-constructionModelesLassoRank = function(pi,rho,mini,maxi,X,Y,tau,A1,rangmin,rangmax)
-{
- #get matrix sizes
- n = dim(X)[1]
- p = dim(X)[2]
- m = dim(rho)[2]
- k = dim(rho)[3]
- L = dim(A1)[2]
-
- # On cherche les rangs possiblement intéressants
- deltaRank = rangmax - rangmin + 1
- Size = deltaRank^k
- Rank = matrix(0, nrow=Size, ncol=k)
- for(r in 1:k)
- {
- # On veut le tableau de toutes les combinaisons de rangs possibles
- # Dans la première colonne : on répète (rangmax-rangmin)^(k-1) chaque chiffre :
- # ça remplit la colonne
- # Dans la deuxieme : on répète (rangmax-rangmin)^(k-2) chaque chiffre,
- # et on fait ça (rangmax-rangmin)^2 fois
- # ...
- # Dans la dernière, on répète chaque chiffre une fois,
- # et on fait ça (rangmin-rangmax)^(k-1) fois.
- Rank[,r] = rangmin + rep(0:(deltaRank-1), deltaRank^(r-1), each=deltaRank^(k-r))
+#' constructionModelesLassoRank
+#'
+#' Construct a collection of models with the Lasso-Rank procedure.
+#'
+#' @param S output of selectVariables.R
+#' @param k number of components
+#' @param mini integer, minimum number of iterations in the EM algorithm, by default = 10
+#' @param maxi integer, maximum number of iterations in the EM algorithm, by default = 100
+#' @param X matrix of covariates (of size n*p)
+#' @param Y matrix of responses (of size n*m)
+#' @param eps real, threshold to say the EM algorithm converges, by default = 1e-4
+#' @param rank.min integer, minimum rank in the low rank procedure, by default = 1
+#' @param rank.max integer, maximum rank in the low rank procedure, by default = 5
+#' @param ncores Number of cores, by default = 3
+#' @param fast TRUE to use compiled C code, FALSE for R code only
+#' @param verbose TRUE to show some execution traces
+#'
+#' @return a list with several models, defined by phi, rho, pi, llh
+#'
+#' @export
+constructionModelesLassoRank <- function(S, k, mini, maxi, X, Y, eps, rank.min, rank.max,
+ ncores, fast = TRUE, verbose = FALSE)
+ {
+ n <- dim(X)[1]
+ p <- dim(X)[2]
+ m <- dim(Y)[2]
+ L <- length(S)
+
+ # Possible interesting ranks
+ deltaRank <- rank.max - rank.min + 1
+ Size <- deltaRank^k
+ RankLambda <- matrix(0, nrow = Size * L, ncol = k + 1)
+ for (r in 1:k)
+ {
+ # On veut le tableau de toutes les combinaisons de rangs possibles, et des
+ # lambdas Dans la première colonne : on répète (rank.max-rank.min)^(k-1) chaque
+ # chiffre : ça remplit la colonne Dans la deuxieme : on répète
+ # (rank.max-rank.min)^(k-2) chaque chiffre, et on fait ça (rank.max-rank.min)^2
+ # fois ... Dans la dernière, on répète chaque chiffre une fois, et on fait ça
+ # (rank.min-rank.max)^(k-1) fois.
+ RankLambda[, r] <- rep(rank.min + rep(0:(deltaRank - 1), deltaRank^(r - 1),
+ each = deltaRank^(k - r)), each = L)