm} (or sub-class).} +#' \item{experts : character vector of experts for this run.} +#' \item{stations : character vector of stations for this run.} +#' } +#' +#' @export +runAlgorithm = function(shortAlgoName, experts=expertsArray, stations=stationsArray, ...) +{ + #check, sanitize and format provided arguments + if (! shortAlgoName %in% names(algoNameDictionary)) + stop(paste("Typo in short algo name:", shortAlgoName)) + if (!is.character(experts) && !is.numeric(experts)) + stop("Wrong argument type: experts should be character or integer") + if (!is.character(stations) && !is.numeric(stations)) + stop("Wrong argument type: stations should be character or integer") + experts = unique(experts) + stations = unique(stations) + Ka = length(expertsArray) + Sa = length(stationsArray) + if (length(experts) > Ka) + stop("Too many experts specified: at least one of them does not exist") + if (length(stations) > Sa) + stop("Too many stations specified: at least one of them does not exist") + if (is.numeric(experts) && any(experts > Ka)) + stop(paste("Some experts indices are higher than the maximum which is", Ka)) + if (is.numeric(stations) && any(stations > Sa)) + stop(paste("Some stations indices are higher than the maximum which is", Sa)) + if (is.character(experts)) + { + expertsMismatch = (1:Ka)[! experts %in% expertsArray] + if (length(expertsMismatch) > 0) + stop(cat(paste("Typo in experts names:", experts[expertsMismatch]), sep="\n")) + } + if (is.character(stations)) + { + stationsMismatch = (1:Sa)[! stations %in% stationsArray] + if (length(stationsMismatch) > 0) + stop(cat(paste("Typo in stations names:", stations[stationsMismatch]), sep="\n")) + } + if (!is.character(experts)) + experts = expertsArray[experts] + if (!is.character(stations)) + stations = stationsArray[stations] + + #get data == ordered date indices + forecasts + measures + stations indices (would be DB in prod) + oracleData = getData(experts, stations) + + #simulate incremental forecasts acquisition + prediction + get measure + algoData = as.data.frame(matrix(nrow=0, ncol=ncol(oracleData))) + names(algoData) = names(oracleData) + algorithm = new(algoNameDictionary[[shortAlgoName]], data=algoData, ...) + predictions = c() + T = oracleData[nrow(oracleData),"Date"] + for (t in 1:T) + { + #NOTE: bet that subset extract rows in the order they appear + tData = subset(oracleData, subset = (Date==t)) + algorithm$inputNextForecasts(tData[,names(tData) != "Measure"]) + predictions = c(predictions, algorithm$predict_withNA()) + algorithm$inputNextObservations(tData[,"Measure"]) + } + + oracleData = cbind(oracleData, Prediction = predictions) + return (list(data = oracleData, algo = algorithm, experts = experts, stations = stations)) +} diff --git a/R/z_util.R b/R/z_util.R new file mode 100644 index 0000000..996a5f8 --- /dev/null +++ b/R/z_util.R @@ -0,0 +1,49 @@ +#Maximum size of stored data to predict next PM10 +MAX_HISTORY = 10000 + +#Default lambda value (when too few data) +LAMBDA = 2. + +#Maximum error to keep a line in (incremental) data +MAX_ERROR = 20. + +#Turn a "vector" into 1D matrix if needed (because R auto cast 1D matrices) +matricize = function(x) +{ + if (!is.null(dim(x))) + return (as.matrix(x)) + return (t(as.matrix(x))) +} + +#Moore-Penrose pseudo inverse +mpPsInv = function(M) +{ + epsilon = 1e-10 + s = svd(M) + sd = s$d ; sd[sd < epsilon] = Inf + sd = diag(1.0 / sd, min(nrow(M),ncol(M))) + return (s$v %*% sd %*% t(s$u)) +} + +#Heuristic for k in knn algorithms +getKnn = function(n) +{ + return ( max(1, min(50, ceiling(n^(2./3.)))) ) +} + +#Minimize lambda*||u||^2 + ||Xu - Y||^2 +ridgeSolve = function(X, Y, lambda) +{ + s = svd(X) + deltaDiag = s$d / (s$d^2 + lambda) + deltaDiag[!is.finite(deltaDiag)] = 0.0 + if (length(deltaDiag) > 1) + deltaDiag = diag(deltaDiag) + return (s$v %*% deltaDiag %*% t(s$u) %*% Y) +} + +#Return the indices (of rows, by default) without any NA +getNoNAindices = function(M, margin=1) +{ + return (apply(M, margin, function(z)(!any(is.na(z))))) +} diff --git a/README.md b/README.md new file mode 100644 index 0000000..621f83f --- /dev/null +++ b/README.md @@ -0,0 +1,21 @@ +# Experts aggregation for air quality forecasting + +Joint work with [Jean-Michel Poggi](http://www.math.u-psud.fr/~poggi/) and [Bruno Portier](http://lmi2.insa-rouen.fr/~bportier/) + +--- + +This project gathers public material of a contract with [AirNormand](http://www.airnormand.fr/), located in Normandie (France). +This institute is in charge of monitoring and forecasting the air quality in its region. + +Several forecasting models are available, but it is difficult to choose one and discard the others, because +the performances vary significantly over time. +Therefore, the main goal of our study is to experiment several rules of experts (sequential) aggregation, and +compare the performances against individual forecasters and some oracles. + +--- + +TODO: modify, public presentation... +For aditional details, have a look at the short paper and slides in "communication/" folder. +They were presented at the Journées de Statistique, in Lille, France (2015). + +The final report can be found at [this location](http://www.airnormand.fr/Publications/Publications-telechargeables/Rapports-d-etudes) diff --git a/TODO b/TODO new file mode 100644 index 0000000..0164e58 --- /dev/null +++ b/TODO @@ -0,0 +1,10 @@ +get experts and stations names from files and data !! +this avoid hard-coding and make generic usage possible + +constants in utils.R shouldn't be there + +permettre un sep sur les data CSV (dans ppmfun aussi) + +Que fait RIDGE ? + +Améliorer / augmenter doc diff --git a/data/AIL.csv b/data/AIL.csv new file mode 100644 index 0000000..0d492a8 --- /dev/null +++ b/data/AIL.csv @@ -0,0 +1,761 @@ +Date;CLM;GAM;CLM1;CLM2;S_AIRPARIF;S_INERIS;D_ESMERALDA;D_PREVAIR;D_PREVAIR2;PERSIST;Measure +01/04/2013;25.23415554;28.24453465;25.23415554;64.47121297;37;42;28.70833333;28.83333333;30;23;49 +02/04/2013;35.70689638;41.03067442;35.70689637;76.26469107;36;32;30.2025;28.725;30.15;49;34 +03/04/2013;32.51248887;37.48249257;32.51248887;80.33331568;41;43;34.0675;29.925;28.26666667;34;46 +04/04/2013;30.95767505;36.67718368;30.95767505;84.06998504;41;39;35.26666667;33.0625;30.14166667;46;55 +05/04/2013;45.00843281;51.56409319;45.00843281;97.83612573;39;38;32.17583333;;28.75416667;55;42 +06/04/2013;42.94449737;46.54489864;42.94449737;85.55356436;29;42;18.81791667;20.8375;31.17916667;42;24 +07/04/2013;28.57255391;29.22900848;28.57255391;83.34983926;38;38;31.95625;31.03333333;29.60416667;24;32 +08/04/2013;24.04602807;22.75085608;24.04592306;47.26513907;22;27;19.01875;18.48333333;;32;32 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(cf. mail Michel) +Ligne 2 PQV_2014.csv : avant dernière valeur == "C" (?!), remplacée par NA (vide) diff --git a/data/SLO.csv b/data/SLO.csv new file mode 100644 index 0000000..f11e6a4 --- /dev/null +++ b/data/SLO.csv @@ -0,0 +1,761 @@ +Date;CLM;GAM;CLM1;CLM2;S_AIRPARIF;S_INERIS;D_ESMERALDA;D_PREVAIR;D_PREVAIR2;PERSIST;Measure +01/04/2013;30.954386;31.25713128;38.84692162;22.6713309;31;43;24.38791667;24.46666667;28.00416667;29;42 +02/04/2013;30.78497066;31.05419807;40.03873752;22.62830949;25;33;22.67333333;25.09166667;27.14583333;42;35 +03/04/2013;39.25120456;36.70425813;48.12969816;26.32220308;34;44;32.85708333;31.425;30.0625;35;40 +04/04/2013;34.05319244;30.83552236;41.10393195;20.03433317;31;39;31.89458333;31.7;30.71666667;40;55 +05/04/2013;57.54438597;46.26707133;63.85266786;32.05966526;30;31;30.34208333;;24.9125;55;32 +06/04/2013;39.86703067;38.25887322;49.51578071;28.41504141;30;42;19.89291667;20.76666667;25.77916667;32;21 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+04/04/2015;17.86421621;17.08267034;24.99237384;16.24170282;21;19;18.19208333;14.325;12.73333333;8;16 +05/04/2015;18.27582662;16.29185217;27.72685374;16.77393207;23;19;21.3125;19.09166667;12.9125;16;14 +06/04/2015;27.97196993;30.41527677;33.18866244;25.33408114;22;23;20.38;20.7625;12.38333333;14;20 +07/04/2015;31.70458491;33.8701625;37.6156593;26.49674268;43;30;31.59833333;31.20416667;16.86666667;20;32 +08/04/2015;35.90702474;37.43304815;43.91307784;30.43036636;46;34;32.40166667;36.02916667;21.2;32;42 +09/04/2015;49.08801391;47.57499103;56.52756904;37.69037327;49;31;32.715;26.65833333;10.42916667;42;44 +10/04/2015;41.65800456;44.48755354;60.66569395;37.79223731;23;23;15.81583333;13.5375;9.4625;44;30 +11/04/2015;43.84645274;40.69412472;49.20624785;29.62795427;15;26;16.3925;14.075;10.3375;30;12 +12/04/2015;24.23558569;25.40354558;30.79851503;22.02495147;17;24;16.44875;15.2625;8.479166667;12;11 +13/04/2015;23.35838992;25.32630843;25.49256804;22.58867558;22;21;20.49666667;18.99166667;10.27916667;11;19 +14/04/2015;28.44273907;28.51470781;33.15191576;27.08264865;20;19;13.14666667;15.45833333;6.191666667;19;22 +15/04/2015;34.57653111;35.93942975;43.69937286;31.42629692;21;19;12.2375;12.79583333;5.958333333;22;24 +16/04/2015;30.71057524;32.51936235;38.39297483;26.88648843;24;27;17.78708333;25.60833333;15.8625;24;43 +17/04/2015;22.16882882;23.79733982;30.93112921;18.03596053;55;32;35.80875;31.14166667;27.85416667;43;45 +18/04/2015;48.33460323;41.07207371;50.82693884;27.51344826;25;28;14.97208333;18.14583333;10.625;45;27 +19/04/2015;18.63921733;19.69574388;29.01685674;15.85466162;36;33;23.61291667;28.5625;22.05833333;27;24 +20/04/2015;;;;;46;34;28.01416667;34.4625;25.07916667;24; +21/04/2015;;;;;54;36;27.58708333;36.975;23.62916667;;31 +22/04/2015;31.98888643;31.67810014;38.38787909;22.26810634;37;35;24.0325;33.575;20.9875;31;29 +23/04/2015;20.76587714;22.32365927;26.95763329;18.41911861;40;36;27.50875;34.14583333;18.5625;29;47 +24/04/2015;31.64560942;33.2262318;39.29968816;26.14146658;20;24;13.8575;13.30416667;;47;30 +25/04/2015;40.63875162;39.2936308;51.34735371;29.55271167;11;19;7.047916667;5.683333333;4.6125;30;8 +26/04/2015;10.57964188;10.35934418;13.64089948;9.675438737;20;20;14.83458333;14.8625;10.37916667;8;10 +27/04/2015;11.33572842;10.30672639;12.92990899;10.85700693;15;13;13.33083333;12.8875;15.32916667;10;13 +28/04/2015;17.46361165;17.40487022;21.49181562;16.29093222;10;14;10.7325;8.6;11.34166667;13;10 +29/04/2015;18.44307173;17.2436357;26.13226425;16.85258278;17;16;11.91375;10.575;;10;10 +30/04/2015;20.01069086;20.49719885;27.63636462;17.93188587;10;11;9.470833333;3.8625;;10;6 diff --git a/man/aggexp-package.Rd b/man/aggexp-package.Rd new file mode 100644 index 0000000..e531d7c --- /dev/null +++ b/man/aggexp-package.Rd @@ -0,0 +1,42 @@ +\name{aggexp-package} +\alias{aggexp-package} +\alias{aggexp} +\docType{package} + +\title{ + \packageTitle{aggexp} +} + +\description{ + \packageDescription{aggexp} +} + +\details{ + The package devtools should be useful in development stage, since we rely on testthat for + unit tests, and roxygen2 for documentation. knitr is used to generate the package vignette. + Concerning the other suggested packages: + \itemize{ + \item{TODO...;} + \item{TODO...;} + } + + The three main functions are located in R/main.R: + \itemize{ + \item{TODO...;} + \item{TODO...;} + } +} + +\author{ + \packageAuthor{aggexp} + + Maintainer: \packageMaintainer{aggexp} +} + +%\references{ +% TODO: Literature or other references for background information +%} + +%\examples{ +% TODO: simple examples of the most important functions +%} diff --git a/scripts/.gitignore b/scripts/.gitignore new file mode 100644 index 0000000..02ff868 --- /dev/null +++ b/scripts/.gitignore @@ -0,0 +1 @@ +/summariesByStation/ diff --git a/scripts/buildexp/build_GAM.R b/scripts/buildexp/build_GAM.R new file mode 100644 index 0000000..b244386 --- /dev/null +++ b/scripts/buildexp/build_GAM.R @@ -0,0 +1,122 @@ +#Station PQV, training 2008-2013, testing 2013-2015 +#side-effect: write predicted PM10 in files with meaningful names + +buildGAM = function(ifile = "../aggexp/data/PQV2.csv", weightType = 0) +{ + require(mgcv) + + #get learning data + Xl = read.table("data_PQV/train.csv", header=TRUE, sep=";", as.is=TRUE) + Xl[,"PAmoy"] = Xl[,"PAmoy"] - 1000 + Xl[,"JourJM1"] = factor(Xl[,"JourJM1"], levels=c("sem","ven","sam","dim")) + Xl = na.omit(Xl) + + #get testing data + Xt = read.table("data_PQV/test.csv", header=TRUE, sep=";", as.is=TRUE) + Xt[,"PAmoy"] = Xt[,"PAmoy"] - 1000 + Xt[,"JourJM1"] = factor(Xt[,"JourJM1"], levels = c("sem","ven","sam","dim")) + #Xt = na.omit(Xt) #impossible: we need data aligned + + #prepare formula + #formula = as.formula("PM10_j ~ s(PM10_jm1,bs='cr',k=20) + s(Tmoy,bs='cr',k=20) + s(VVmoy,bs='cr',k=20) + s(PAmoy,bs='cr',k=20) + s(GTmax,bs='cr',k=20) + JourJM1") + formula = as.formula("PM10_j ~ s(PM10_jm1) + s(Tmoy) + s(VVmoy) + s(PAmoy) + s(GTmax) + JourJM1") + + #compute all weights + n = nrow(Xl) + weights = as.data.frame(matrix(nrow=n, ncol=0)) + + #normal + #weights = cbind(weights, normal = sqrt(Xl[, "PM10_j"])) + + #seasons (April --> August = "low pollution") + aprAug_indices = months(as.Date(Xl[,"Date"])) %in% c("April","May","June","July","August") + nb_aprAug = sum(aprAug_indices) + weights_sepMar = rep(2. * n/nb_aprAug, n) + weights_sepMar[!aprAug_indices] = 8. * n/(n-nb_aprAug) + weights = cbind(weights, sepMar = weights_sepMar) + weights_aprAug = rep(8. * n/nb_aprAug, n) + weights_aprAug[!aprAug_indices] = 2. * n/(n-nb_aprAug) + weights = cbind(weights, aprAug = weights_aprAug) + + #pollution + highPolluted_indices = Xl[,"PM10_j"] > 50 + nb_highPolluted = sum(highPolluted_indices) + midPolluted_indices = !highPolluted_indices & Xl[,"PM10_j"] > 30 + nb_midPolluted = sum(midPolluted_indices) + weights_polluted = rep(1. * n/(n-nb_highPolluted-nb_midPolluted), n) + weights_polluted[midPolluted_indices] = 3. * n/nb_midPolluted + weights_polluted[highPolluted_indices] = 6. * n/nb_highPolluted + weights = cbind(weights, highPollution = weights_polluted) + weights_notPolluted = rep(8. * n/(n-nb_highPolluted-nb_midPolluted), n) + weights_notPolluted[midPolluted_indices] = 1. * n/nb_midPolluted + weights_notPolluted[highPolluted_indices] = 1. * n/nb_highPolluted + weights = cbind(weights, lowPollution = weights_notPolluted) + + #week-end (saturdays and sundays are merged) +# weekend_indices = Xl[,"JourJM1"] %in% c("ven", "sam") +# nb_weekend = sum(weekend_indices) +# weights_week = rep(8. * n/(n-nb_weekend), n) +# weights_week[weekend_indices] = 2. * n/nb_weekend +# weights = cbind(weights, week = weights_week) +# weights_weekEnd = rep(2. * n/(n-nb_weekend), n) +# weights_weekEnd[weekend_indices] = 8. * n/nb_weekend +# weights = cbind(weights, weekEnd = weights_weekEnd) + + #temperature + highTemperature_indices = Xl[,"PM10_j"] > 20 + nb_high = sum(highTemperature_indices) + midTemperature_indices = !highTemperature_indices & Xl[,"Tmoy"] > 5 + nb_mid = sum(midTemperature_indices) + weights_hot = rep(1. * n/(n-nb_mid-nb_high), n) + weights_hot[midTemperature_indices] = 2. * n/nb_mid + weights_hot[highTemperature_indices] = 7. * n/nb_high + weights = cbind(weights, hotTemperature = weights_hot) + weights_cold = rep(7. * n/(n-nb_mid-nb_high), n) + weights_cold[midTemperature_indices] = 2. * n/nb_mid + weights_cold[highTemperature_indices] = 1. * n/nb_high + weights = cbind(weights, coldTemperature = weights_cold) + + #wind + eastWindIndices = Xl[,"DirVent"] < 180 + westWindIndices = Xl[,"DirVent"] >= 180 + nbEast = sum(eastWindIndices) + nbWest = sum(westWindIndices) + weights_east = rep(8. * n/nbEast, n) + weights_east[westWindIndices] = 2. * n/nbWest + weights_west = rep(8. * n/nbWest, n) + weights_west[eastWindIndices] = 2. * n/nbEast + weights = cbind(weights, eastWind = weights_east, westWind = weights_west) + + #rain + rainIndices = Xl[,"Pluie"] > 0 + noRainIndices = Xl[,"Pluie"] == 0 + nbRain = sum(rainIndices) + nbNoRain = sum(noRainIndices) + weights_rain = rep(8. * n/nbRain, n) + weights_rain[noRainIndices] = 2. * n/nbNoRain + weights_noRain = rep(8. * n/nbNoRain, n) + weights_noRain[rainIndices] = 2. * n/nbRain + weights = cbind(weights, noRain = weights_noRain, rain = weights_rain) + + #obtain predictions for each weights column + m = ncol(weights) + data_PQV = read.table(ifile, header=TRUE, sep=";", as.is=TRUE)[,1:12] + models = as.list(rep(NA, m)) + for (i in 1:m) + { + if (weightType == 0) + modelGAM = gam(formula, data = subset(Xl, subset = weights[,i] == max(weights[,i]))) + else if (weightType == 1) + { + weights_i = rep(1., n) + weights_i[weights[,i] != max(weights[,i])] = .Machine$double.eps #almost 0 + modelGAM = gam(formula, data = Xl, weights = weights_i) + } + else if (weightType == 2) + modelGAM = gam(formula, data = Xl, weights = weights[,i]) #, na.action=na.exclude) + data_PQV[,paste("GAM_",names(weights)[i],sep="")] = predict(modelGAM, newdata = Xt) + models[[i]] = serialize(modelGAM, NULL) + } + write.table(data_PQV, ifile, quote=FALSE, sep=";", row.names=FALSE) + return (models) +} diff --git a/scripts/buildexp/data_PQV/test.csv b/scripts/buildexp/data_PQV/test.csv new file mode 100644 index 0000000..3494462 --- /dev/null +++ b/scripts/buildexp/data_PQV/test.csv @@ -0,0 +1,731 @@ +Date;Tmoy;VVmoy;PAmoy;GTmax;JourJM1;PM10_jm1 +2013-04-03;3.66;5.59625;1011.0125;0.06;sem;36 +2013-04-04;4.14;7.085;1006.3875;-0.03;sem;52 +2013-04-05;3.3075;7.17;1009.3875;0.11;sem;62 +2013-04-06;3.53;4.725;1021.2;0.2;ven;52 +2013-04-07;4.5225;4.0175;1017.425;3.78;sam;32 +2013-04-08;4.6925;2.68125;1003.775;0.61;dim;36 +2013-04-09;7.93625;6.49875;995.57875;0.35;sem;37 +2013-04-10;8.185;4.23875;1005.6125;-0.42;sem;14 +2013-04-11;10.6375;5.19875;1000.32875;0.32;sem;19 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+2013-03-27;66;2.9;1008.7;2.6;-0.6;sem;61;53;0 +2013-03-28;70;3;1010;2.1;-0.3;sem;66;5;0 +2013-03-29;65;3.5;1008.7;1.6;0.9;ven;70;68;0 +2013-03-30;71;5;1008.8;1.7;-0.9;sam;65;43;0 +2013-03-31;32;3.7;1012.5;0.7;0.9;dim;71;57;0 +2013-04-01;48;6.1;1007.1;2.7;-0.1;sem;32;67;0 +2013-04-02;36;5.5;1010.2;3.7;0.2;sem;48;42;0 diff --git a/scripts/buildexp/plotComparison.R b/scripts/buildexp/plotComparison.R new file mode 100644 index 0000000..7f850a5 --- /dev/null +++ b/scripts/buildexp/plotComparison.R @@ -0,0 +1,17 @@ +library(aggexp) +rr_all = runAlgorithm("rr", experts=1:22, stations="PQV_2014", H=183) +ml_all = runAlgorithm("ml", experts=1:22, stations="PQV_2014", H=183, grad=TRUE) +ml_half = runAlgorithm("ml", experts=c(1:10,11,13,15,17,19,21), stations="PQV_2014", H=183, grad=TRUE) +rr_half = runAlgorithm("rr", experts=c(1:10,11,13,15,17,19,21), stations="PQV_2014", H=183) +rr_nogam = runAlgorithm("rr", experts=1:10, stations="PQV_2014", H=183) +ml_nogam = runAlgorithm("ml", experts=1:10, stations="PQV_2014", H=183, grad=TRUE) + +png("comparePerformances.png", width=1920, height=1080) +par(las=1, mfrow=c(2,3)) +plotCloud(rr_nogam, main="RR - no GAM") +plotCloud(rr_half, main="RR - high polluted GAM") +plotCloud(rr_all, main="RR - all GAM") +plotCloud(ml_nogam, main="ML - no GAM") +plotCloud(ml_half, main="ML - high polluted GAM") +plotCloud(ml_all, main="ML - all GAM") +dev.off() diff --git a/scripts/buildexp/plotPartials.R b/scripts/buildexp/plotPartials.R new file mode 100644 index 0000000..38967a1 --- /dev/null +++ b/scripts/buildexp/plotPartials.R @@ -0,0 +1,22 @@ +#models as returned by buildGAM(): +plotPartials2 = function(models, index) +{ + model1 = unserialize(models[[index]]) + model2 = unserialize(models[[index+1]]) + par(las=1, mfrow=c(2,3)) + for (i in 1:6) + { + #TODO: yRange = ... + plot(model1, select = i, col=2, col.axis=2)#, ylim=yRange) + par(new=TRUE) + plot(model2, select = i)#, ylim=yRange) + } +} + +plotPartials = function(models, index) +{ + model = unserialize(models[[index]]) + par(las=1, mfrow=c(2,3)) + for (i in 1:6) + plot(model, select = i) +} diff --git a/scripts/make_summaries/launchReports.sh b/scripts/make_summaries/launchReports.sh new file mode 100755 index 0000000..5694681 --- /dev/null +++ b/scripts/make_summaries/launchReports.sh @@ -0,0 +1,27 @@ +#!/bin/bash + +mkdir -p ../summariesByStation + +files=`ls ../aggexp/data/*.csv` +for file in $files; do + stationName=`basename -s .csv $file` + sed "s/STATIONNAME/$stationName/g" modele.Rnw > tmp.Rnw + case $stationName in + "ALE"|"MRA"|"NEI"|"MAS") + sed -i "s/EXPERTSINDICES/c(1:4,6:10)/" tmp.Rnw + ;; + *) + sed -i "s/EXPERTSINDICES/1:10/" tmp.Rnw + ;; + esac + R CMD BATCH runSummary.R + pdflatex tmp.tex + mv tmp.pdf ../summariesByStation/$stationName.pdf +done + +rm -f tmp* +rm -f .RData +rm -f runSummary.Rout +if [ -d figs/ ]; then + rm -rf figs/ +fi diff --git a/scripts/make_summaries/modele.Rnw b/scripts/make_summaries/modele.Rnw new file mode 100644 index 0000000..1387695 --- /dev/null +++ b/scripts/make_summaries/modele.Rnw @@ -0,0 +1,88 @@ +\documentclass[12pt]{article} + +\usepackage{geometry} +\geometry{ + a4paper, + total={210mm,297mm}, + left=10mm, + right=10mm, + top=15mm, + bottom=15mm, +} +\setlength{\parindent}{0pt} +\usepackage[utf8]{inputenc} +\usepackage[french]{babel} +\usepackage{helvet} +\renewcommand{\familydefault}{\sfdefault} +\usepackage{amsmath,amsfonts,amssymb} +\usepackage{float} +\usepackage{graphicx} +\usepackage{wrapfig} +\usepackage{xcolor} +\usepackage{cprotect} +%\setcounter{section}{9} + +\begin{document} + +<>= +opts_chunk$set(fig.path="figs/", fig.align="center", fig.show="hold", echo=FALSE) +options(replace.assign=TRUE,width=90) +@ + +<>= +library(aggexp) +station = "STATIONNAME" +experts = aggexp:::expertsArray[EXPERTSINDICES] +K = length(experts) +@ + +\cprotect\section{\verb|STATIONNAME| - Résumé des données} + +\vspace*{-0.5cm} +<>= +mock_r = list(data = getData(experts, station), experts=experts, stations=station) +plotCurves(mock_r) +@ + +\vspace*{-0.8cm} +\cprotect\section{\verb|STATIONNAME| - Performances en prédiction} + +\vspace*{-0.5cm} +<>= +r_ml = runAlgorithm("ml", experts=experts, stations=station, alpha=0.2, H=183, grad=TRUE) +r_rr = runAlgorithm("rr", experts=experts, stations=station, H=183) +r_be = r_ml +be = which.max(getBestExpert(r_ml)) +r_be$data[,"Prediction"] = r_be$data[,experts[be]] +@ + +<>= +plotCloud(r_be, 30, c(30,50,80), main=paste("Nuage Meilleur Expert (",experts[be],")",sep="")) +plotCloud(r_ml, 30, c(30,50,80), main="Nuage ML") +plotCloud(r_rr, 30, c(30,50,80), main="Nuage RR") +@ + +\vspace*{-0.8cm} +\cprotect\section{\verb|STATIONNAME| - Indicateurs d'alertes} + +\vspace*{-0.5cm} +<>= +indicators = matrix(nrow=5, ncol=4+K) +indicators[,1] = as.numeric(getIndicators(r_ml, thresh=30)) +indicators[,2] = as.numeric(getIndicators(r_rr, thresh=30)) +for (i in 1:K) { + r_be$data[,"Prediction"] = r_be$data[,experts[i]] + indicators[,i+2] = as.numeric(getIndicators(r_be, thresh=30)) +} +indicators = as.data.frame(indicators, row.names=c("TS","FA","MA","RMSE","EV")) +names(indicators) = c("ML","RR", experts) +@ + +<>= +library(xtable) +splitIndex = ifelse(length(experts) < 10, 7, 8) +xtable(indicators[,1:splitIndex], caption="Indicateurs d'alertes ; partie 1") +xtable(indicators[,(splitIndex+1):(2+K)], caption="Indicateurs d'alertes ; partie 2") +@ + +\end{document} diff --git a/scripts/make_summaries/runSummary.R b/scripts/make_summaries/runSummary.R new file mode 100644 index 0000000..f7b4677 --- /dev/null +++ b/scripts/make_summaries/runSummary.R @@ -0,0 +1,2 @@ +library(knitr) #, lib.loc='/usr/lib/R/library.user') +knit('tmp.Rnw') diff --git a/src/ew.predict_noNA.c b/src/ew.predict_noNA.c new file mode 100644 index 0000000..33e3b8b --- /dev/null +++ b/src/ew.predict_noNA.c @@ -0,0 +1,69 @@ +#include +#include + +void ew_predict_noNA(double* X, double* Y, int* n_, int* K_, double* alpha_, int* grad_, double* weight) +{ + int K = *K_; + int n = *n_; + double alpha = *alpha_; + int grad = *grad_; + + //at least two experts to combine: various inits + double invMaxError = 1. / 50; //TODO: magic number + double logK = log(K); + double initWeight = 1. / K; + for (int i=0; i 30) || (X[t*K+i] > 30 && Y[t] <= 30)) + error[i] = 1.0; + else + error[i] = 0.0; +*/ + } + } + for (int i=0; i 0 (all weights are 0 or more, sum > 0) + for (int i=0; i +#include + +void ml_predict_noNA(double* X, double* Y, int* n_, int* K_, double* alpha_, int* grad_, double* weight) +{ + int K = *K_; + int n = *n_; + double alpha = *alpha_; + int grad = *grad_; + + //at least two experts to combine: various inits + double initWeight = 1. / K; + for (int i=0; i 0. ? eta * regret[i] : 0.; + } + + double sumWeight = 0.0; + for (int i=0; i 0 (all weights are 0 or more, sum > 0) + for (int i=0; i