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-0
-0
-1
//typedef uint32_t UInt;
//typedef int32_t Int;
-/*******************
- * tune parallelism
- *******************/
-
-// Number of OpenMP threads
-#define OMP_NUM_THREADS 8
-
-// CHUNK_SIZE = number of lambda values to be treated sequentially by a single core
-#define CHUNK_SIZE 1
-
/*******************************
* Matrix and arrays indexation
*******************************/
LIB_SRC = $(wildcard ../pkg/src/sources/*.c)
LIB_OBJ = $(LIB_SRC:.c=.o)
INCLUDES = -I../pkg/src/sources
-TESTS = test.EMGLLF test.EMGrank test.constructionModelesLassoMLE test.EMGrank\
- test.constructionModelesLassoRank test.selectionTotale
+TESTS = test.EMGLLF test.EMGrank
all: $(LIB) $(TESTS)
test.EMGrank: $(LIB) test.EMGrank.o test_utils.o
$(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS)
-test.constructionModelesLassoMLE: $(LIB) test.constructionModelesLassoMLE.o test_utils.o
- $(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS)
-
-test.constructionModelesLassoRank: $(LIB) test.constructionModelesLassoRank.o test_utils.o
- $(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS)
-
-test.selectionTotale: $(LIB) test.selectionTotale.o test_utils.o
- $(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS)
-
%.o: %.c
$(CC) -fPIC -o $@ -c $< $(CFLAGS) $(INCLUDES)
+++ /dev/null
-#!/bin/sh
-set -e
-
-#Testing procedure for EMGLLF (inside this folder):
-
-#0) Install current version of the package
- # Should be library(roxygen2);roxygenize('.'), but roxygen2 6.0.1 bug
- # ==> temporary workaround with devtools + document()
- echo "setwd('../pkg');library(devtools);document()" | R --slave
- R CMD INSTALL ../pkg
-
-#1) Generate data using R versions of EMGLLF/EMGrank (slow, but trusted)
- cd generate_test_data/
- echo -e "source('generateRunSaveTest_EMGLLF.R');\n \
- # I'm happy with default values - feel free to give args\n \
- generateRunSaveTest_EMGLLF() " \
- | R --slave
- cd ..
-
-#2) Compile test C code
- # Next line compile the test into an executable named "test.EMGLLF"
- make test.EMGLLF
-
-#3) Run it!
- # Fingers crossed, hoping everything is alright
- ./test.EMGLLF
- # Ask valgrind (generally better idea ;) )
- #valgrind ./test.EMGLLF
-
-#For EMGrank: same procedure, just change EMGLLF to EMGrank everwhere.
+++ /dev/null
-#!/bin/sh
-
-# Erase roxygen2 generated files
-find ../pkg/man/ -type f ! -name 'valse-package.Rd' -delete
-rm -f ../pkg/NAMESPACE
-
-# Erase object and library files
-rm -f ../pkg/src/*.so
-rm -f ../pkg/src/adapters/*.o
-
-make cclean
--- /dev/null
+#!/bin/sh
+set -e
+
+#Testing procedure for EMGLLF (inside this folder):
+
+algo=$1 #EMGLLF or EMGrank,
+ #second arg indicate if rebuild or rebuild+clean requested
+
+if [ "$2" == 'c' ]; then
+ #0.1) Clean package + C testing code
+ find ../pkg/man/ -type f ! -name 'valse-package.Rd' -delete
+ rm -f ../pkg/NAMESPACE
+ # Erase object and library files
+ rm -f ../pkg/src/*.so
+ rm -f ../pkg/src/adapters/*.o
+ make cclean
+fi
+
+if [ "$2" == 'r' ] || [ "$2" == 'c' ]; then
+ #0.2) Install current version of the package (WARNING: roxygen 2 v5.0.1)
+ # --> devtools::install_github('klutometis/roxygen@v5.0.1')
+ echo "setwd('../pkg');library(roxygen2);roxygenize('.')" | R --slave
+ R CMD INSTALL ../pkg
+fi
+
+#1) Generate data using R versions of EMGLLF/EMGrank (slow, but trusted)
+cd generate_test_data/
+echo -e "source('generateRunSaveTest_$algo.R');\n \
+ # I'm happy with default values - feel free to give args\n \
+ generateRunSaveTest_$algo() " \
+ | R --slave
+cd ..
+
+#2) Compile test C code into an executable named "test.$algo"
+make test.$algo
+
+#3) Run it with valgrind!
+#valgrind
+./test.$algo
+++ /dev/null
-for (file in list.files("generate_test_data",full.names=TRUE,recursive=TRUE))
-{
- file_name_length = nchar(file)
- if (substr(file, file_name_length, file_name_length) == "R")
- source(file)
-}