Fix accuracy.R + add postTreatment draft

Adjustments + bugs fixing

Error when K > d for computeMu and optimParams

Allow to optimize from a given matrix W

Add draft of a function to draw computation times

Fix typo

It's enough to compute half of W (complete by symmetry)

Add a number_of_cores parameter for OpenMP // in Compute_Omega

Update year in LICENSE file, use default compilation flags in Makevars

Fix Mor thesis link + compiling for Windows

Package v.1.0 ready to be sent to CRAN

Revert to previous x_init settings in optimParams (keeping the initial one)

Update starting point in optimParams::run()

Fix typo in multistart.R

Fix mistake in multistart.R

Fix multistart script

Improve printResults script

Reporting scripts + TODO in OptimParams

Fix reporting scripts + reset W to identity at each OptimParams()

Fix M arg list --> vector in OptimParams

Replace inline funcs by macros in C code

Reintroduce optional arg Mhat

Refresh accuracy.R

Typo in run_acc.sh

Add Makevars for cluster

'update'

Add print results script for article

Remove debug traces, inline matrix index function

Avoid computing an extra W in optimParams

Remove weights from reports scripts + first naive attempt to optimize computeW

Fix OptimParams + clean test file

Simplify data sampling + cosmetics + draft unit test for W matrix in optim

Add comments, TODOs...

Replace tabs by 2spaces

Remove traces in functions.c

Cosmetics

Fix code which is now running, but computations are probably wrong

Bug fixes. Seemingly Compute_Omega() is wrong

Fix typos and mistakes

Completed draft for version with matrix W

Almost first draft for optim with W (still Compute_Omega to write)

Prepare code for GLSMM implementation (generalized least squares)

Remove weights for now; planning generalization with matrix W

Fix typo

Fix typo

Revert sample.R back to working code

Fix reporting scripts

Save multistart results in different files

Fix default weights, fix reporting scripts

Fix Y computation in data sampling

Forgot to add weights as a field in Optimparams class

Merge branch 'master' of auder.net:morpheus

Fix script for cluster + a few other fixes

Add weights handling (experimental)

update

Add updated files for reporting

Fix current vignette

Update vignette + optim code

Refresh package doc, some advances on vignette

Vignette + obsolete doc (should be updated soon)

Save vignette state

Saving draft vignette state

Vignette... TODO

Update vignette

Early draft of vignette

'update'

Ignore reports

'update'

Add title arg to plotCoefs

One type per plot for coefs

'update'

After merge

Changes for R package on CRAN

Small plotting change for black and white printing

Update DESCRIPTION

update LICENSE form for CRAN

fit CRAN rules (tests)

fit CRAN rules

fix for CRAN

Adjustments to pass R CMD check --as-cran

Get index information into prepareArgs for multirun()

First commit