From: Benjamin Auder Date: Sat, 1 Apr 2017 22:41:54 +0000 (+0200) Subject: Easier testing pocedure X-Git-Url: https://git.auder.net/?p=valse.git;a=commitdiff_plain;h=d7e82077fa960affdb576427b44648e51726255e Easier testing pocedure --- diff --git a/data/LLF b/data/LLF deleted file mode 100644 index bfbcab7..0000000 --- a/data/LLF +++ /dev/null @@ -1,10 +0,0 @@ -19.2502013654606 -19.3196781868653 -19.2385076140179 -19.215019582298 -19.2076426063067 -19.204697321211 -19.2024707674756 -19.2019384300132 -19.2020803032321 -19.2028073508542 diff --git a/data/S b/data/S deleted file mode 100644 index 48bdc35..0000000 --- a/data/S +++ /dev/null @@ -1,450 +0,0 @@ --3.6499980423214 --11.7888506096169 --12.1896838059207 --11.6104218735289 --13.6043160580275 --13.8439420777605 --18.006698691302 --22.0503908254597 --26.5233269013949 --21.8359942414232 --14.739680916542 --3.27374694943559 --4.61438462262547 --16.5368552474927 --6.38421677372035 --17.1033355142445 --4.98039844743001 --15.4680719475918 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-0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.140659991968678 -0 -0 -0 -0 -0 -0.0116125900644523 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 diff --git a/data/phiInit b/data/phiInit deleted file mode 100644 index 2638977..0000000 --- a/data/phiInit +++ /dev/null @@ -1,450 +0,0 @@ -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 diff --git a/data/pi b/data/pi deleted file mode 100644 index e5a5096..0000000 --- a/data/pi +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -0.333090909090909 -0.331636363636364 -0.335272727272727 diff --git a/data/piInit b/data/piInit deleted file mode 100644 index b529826..0000000 --- a/data/piInit +++ /dev/null @@ -1,3 +0,0 @@ -0.333333333333333 -0.333333333333333 -0.333333333333333 diff --git a/data/rho b/data/rho deleted file mode 100644 index 49708a7..0000000 --- a/data/rho +++ /dev/null @@ -1,300 +0,0 @@ -0.523179694940491 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.436690629116855 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.487841948277251 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.506847887783266 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.563160424341903 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.523414764333688 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.829955014459396 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.855539913694988 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.888639577733465 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.717021075391299 -0.327385182077633 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.32466725098248 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.328496753152448 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.421963877753234 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.501771714023661 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.440142941874755 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.661571328332929 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1.03987165479437 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.867563214663653 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.969350288621506 -0.559650290050512 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.65098647201898 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.618877717013414 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.731191628008775 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.954212111422051 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.78388204755963 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.769650849873912 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.838420059692329 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0.930291538293177 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1.07025764213583 diff --git a/data/rhoInit b/data/rhoInit deleted file mode 100644 index 3f748b1..0000000 --- a/data/rhoInit +++ /dev/null @@ -1,300 +0,0 @@ -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -0 -1 diff --git a/data/tau b/data/tau deleted file mode 100644 index f6b3d0b..0000000 --- a/data/tau +++ /dev/null @@ -1 +0,0 @@ -1e-06 diff --git a/pkg/src/sources/utils.h b/pkg/src/sources/utils.h index f6d122f..be3a72f 100644 --- a/pkg/src/sources/utils.h +++ b/pkg/src/sources/utils.h @@ -11,16 +11,6 @@ typedef double Real; //typedef uint32_t UInt; //typedef int32_t Int; -/******************* - * tune