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/
valse.git
/ blobdiff
commit
grep
author
committer
pickaxe
?
search:
re
summary
|
shortlog
|
log
|
commit
|
commitdiff
|
tree
raw
|
inline
| side by side
fix arrays reading in C, add type Real for double or float
[valse.git]
/
src
/
sources
/
constructionModelesLassoMLE.c
diff --git
a/src/sources/constructionModelesLassoMLE.c
b/src/sources/constructionModelesLassoMLE.c
index
a48f7d0
..
6b92094
100644
(file)
--- a/
src/sources/constructionModelesLassoMLE.c
+++ b/
src/sources/constructionModelesLassoMLE.c
@@
-7,25
+7,25
@@
// TODO: comment on constructionModelesLassoMLE purpose
void constructionModelesLassoMLE_core(
// IN parameters
// TODO: comment on constructionModelesLassoMLE purpose
void constructionModelesLassoMLE_core(
// IN parameters
- const
float
* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
- const
float
* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
- const
float
* piInit,// parametre initial des proportions
- const
float
* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
+ const
Real
* phiInit, // parametre initial de moyenne renormalisé
+ const
Real
* rhoInit, // parametre initial de variance renormalisé
+ const
Real
* piInit,// parametre initial des proportions
+ const
Real
* gamInit, // paramètre initial des probabilités a posteriori de chaque échantillon
int mini,// nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
int maxi,// nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
int mini,// nombre minimal d'itérations dans l'algorithme EM
int maxi,// nombre maximal d'itérations dans l'algorithme EM
-
float
gamma,// valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation pour un Lasso adaptatif
- const
float
* glambda, // valeur des paramètres de régularisation du Lasso
- const
float
* X, // régresseurs
- const
float
* Y, // réponse
-
float
seuil,// seuil pour prendre en compte une variable
-
float
tau,// seuil pour accepter la convergence
+
Real
gamma,// valeur de gamma : puissance des proportions dans la pénalisation pour un Lasso adaptatif
+ const
Real
* glambda, // valeur des paramètres de régularisation du Lasso
+ const
Real
* X, // régresseurs
+ const
Real
* Y, // réponse
+
Real
seuil,// seuil pour prendre en compte une variable
+
Real
tau,// seuil pour accepter la convergence
const int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
const int* A2, // matrice des coefficients des parametres non selectionnes
// OUT parameters
const int* A1, // matrice des coefficients des parametres selectionnes
const int* A2, // matrice des coefficients des parametres non selectionnes
// OUT parameters
-
float
* phi,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
-
float
* rho,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
-
float
* pi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
-
float
* lvraisemblance, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+
Real
* phi,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
+
Real
* rho,// estimateur ainsi calculé par le Lasso
+
Real
* pi, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
+
Real
* lvraisemblance, // estimateur ainsi calculé par le Lasso
// additional size parameters
int n, // taille de l'echantillon
int p, // nombre de covariables
// additional size parameters
int n, // taille de l'echantillon
int p, // nombre de covariables
@@
-58,7
+58,7
@@
void constructionModelesLassoMLE_core(
continue;
//Xa = X(:,a)
continue;
//Xa = X(:,a)
-
float* Xa = (float*)malloc(n*lengthA*sizeof(float
));
+
Real* Xa = (Real*)malloc(n*lengthA*sizeof(Real
));
for (int i=0; i<n; i++)
{
for (int j=0; j<lengthA; j++)
for (int i=0; i<n; i++)
{
for (int j=0; j<lengthA; j++)
@@
-66,7
+66,7
@@
void constructionModelesLassoMLE_core(
}
//phia = phiInit(a,:,:)
}
//phia = phiInit(a,:,:)
-
float* phia = (float*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(float
));
+
Real* phia = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real
));
for (int j=0; j<lengthA; j++)
{
for (int mm=0; mm<m; mm++)
for (int j=0; j<lengthA; j++)
{
for (int mm=0; mm<m; mm++)
@@
-78,11
+78,11
@@
void constructionModelesLassoMLE_core(
//[phiLambda,rhoLambda,piLambda,~,~] = EMGLLF(...
