test auto-indenter

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add automatic code formatter following https://google.github.io/styleguide/Rguide.xml

cosmetics

fix few things

fix initialization and made some update

fix EMGRank.R, and add some lines in the roxygen code for some functions

fix few things

fix many problems (models appearing twice, irrelevant coefficients in a relevant column among others)

update the output to have the classification

fix the problem with the likelihood for the R code

few updates

remove extra prints

Update plot_valse and add it to main.R

Update main.R

fix EMGLLF.c (there was one extra iteration)

Add 'fast' argument to select C code or R code

Add 'fast' argument to select C code or R code

fix test; EMGLLF.c != EMGLLF.R now...

small fix + attempt for a correct 'tableauRecap'

slightly simplifiy EMGLLF.c, check that C == R (code reading only)

re-indent (I should really add a hook...)

simplify EMGLLF_R a bit

add verbose possibility in sub-functions

'update'

fix some errors

temporary fix: use R version of EMGLLF and EMGrank in package

update main.R and fix some errors

several modifs - pkg looks better (but untested)

work on constructionModeles + main (2 levels or //isation)

remove selectiontotale, parallelize main.R + add conditional verbose traces

no need to generate random IO params: migrate in test. Add roxygen2 NAMESPACE-generator. roxygenize pkg a bit more

fix/improve selectVariables.R

first draft of EMGLLF.R and EMGrank.R (should work)

add affect[ations] in EMGLLF.c return

Fix errors in EMGLLF.c :)

Easier testing pocedure

re-indent and remove prints in generateSampleInputs

update generateBlabla

downgrade roxygen2 to v5.0.1, rename EMGLLF -> EMGLLF_R

Après mon merge héroïque

Après mon merge héroïque

fix typo in EMGLLF.c

re-fix test/README

remove also NY21 as in R code

align C version of EMGLLF on R version

fix magic typo in test/README

unneccessary changes

update test/ folder for experimentations

no need to source self code in a package: function already loaded

missing safety + cd.. in test/README

Necessary changes to generate/run C tests.
WARNING: still problem with det(rho) in EMGLLF.R

Add test/README: shell file self-documented

Delete NAMESPACE + all Rd files but valse-package.Rd: they are generated by roxygen2

Rename EMGLLF and EMGrank with suffix _R in generate_tests/.
Reason: these files will be run in an environment with valse loaded,
        so there might (will) be conflicts with pkg EMGLLF/EMGrank

Remove obsolete comments in generate_tests/EMGLLF.R

More readable initialize.sh

WARNING: remove .gitattributes and .gitfat from the index, and ignore them.
To get the files back, just re-run ./initialize.sh

clean .gitattributes

prepare wrappers EMGLLF.R --> EMGLLF.c

better gitignore repartition and contents

add some folders; more complete package structure

few last things

few modifications

essaiPlot almost ok : add a color per cluster? For now, it is a script

update the model selection step. Beginning for the plots

update to get a valse programm which could be run

Merge branch 'master' of auder.net:valse

# Conflicts:
# pkg/R/selectiontotale.R

few updates

Fix selectVariables.R

update biblio

some few things

Merge branch 'master' of auder.net:valse

some few things

Merge branch 'master' of auder.net:valse

Folder reorganization

Merge branch 'master' of auder.net:valse

without parallel for selectiontotale.R (problem with parallel)

ignore local files (projects, R history...)

few details

update EMGLLF.R and some few details

Remove and ignore Rstudio project files

add comment in constructionMdodelesLassoMLE.R

upadate valse.R

update valse.R

draft of constructionModelesLassoMLE.R

add a few TODOs in constructionModelesEMGLLF.R

forgot to return result in selectVariableS.R

merge selectVariables.R doc and selectiontotale.R code into selectVariables.R

draft of selectiontotale.R

prepare EMGLLF / EMGrank wrappers, simplify folder generateTestData

Drop useless files (we will use R 'parallel' package)

move selectiontotale to appropriate folder (untranslated)

Add a few indications for debug

facilitate test

un peu de nettoyage, mais rien de fou

add package-valse.Rd in man