merge with remote

Refresh package, suppress what we won't do right now. Focus on doc + debug

Add old project select as a zipped subfolder

Improve README

Improve README

First commit

add some TODO and skeleton for test/test_EMGrank.R

progress in debug: fix LLF/llh mismatch, and length + add adapter test in test/

fixing attempt: LLF size in src/adapters/EMGLLF seemed wrong

cosmetics (rename tau to eps everywhere)

cosmetics

basic test OK, but problem with 'fast' EMGLLF output in last EMilie test

update EMGLLF.c following changes in EMGLLF.R

started to look at EMGLLF.c

fix the likelihood computation. fix some other few things

still some problems with LLF

...

Merge branch 'master' of auder.net:valse

re-apply a few undone updates; simplifiy a bit args in main

...

install the package

essai fusion

essai fusion

fix few things for the LLF

fix for m==1

Fix numerical problems in EMGLLF (R version)

fix few things

fix a few weird things

remove pre-commit hook; fix weird formatting from formatR package

attempt to fix ugly code...

indent everything: google rules...

test auto-indenter

test auto-indenter

test auto-indenter

test auto-indenter

test auto-indenter

test auto-indenter

test auto-indenter

add automatic code formatter following https://google.github.io/styleguide/Rguide.xml

cosmetics

fix few things

fix initialization and made some update

fix EMGRank.R, and add some lines in the roxygen code for some functions

fix few things

fix many problems (models appearing twice, irrelevant coefficients in a relevant column among others)

update the output to have the classification

fix the problem with the likelihood for the R code

few updates

remove extra prints

Update plot_valse and add it to main.R

Update main.R

fix EMGLLF.c (there was one extra iteration)

Add 'fast' argument to select C code or R code

Add 'fast' argument to select C code or R code

fix test; EMGLLF.c != EMGLLF.R now...

small fix + attempt for a correct 'tableauRecap'

slightly simplifiy EMGLLF.c, check that C == R (code reading only)

re-indent (I should really add a hook...)

simplify EMGLLF_R a bit

add verbose possibility in sub-functions

'update'

fix some errors

temporary fix: use R version of EMGLLF and EMGrank in package

update main.R and fix some errors

several modifs - pkg looks better (but untested)

work on constructionModeles + main (2 levels or //isation)

remove selectiontotale, parallelize main.R + add conditional verbose traces

no need to generate random IO params: migrate in test. Add roxygen2 NAMESPACE-generator. roxygenize pkg a bit more

fix/improve selectVariables.R

first draft of EMGLLF.R and EMGrank.R (should work)

add affect[ations] in EMGLLF.c return

Fix errors in EMGLLF.c :)

Easier testing pocedure

re-indent and remove prints in generateSampleInputs

update generateBlabla

downgrade roxygen2 to v5.0.1, rename EMGLLF -> EMGLLF_R

Après mon merge héroïque

Après mon merge héroïque

fix typo in EMGLLF.c

re-fix test/README

remove also NY21 as in R code

align C version of EMGLLF on R version

fix magic typo in test/README

unneccessary changes

update test/ folder for experimentations

no need to source self code in a package: function already loaded

missing safety + cd.. in test/README

Necessary changes to generate/run C tests.
WARNING: still problem with det(rho) in EMGLLF.R

Add test/README: shell file self-documented

Delete NAMESPACE + all Rd files but valse-package.Rd: they are generated by roxygen2

Rename EMGLLF and EMGrank with suffix _R in generate_tests/.
Reason: these files will be run in an environment with valse loaded,
        so there might (will) be conflicts with pkg EMGLLF/EMGrank

Remove obsolete comments in generate_tests/EMGLLF.R

More readable initialize.sh

WARNING: remove .gitattributes and .gitfat from the index, and ignore them.
To get the files back, just re-run ./initialize.sh

clean .gitattributes

prepare wrappers EMGLLF.R --> EMGLLF.c

better gitignore repartition and contents

add some folders; more complete package structure

few last things

few modifications