// phiInit(a,:,:),rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0,X(:,a),Y,tau);
//[phiLambda,rhoLambda,piLambda,~,~] = EMGLLF(...
// phiInit(a,:,:),rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0,X(:,a),Y,tau);
-
float* phiLambda = (float*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(float
));
-
float* rhoLambda = (float*)malloc(m*m*k*sizeof(float
));
-
float* piLambda = (float*)malloc(k*sizeof(float
));
-
float* LLF = (float*)malloc((maxi+1)*sizeof(float
));
-
float* S = (float*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(float
));
+
Real* phiLambda = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real
));
+
Real* rhoLambda = (Real*)malloc(m*m*k*sizeof(Real
));
+
Real* piLambda = (Real*)malloc(k*sizeof(Real
));
+
Real* LLF = (Real*)malloc((maxi+1)*sizeof(Real
));
+
Real* S = (Real*)malloc(lengthA*m*k*sizeof(Real
));
EMGLLF_core(phia,rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0.0,Xa,Y,tau,
phiLambda,rhoLambda,piLambda,LLF,S,
n,lengthA,m,k);
EMGLLF_core(phia,rhoInit,piInit,gamInit,mini,maxi,gamma,0.0,Xa,Y,tau,
phiLambda,rhoLambda,piLambda,LLF,S,
n,lengthA,m,k);
@@
-154,12
+154,12
@@
void constructionModelesLassoMLE_core(
free(b);
int signum;
free(b);
int signum;
-
float* densite = (float*)calloc(L*n,sizeof(float
));
-
float
sumLogDensit = 0.0;
+
Real* densite = (Real*)calloc(L*n,sizeof(Real
));
+
Real
sumLogDensit = 0.0;
gsl_matrix* matrix = gsl_matrix_alloc(m, m);
gsl_permutation* permutation = gsl_permutation_alloc(m);
gsl_matrix* matrix = gsl_matrix_alloc(m, m);
gsl_permutation* permutation = gsl_permutation_alloc(m);
-
float* YiRhoR = (float*)malloc(m*sizeof(float
));
-
float* XiPhiR = (float*)malloc(m*sizeof(float
));
+
Real* YiRhoR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real
));
+
Real* XiPhiR = (Real*)malloc(m*sizeof(Real
));
for (int i=0; i<n; i++)
{
//~ for r=1:k
for (int i=0; i<n; i++)
{
//~ for r=1:k
@@
-176,7
+176,7
@@
void constructionModelesLassoMLE_core(
matrix->data[u*m+v] = rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)];
}
gsl_linalg_LU_decomp(matrix, permutation, &signum);
matrix->data[u*m+v] = rho[ai4(u,v,r,lambdaIndex,m,m,k,L)];
}
gsl_linalg_LU_decomp(matrix, permutation, &signum);
-
float
detRhoR = gsl_linalg_LU_det(matrix, signum);
+
Real
detRhoR = gsl_linalg_LU_det(matrix, signum);
//compute Y(i,:)*rho(:,:,r,lambdaIndex)
for (int u=0; u<m; u++)
//compute Y(i,:)*rho(:,:,r,lambdaIndex)
for (int u=0; u<m; u++)
@@
-196,7
+196,7
@@
void constructionModelesLassoMLE_core(
// On peut remplacer X par Xa dans ce dernier calcul, mais je ne sais pas si c'est intéressant ...
// compute dotProduct < delta . delta >
// On peut remplacer X par Xa dans ce dernier calcul, mais je ne sais pas si c'est intéressant ...
// compute dotProduct < delta . delta >
-
float
dotProduct = 0.0;
+
Real
dotProduct = 0.0;
for (int u=0; u<m; u++)
dotProduct += (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]) * (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]);
for (int u=0; u<m; u++)
dotProduct += (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]) * (YiRhoR[u]-XiPhiR[u]);