From: Benjamin Auder <benjamin.auder@somewhere>
Date: Sat, 1 Apr 2017 22:41:54 +0000 (+0200)
Subject: Easier testing pocedure
X-Git-Url: https://git.auder.net/doc/html/vendor/current/img/cross.svg?a=commitdiff_plain;h=d7e82077fa960affdb576427b44648e51726255e;p=valse.git

Easier testing pocedure
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index b529826..0000000
--- a/data/piInit
+++ /dev/null
@@ -1,3 +0,0 @@
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--- a/data/rhoInit
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-1
diff --git a/data/tau b/data/tau
deleted file mode 100644
index f6b3d0b..0000000
--- a/data/tau
+++ /dev/null
@@ -1 +0,0 @@
-1e-06
diff --git a/pkg/src/sources/utils.h b/pkg/src/sources/utils.h
index f6d122f..be3a72f 100644
--- a/pkg/src/sources/utils.h
+++ b/pkg/src/sources/utils.h
@@ -11,16 +11,6 @@ typedef double Real;
 //typedef uint32_t UInt;
 //typedef int32_t Int;
 
-/*******************
- * tune parallelism
- *******************/
-
-// Number of OpenMP threads
-#define OMP_NUM_THREADS 8
-
-// CHUNK_SIZE = number of lambda values to be treated sequentially by a single core
-#define CHUNK_SIZE 1
-
 /*******************************
  * Matrix and arrays indexation
  *******************************/
diff --git a/test/Makefile b/test/Makefile
index 502d5b5..7b16352 100644
--- a/test/Makefile
+++ b/test/Makefile
@@ -6,8 +6,7 @@ LIB = libvalse_core.so
 LIB_SRC = $(wildcard ../pkg/src/sources/*.c)
 LIB_OBJ = $(LIB_SRC:.c=.o)
 INCLUDES = -I../pkg/src/sources
-TESTS = test.EMGLLF test.EMGrank test.constructionModelesLassoMLE test.EMGrank\
-        test.constructionModelesLassoRank test.selectionTotale
+TESTS = test.EMGLLF test.EMGrank
 
 all: $(LIB) $(TESTS)
 
@@ -20,15 +19,6 @@ test.EMGLLF: $(LIB) test.EMGLLF.o test_utils.o
 test.EMGrank: $(LIB) test.EMGrank.o test_utils.o
 	$(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS)
 
-test.constructionModelesLassoMLE: $(LIB) test.constructionModelesLassoMLE.o test_utils.o
-	$(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS)
-
-test.constructionModelesLassoRank: $(LIB) test.constructionModelesLassoRank.o test_utils.o
-	$(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS)
-
-test.selectionTotale: $(LIB) test.selectionTotale.o test_utils.o
-	$(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS)
-
 %.o: %.c
 	$(CC) -fPIC -o $@ -c $< $(CFLAGS) $(INCLUDES)
 
diff --git a/test/README b/test/README
deleted file mode 100644
index b8caf8e..0000000
--- a/test/README
+++ /dev/null
@@ -1,30 +0,0 @@
-#!/bin/sh
-set -e
-
-#Testing procedure for EMGLLF (inside this folder):
-
-#0) Install current version of the package
-    # Should be library(roxygen2);roxygenize('.'), but roxygen2 6.0.1 bug
-    # ==> temporary workaround with devtools + document()
-    echo "setwd('../pkg');library(devtools);document()" | R --slave
-    R CMD INSTALL ../pkg
-
-#1) Generate data using R versions of EMGLLF/EMGrank (slow, but trusted)
-    cd generate_test_data/
-    echo -e "source('generateRunSaveTest_EMGLLF.R');\n \
-      # I'm happy with default values - feel free to give args\n \
-      generateRunSaveTest_EMGLLF() " \
-      | R --slave
-    cd ..
-
-#2) Compile test C code
-    # Next line compile the test into an executable named "test.EMGLLF"
-    make test.EMGLLF
-
-#3) Run it!
-    # Fingers crossed, hoping everything is alright
-    ./test.EMGLLF
-    # Ask valgrind (generally better idea ;) )
-    #valgrind ./test.EMGLLF
-
-#For EMGrank: same procedure, just change EMGLLF to EMGrank everwhere.
diff --git a/test/clean.sh b/test/clean.sh
deleted file mode 100755
index 8c4f545..0000000
--- a/test/clean.sh
+++ /dev/null
@@ -1,11 +0,0 @@
-#!/bin/sh
-
-# Erase roxygen2 generated files
-find ../pkg/man/ -type f ! -name 'valse-package.Rd' -delete
-rm -f ../pkg/NAMESPACE
-
-# Erase object and library files
-rm -f ../pkg/src/*.so
-rm -f ../pkg/src/adapters/*.o
-
-make cclean
diff --git a/test/run.sh b/test/run.sh
new file mode 100755
index 0000000..32cd0a9
--- /dev/null
+++ b/test/run.sh
@@ -0,0 +1,39 @@
+#!/bin/sh
+set -e
+
+#Testing procedure for EMGLLF (inside this folder):
+
+algo=$1 #EMGLLF or EMGrank,
+        #second arg indicate if rebuild or rebuild+clean requested
+
+if [ "$2" == 'c' ]; then
+	#0.1) Clean package + C testing code
+	find ../pkg/man/ -type f ! -name 'valse-package.Rd' -delete
+	rm -f ../pkg/NAMESPACE
+	# Erase object and library files
+	rm -f ../pkg/src/*.so
+	rm -f ../pkg/src/adapters/*.o
+	make cclean
+fi
+
+if [ "$2" == 'r' ] || [ "$2" == 'c' ]; then
+	#0.2) Install current version of the package (WARNING: roxygen 2 v5.0.1)
+	#   --> devtools::install_github('klutometis/roxygen@v5.0.1')
+	echo "setwd('../pkg');library(roxygen2);roxygenize('.')" | R --slave
+	R CMD INSTALL ../pkg
+fi
+
+#1) Generate data using R versions of EMGLLF/EMGrank (slow, but trusted)
+cd generate_test_data/
+echo -e "source('generateRunSaveTest_$algo.R');\n \
+		# I'm happy with default values - feel free to give args\n \
+		generateRunSaveTest_$algo() " \
+	| R --slave
+cd ..
+
+#2) Compile test C code into an executable named "test.$algo"
+make test.$algo
+
+#3) Run it with valgrind!
+#valgrind 
+./test.$algo
diff --git a/test/sourceAll.R b/test/sourceAll.R
deleted file mode 100644
index 6e790a2..0000000
--- a/test/sourceAll.R
+++ /dev/null
@@ -1,6 +0,0 @@
-for (file in list.files("generate_test_data",full.names=TRUE,recursive=TRUE))
-{
-	file_name_length = nchar(file)
-	if (substr(file, file_name_length, file_name_length) == "R")
-		source(file)
-}