X-Git-Url: https://git.auder.net/?a=blobdiff_plain;f=src%2Fsources%2FconstructionModelesLassoMLE.c;fp=src%2Fsources%2FconstructionModelesLassoMLE.c;h=0000000000000000000000000000000000000000;hb=7f1a6cf08a4d4d67e8a95b8c1c0cc74ff3deb5a4;hp=34e5808e37b6dda447190399d282266957251aa3;hpb=31ef8a5c9bbaefcf40d2c2bad43b27d469c28c34;p=valse.git

diff --git a/src/sources/constructionModelesLassoMLE.c b/src/sources/constructionModelesLassoMLE.c
deleted file mode 100644
index 34e5808..0000000
--- a/src/sources/constructionModelesLassoMLE.c
+++ /dev/null
@@ -1,214 +0,0 @@
-#include "EMGLLF.h"
-#include "utils.h"
-#include <stdlib.h>
-#include <gsl/gsl_linalg.h>
-#include <omp.h>
-
-// TODO: comment on constructionModelesLassoMLE purpose
-void constructionModelesLassoMLE_core(
-	// IN parameters
-	const Real* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
-	const Real* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
-	const Real* piInit,// parametre initial des proportions
-	const Real* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
-	int mini,// nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
-	int maxi,// nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
-	Real gamma,// valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation
-	           //pour un Lasso adaptatif
-	const Real* glambda, // valeur des paramètres de régularisation du Lasso
-	const Real* X, // régresseurs
-	const Real* Y, // réponse
-	Real seuil,// seuil pour prendre en compte une variable
-	Real tau,// seuil pour accepter la convergence
-	const int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
-	const int* A2, // matrice des coefficients des parametres non selectionnes
-	// OUT parameters
-	Real* phi,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
-	Real* rho,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
-	Real* pi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
-	Real* llh, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
-	// additional size parameters
-	int n, // taille de l'echantillon
-	int p, // nombre de covariables
-	int m, // taille de Y (multivarié)
-	int k, // nombre de composantes
-	int L) // taille de glambda
-{
-	//preparation: phi,rho,pi = 0, llh=+Inf
-	for (int u=0; u<p*m*k*L; u++)
-		phi[u] = 0.;
-	for (int u=0; u<m*m*k*L; u++)
-		rho[u] = 0.;
-	for (int u=0; u<k*L; u++)
-		pi[u] = 0.;
-	for (int u=0; u<L*2; u++)
-		llh[u] = INFINITY;
-
-	//initiate parallel section
-	int lambdaIndex;
-	omp_set_num_threads(OMP_NUM_THREADS);
-	#pragma omp parallel default(shared) private(lambdaIndex)
-	{
-	#pragma omp for schedule(dynamic,CHUNK_SIZE) nowait
-	for (lambdaIndex=0; lambdaIndex<L; lambdaIndex++)
-	{
-		//a = A1[,1,lambdaIndex] ; a = a[a!=0]
-		int* a = (int*)malloc(p*sizeof(int));
-		int lengthA = 0;
-		for (int j=0; j<p; j++)
-		{
-			if (A1[ai(j,0,lambdaIndex,p,m+1,L)] != 0)
-				a[lengthA++] = A1[ai(j,0,lambdaIndex,p,m+1,L)] - 1;
-		}
-		if (lengthA == 0)
-		{
-			free(a);
-			continue;
-		}
-
-		//Xa = X[,a]
-		Real* Xa = (Real*)malloc(n*lengthA*sizeof(Real));
-		for (int i=0; i<n; i++)
-		{
-			for (int j=0; j<lengthA; j++)
-				Xa[mi(i,j,n,lengthA)] = X[mi(i,a[j],n,p)];
-		}
-
-		//phia = phiInit[a,,]
-		Real* phia = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
-		for (int j=0; j<lengthA; j++)
-		{
-			for (int mm=0; mm<m; mm++)
-			{
-				for (int r=0; r<k; r++)
-					phia[ai(j,mm,r,lengthA,m,k)] = phiInit[ai(a[j],mm,r,p,m,k)];
-			}
-		}
-
-		//Call to EMGLLF
-		Real* phiLambda = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
-		Real* rhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real));
-		Real* piLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real));
-		Real* LLF = (Real*)malloc((maxi+1)*sizeof(Real));
-		Real* S = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real));
-		EMGLLF_core(phia,rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0.,Xa,Y,tau,
-			phiLambda,rhoLambda,piLambda,LLF,S,
-			n,lengthA,m,k);
-		free(Xa);
-		free(phia);
-		free(LLF);
-		free(S);
-
-		//Assign results to current variables
-		for (int j=0; j<lengthA; j++)
-		{
-			for (int mm=0; mm<m; mm++)
-			{
-				for (int r=0; r<k; r++)
-					phi[ai4(a[j],mm,r,lambdaIndex,p,m,k,L)] = phiLambda[ai(j,mm,r,lengthA,m,k)];
-			}
-		}
-		free(phiLambda);
-		for (int u=0; u<m; u++)
-		{
-			for (int v=0; v<m; v++)
-			{
-				for (int r=0; r<k; r++)
-					rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)] = rhoLambda[ai(u,v,r,m,m,k)];
-			}
-		}
-		free(rhoLambda);
-		for (int r=0; r<k; r++)
-			pi[mi(r,lambdaIndex,k,L)] = piLambda[r];
-		free(piLambda);
-
-		int dimension = 0;
-		int* b = (int*)malloc(m*sizeof(int));
-		for (int j=0; j<p; j++)
-		{
-			//b = A2[j,2:dim(A2)[2],lambdaIndex] ; b = b[b!=0]
-			int lengthB = 0;
-			for (int mm=0; mm<m; mm++)
-			{
-				if (A2[ai(j,mm+1,lambdaIndex,p,m+1,L)] != 0)
-					b[lengthB++] = A2[ai(j,mm+1,lambdaIndex,p,m+1,L)] - 1;
-			}
-			if (lengthB > 0)
-			{
-				//phi[A2[j,1,lambdaIndex],b,,lambdaIndex] = 0.
