align C version of EMGLLF on R version

fix magic typo in test/README

update test/ folder for experimentations

no need to source self code in a package: function already loaded

missing safety + cd.. in test/README

Necessary changes to generate/run C tests.
WARNING: still problem with det(rho) in EMGLLF.R

Add test/README: shell file self-documented

Delete NAMESPACE + all Rd files but valse-package.Rd: they are generated by roxygen2

Rename EMGLLF and EMGrank with suffix _R in generate_tests/.
Reason: these files will be run in an environment with valse loaded,
        so there might (will) be conflicts with pkg EMGLLF/EMGrank

Remove obsolete comments in generate_tests/EMGLLF.R

More readable initialize.sh

WARNING: remove .gitattributes and .gitfat from the index, and ignore them.
To get the files back, just re-run ./initialize.sh

clean .gitattributes

prepare wrappers EMGLLF.R --> EMGLLF.c

better gitignore repartition and contents

add some folders; more complete package structure

few last things

few modifications

essaiPlot almost ok : add a color per cluster? For now, it is a script

update the model selection step. Beginning for the plots

update to get a valse programm which could be run

Merge branch 'master' of auder.net:valse

# Conflicts:
# pkg/R/selectiontotale.R

few updates

Fix selectVariables.R

update biblio

some few things

Merge branch 'master' of auder.net:valse

some few things

Merge branch 'master' of auder.net:valse

Folder reorganization

Merge branch 'master' of auder.net:valse

without parallel for selectiontotale.R (problem with parallel)

ignore local files (projects, R history...)

few details

update EMGLLF.R and some few details

Remove and ignore Rstudio project files

add comment in constructionMdodelesLassoMLE.R

upadate valse.R

update valse.R

draft of constructionModelesLassoMLE.R

add a few TODOs in constructionModelesEMGLLF.R

forgot to return result in selectVariableS.R

merge selectVariables.R doc and selectiontotale.R code into selectVariables.R

draft of selectiontotale.R

prepare EMGLLF / EMGrank wrappers, simplify folder generateTestData

Drop useless files (we will use R 'parallel' package)

move selectiontotale to appropriate folder (untranslated)

Add a few indications for debug

facilitate test

un peu de nettoyage, mais rien de fou

add package-valse.Rd in man

namespace generated by roxygen2

fix test.constructionModelesLassoMLE; TODO: det(rho[,,r]) ? numerical errors ? ...and selectiontotale.m

fix generateRunTest for constructionModelesEMGrank; remove man pages (will be roxygenized); clean code

fix memory leaks on EMGLLF, test OK for EMGrank

fix indexations: test.EMGLLF without errors (but R <> C)

debug test.EMGLLF

fix arrays reading in C, add type Real for double or float

fix generateRunSave_EMGLLF, simplify arrays readings

fix valse pkg functions callings in src/test/generate

correction emgrank.R

correction emgllf.R

correction calcul matrice

fix EMGLLF.R line 64: sum(gam,1) in MATLAB is colSums(gam) in R

EMGrank + typo

EMGLLF in R

construction lasso rank

constructionModelLassoLME.R

new tests + correction

 ajout test

write generateRunSaveTest_EMGLLF.R

no more need for src/test/testX.R

revert src/test/utils.c

remove utils.c, prepare testing 'R-only'

OLD_MATLAB_CODE not required anymore

reorganize test folder: tests generation with MATLAB almost OK (but suboptimal method)

correction testEMGLLF.R

ajout tests

write test.EMGrank.c

ignore valgrind core files

update tests/TODO

C-part of tests ready [TODO: R part]

test almost working

add test folder

typo + changement de clustering initial (mclust -> hclust)

add clening script

typo

update Makevars

correction typo

typo emgllf

correction typo

fix typos

R package can now be installed (compilation OK)

finished translation MATLAB --> R,C ; start debugging...

almost finished

finish adapters ; almost finished sources

delete .Rhistory

ignore .Rhistory and a few other files

Merge branch 'master' of auder.net:valse

réécriture de selectionTotale.m