parallelism - *******************/ - -// Number of OpenMP threads -#define OMP_NUM_THREADS 8 - -// CHUNK_SIZE = number of lambda values to be treated sequentially by a single core -#define CHUNK_SIZE 1 - /******************************* * Matrix and arrays indexation *******************************/ diff --git a/test/Makefile b/test/Makefile index 502d5b5..7b16352 100644 --- a/test/Makefile +++ b/test/Makefile @@ -6,8 +6,7 @@ LIB = libvalse_core.so LIB_SRC = $(wildcard ../pkg/src/sources/*.c) LIB_OBJ = $(LIB_SRC:.c=.o) INCLUDES = -I../pkg/src/sources -TESTS = test.EMGLLF test.EMGrank test.constructionModelesLassoMLE test.EMGrank\ - test.constructionModelesLassoRank test.selectionTotale +TESTS = test.EMGLLF test.EMGrank all: $(LIB) $(TESTS) @@ -20,15 +19,6 @@ test.EMGLLF: $(LIB) test.EMGLLF.o test_utils.o test.EMGrank: $(LIB) test.EMGrank.o test_utils.o $(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS) -test.constructionModelesLassoMLE: $(LIB) test.constructionModelesLassoMLE.o test_utils.o - $(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS) - -test.constructionModelesLassoRank: $(LIB) test.constructionModelesLassoRank.o test_utils.o - $(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS) - -test.selectionTotale: $(LIB) test.selectionTotale.o test_utils.o - $(CC) -o $@ $^ $(LDFLAGS) $(TEST_LDFLAGS) - %.o: %.c $(CC) -fPIC -o $@ -c $< $(CFLAGS) $(INCLUDES) diff --git a/test/README b/test/README deleted file mode 100644 index b8caf8e..0000000 --- a/test/README +++ /dev/null @@ -1,30 +0,0 @@ -#!/bin/sh -set -e - -#Testing procedure for EMGLLF (inside this folder): - -#0) Install current version of the package - # Should be library(roxygen2);roxygenize('.'), but roxygen2 6.0.1 bug - # ==> temporary workaround with devtools + document() - echo "setwd('../pkg');library(devtools);document()" | R --slave - R CMD INSTALL ../pkg - -#1) Generate data using R versions of EMGLLF/EMGrank (slow, but trusted) - cd generate_test_data/ - echo -e "source('generateRunSaveTest_EMGLLF.R');\n \ - # I'm happy with default values - feel free to give args\n \ - generateRunSaveTest_EMGLLF() " \ - | R --slave - cd .. - -#2) Compile test C code - # Next line compile the test into an executable named "test.EMGLLF" - make test.EMGLLF - -#3) Run it! - # Fingers crossed, hoping everything is alright - ./test.EMGLLF - # Ask valgrind (generally better idea ;) ) - #valgrind ./test.EMGLLF - -#For EMGrank: same procedure, just change EMGLLF to EMGrank everwhere. diff --git a/test/clean.sh b/test/clean.sh deleted file mode 100755 index 8c4f545..0000000 --- a/test/clean.sh +++ /dev/null @@ -1,11 +0,0 @@ -#!/bin/sh - -# Erase roxygen2 generated files -find ../pkg/man/ -type f ! -name 'valse-package.Rd' -delete -rm -f ../pkg/NAMESPACE - -# Erase object and library files -rm -f ../pkg/src/*.so -rm -f ../pkg/src/adapters/*.o - -make cclean diff --git a/test/run.sh b/test/run.sh new file mode 100755 index 0000000..32cd0a9 --- /dev/null +++ b/test/run.sh @@ -0,0 +1,39 @@ +#!/bin/sh +set -e + +#Testing procedure for EMGLLF (inside this folder): + +algo=$1 #EMGLLF or EMGrank, + #second arg indicate if rebuild or rebuild+clean requested + +if [ "$2" == 'c' ]; then + #0.1) Clean package + C testing code + find ../pkg/man/ -type f ! -name 'valse-package.Rd' -delete + rm -f ../pkg/NAMESPACE + # Erase object and library files + rm -f ../pkg/src/*.so + rm -f ../pkg/src/adapters/*.o + make cclean +fi + +if [ "$2" == 'r' ] || [ "$2" == 'c' ]; then + #0.2) Install current version of the package (WARNING: roxygen 2 v5.0.1) + # --> devtools::install_github('klutometis/roxygen@v5.0.1') + echo "setwd('../pkg');library(roxygen2);roxygenize('.')" | R --slave + R CMD INSTALL ../pkg +fi + +#1) Generate data using R versions of EMGLLF/EMGrank (slow, but trusted) +cd generate_test_data/ +echo -e "source('generateRunSaveTest_$algo.R');\n \ + # I'm happy with default values - feel free to give args\n \ + generateRunSaveTest_$algo() " \ + | R --slave +cd .. + +#2) Compile test C code into an executable named "test.$algo" +make test.$algo + +#3) Run it with valgrind! +#valgrind +./test.$algo diff --git a/test/sourceAll.R b/test/sourceAll.R deleted file mode 100644 index 6e790a2..0000000 --- a/test/sourceAll.R +++ /dev/null @@ -1,6 +0,0 @@ -for (file in list.files("generate_test_data",full.names=TRUE,recursive=TRUE)) -{ - file_name_length = nchar(file) - if (substr(file, file_name_length, file_name_length) == "R") - source(file) -}