-				for (int mm=0; mm<lengthB; mm++)
-				{
-					for (int r=0; r<k; r++)
-						phi[ai4(A2[ai(j,0,lambdaIndex,p,m+1,L)]-1, b[mm], r, lambdaIndex, p, m, k, L)] = 0.;
-				}
-			}
-
-			//c = A1[j,2:dim(A1)[2],lambdaIndex] ; dimension = dimension + sum(c!=0)
-			for (int mm=0; mm<m; mm++)
-			{
-				if (A1[ai(j,mm+1,lambdaIndex,p,m+1,L)] != 0)
-					dimension++;
-			}
-		}
-		free(b);
-
-		int signum;
-		Real* densite = (Real*)calloc(L*n,sizeof(Real));
-		Real sumLogDensit = 0.0;
-		gsl_matrix* matrix = gsl_matrix_alloc(m, m);
-		gsl_permutation* permutation = gsl_permutation_alloc(m);
-		Real* YiRhoR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real));
-		Real* XiPhiR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real));
-		for (int i=0; i<n; i++)
-		{
-			for (int r=0; r<k; r++)
-			{
-				//compute det(rho(:,:,r,lambdaIndex)) [TODO: avoid re-computations]
-				for (int u=0; u<m; u++)
-				{
-					for (int v=0; v<m; v++)
-						matrix->data[u*m+v] = rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)];
-				}
-				gsl_linalg_LU_decomp(matrix, permutation, &signum);
-				Real detRhoR = gsl_linalg_LU_det(matrix, signum);
-
-				//compute Y(i,:)*rho(:,:,r,lambdaIndex)
-				for (int u=0; u<m; u++)
-				{
-					YiRhoR[u] = 0.0;
-					for (int v=0; v<m; v++)
-						YiRhoR[u] += Y[mi(i,v,n,m)] * rho[ai4(v,u,r,lambdaIndex,m,m,k,L)];
-				}
-
-				//compute X(i,a)*phi(a,:,r,lambdaIndex)
-				for (int u=0; u<m; u++)
-				{
-					XiPhiR[u] = 0.0;
-					for (int v=0; v<lengthA; v++)
-						XiPhiR[u] += X[mi(i,a[v],n,p)] * phi[ai4(a[v],u,r,lambdaIndex,p,m,k,L)];
-				}
-				// NOTE: On peut remplacer X par Xa dans ce dernier calcul,
-				// mais je ne sais pas si c'est intéressant ...
-
-				// compute dotProduct < delta . delta >
-				Real dotProduct = 0.0;
-				for (int u=0; u<m; u++)
-					dotProduct += (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]) * (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]);
-
-				densite[mi(lambdaIndex,i,L,n)] +=
-					(pi[mi(r,lambdaIndex,k,L)]*detRhoR/pow(sqrt(2.0*M_PI),m))*exp(-dotProduct/2.0);
-			}
-			sumLogDensit += log(densite[lambdaIndex*n+i]);
-		}
-		llh[mi(lambdaIndex,0,L,2)] = sumLogDensit;
-		llh[mi(lambdaIndex,1,L,2)] = (dimension+m+1)*k-1;
-
-		free(a);
-		free(YiRhoR);
-		free(XiPhiR);
-		free(densite);
-		gsl_matrix_free(matrix);
-		gsl_permutation_free(permutation);
-	}
-	}
-}